2 августа 1949 г. Вышинский уступил пост председателя Комитета своему заместителю по обоим линиям – МИД и КИ – В. А. Зорину.20 августа был назначен новый первый заместитель председателя КИ – генерал-лейтенант С. Р. Савченко, кадровый чекист, пришедший с поста министра госбезопасности Украины. Он взял на себя фактическое руководство оперативными подразделениями разведки.
Осенью того же года министр госбезопасности СССР В. С. Абакумов добился возвращения в МГБ минимально необходимых для организации единого контрразведывательного процесса функций работы по эмиграции и обслуживания советской колонии. Приказом МГБ СССР № 00333 от 17 октября 1949 года на базе 2-го отдела КИ и подразделений оперативных Управлений КИ, занятых работой по совколонии было создано 1-е Управление МГБ.
В марте 1950 г. К. К. Родионов, который несмотря на назначение так и не приехал в Москву и все это время оставался в Греции, был снят с должности заместителя председателя КИ и переведен Чрезвычайным и Полномочным послом в Швецию. Вместо него были назначены два заместителя председателя из числа кадровых сотрудников внешней разведки НКВД – МГБ – генерал-майор П. М. Журавлев и полковник В. П. Рощин. В эти же дни произошли кадровые перестановки в неоперативных подразделениях – секретариате, информационном управлении, отделе кадров, разведшколе и т. д. (подробнее см. ниже). Также в 1950 г.4-й отдел 5-го Управления, занимавшийся научно-технической разведкой, был преобразован во 2-й отдел КИ.
В апреле 1950 г. решением Политбюро для «взаимной помощи в разведывательной работе против капиталистических государств и клики Тито в Югославии» при разведывательных службах стран народной демократии – Албании, Болгарии, Венгрии, Китая, КНДР, Монголии, Польши и Чехословакии (в ГДР разведка, и, соответсвенно, представительство КИ были созданы позже) – были созданы представительства КИ.
Подразделениями КИ руководили:
Секретариат:
Главные секретари – А. С. Панюшкин (30.5 – 24.10.47), Г. В. Бочаров (48–50, и. о.), И. И. Тугаринов (10.3.50–12.1.52)
1-е Управление
Англо-американское. Начальники – К. М. Кукин (10.47 – 8.50), А. И. Раина (24.8.50–12.1.52), полковник;
2-е Управление
Европейское. Начальник – И. И. Агаянц (24.7.47–12.1.52).
3-е Управление
Восточное. Начальник – А. М. Отрощенко (24.7.47–12.1.52).
4-е Управление
Нелегальная разведка. Начальники – А. М. Коротков (24.7.47 – 9.9.50), А. В. Тишков (4.51–12.1.52), полковник;
5-е Управление
Информация, дезинформация, до 1950 г. также научно-техническая разведка. Начальники – П. М. Журавлев (24.7.47–13.3.50), С. П. Новоселов (12.1950 – 12 января 1952 г.), подполковник;
6-е Управление
Военная разведка (до 2.49). Начальник – М. Ф. Панфилов (24.7.49–29.1.49)
7-е Управление
Шифровальное. Начальники неизвестны.
1-й отдел
Использование министерств и ведомств СССР в разведывательных целях. Начальник – С. М. Федосеев (24.7.49–29.12.51)
2-й отдел
Эмиграция, перемещенные лица (до 1949). Начальник – А. С. Гукасов (24.7.47 – 3.49)
2-й отдел (II)
Научно-техническая разведка (c 1950). Начальники – А. И. Раина (1950, и. о.), Л. Р. Квасников (9.50–12.51)
Отдел кадров
Начальник – В. Л. Анисимов (9.47–12.51 и 4.53 – 4.56)
Особая инспекция
Начальники – А. Ф. Сененков (7.47–25.9.51), Ф. А. Скрягин (10–12.51)
РАШ – ВРШ
Начальники – Е. И. Кравцов (6 – 10.47), М. А. Аллахвердов (47 – 9.48, и. о.), А. Ф. Маланичев (9.48 – 1.49), М. А. Аллахвердов (1.49 – 2.50, и. о.), В. В. Гриднев (2–3.50, и. о., 8.3.50–11.51)
В таком виде Комитет просуществовал до конца 1951 года, когда его оперативные управления и отделы вернулись в МГБ. Эксперимент оказался явно неудачным, однако имел и положительные стороны – нахождение в составе МИДа уберегло внешнюю разведку от последствий чистки, которая летом 1951 года развернулась на площади Дзержинского.