Лысенко был хорошо осведомлен, что Сталину импонировали идеи Вильямса, и не случайно в письме к вождю в 1948 году он упомянул его фамилию, уверяя, что вполне "разделяет учение Вильямса о земледелии", "развивает его", поскольку-де корень его один, общий с "мичуринским учением". В эти годы Лысенко стремился прочно завоевать признание властями как главного травопольщика. Например, в 1946 году в программной статье о путях развития сельского хозяйства он писал:
"... только широкое внедрение... травосеяния создает необходимые условия для плодородия почвы" (66).
То же самое он продолжал утверждать и позже.
Поэтому, когда Хрущев обвинил травопольщиков в монополизме, в насаждении вредных взглядов неприемлемыми административными мерами и даже сослался на внедрение травополья через много лет после смерти Вильямса, все восприняли его слова как прямой выпад против Лысенко. Это казалось тем более естественным, ибо Хрущев вспомнил о некрасивых действиях В.С.Дмитриева (67) и С.Ф.Демидова -- ближайших к Лысенко людей, и о преследовании ими тех, кто пытался честно спорить по вопросам науки (68).
Хрущев также выступил против предложения Лысенко заменить на Украине озимую пшеницу яровой. Попытки такой замены Лысенко предпринимал еще в середине 30-х годов. Не без помощи Хрущева, тогда секретаря ЦК партии Украины, было принято партийное решение, осуждающее подобную замену, но практика замены продолжалась. Спустя 17 лет после начала кампании по замене, стало ясно, и Хрущев об этом в жестких выражениях заявил, что это было ошибкой, и обошлось стране слишком дорого. Озимой пшеницы можно было бы собирать ежегодно по 20 ц/га, а яровая пшеница лишь в лучшие годы давала 10-12 ц/га. Вообще же, как правило, её урожай не превышал -56 ц/га. Таким образом, за годы внедрения яровой пшеницы вместо озимой на многих миллионах гектаров недобор урожая составил, по словам Хрущева, почти миллиард пудов (69).
Многим тогда казалось, что эти выступления имели своей целью ударить по Лысенко. Косвенным показателем падения престижа Лысенко в глазах высшего руководства страны стали два события, предшествовавшие февральско-мартовскому пленуму ЦК КПСС 1954 года.
За три недели до его начала в Кремле прошли одно за другим Совещание работников совхозов и Всероссийское совещание передовиков сельского хозяйства, созванные ЦК партии и Совмином СССР. Эти парадные сборища должны были продемонстрировать народу, что руководители страны жаждут посоветоваться с людьми от земли по поводу того, как дальше вести хозяйство. 4 февраля 1954 года "Правда" и другие центральные газеты сообщили об открытии первого из совещаний и напечатали большую панорамную фотографию президиума совещания, изображавшую Маленкова, Хрущева, Ворошилова, Кагановича, Микояна, Сабурова, Первухина, Шверника, Суслова. В газете перечисляли другие фамилии -- передовиков, ученых, но фамилия Лысенко среди них отсутствовала (70). День за днем -- четвертого, пятого, шестого февраля -- газеты публиковали подробные отчеты о выступлениях, но Лысенко слова не получил.
Затем 11 февраля открылось Всероссийское совещание, и на нем история повторилась: на видных местах Лысенко отсутствовал, основной доклад сделал заместитель председателя Совмина РСФСР и одновременно министр сельского хозяйства РСФСР П.П.Лобанов (71), выступили и Цицин, и Эдельштейн, и другие ученые, но не появился в составе докладчиков "главный агроном страны". Лишь на третий день Трофим Денисович получил слово, но только в прениях. Впервые за 18 лет он попал в такое положение, да и места в "Правде" изложению его выступления отвели до обидного мало: всего 23 строки (72). Это отключение от парадных ролей в публичных встречах на высшем уровне, стало повторяться раз за разом (73). 23 февраля в Кремле собрали митинг, посвященный отъезду на целину первой группы так называемых добровольцев, но Лысенко опять отсутствовал. Его не ввели и в состав правительственной комиссии по подготовке празднования 300-летия воссоединения Украины с Россией, хотя, казалось бы, кому, как не самому знатному из украинцев (многолетнему члену УЦИК -- украинского парламента и его Президиума), следовало войти в эту комиссию (74).