Первыми на пути захватчиков были острова Цусима (острова Камидзима и Симодзима) и остров Ики. На этих островах агрессорам противостоял всего лишь небольшой отряд самураев (около 200 воинов), возглавляемый Сукэкуни Сё из рода Тайра, потомком Тайры Томомори. Монголы быстро сломили японское сопротивление. В сражениях при небольших населенных пунктах Комода на островах Симодзима и Кацумото и острове Ики малочисленные самурайские дружины, сражавшиеся с исключительным мужеством, были полностью перебиты. С гражданским населением, помогавшим по мере всех своих сил японским воинам, монголы расправились с такой жестокостью, что она ужаснула даже самураев.
Половина пути до Японского архипелага была пройдена, и ключевые позиции для дальнейшего продвижения заняты.
18 ноября 1274 года монголы достигли на кораблях северо-западного побережья острова Кюсю, вошли в залив Хаката и на следующий день высадились на берег. Японцы быстро получили подкрепление из других районов Кюсю, но сил явно не хватало. Патриотизм и отчаянность оборонявшихся японских воинов не могли помешать вторжению многочисленного, сильного и в высшей мере организованного врага. Монголов в заливе Хаката было намного больше, чем японцев. Однако Хубилай понимал, что для развития успеха сил монголов и их союзников будет недостаточно. Но при успешном и быстротечном ходе операции этого должно было хватить, как полагал хан, для склонения руководителей островной страны к покорности и подчинению могучему противнику.
Первый день сражения на острове Кюсю для захватчиков был успешным. Они прекрасно организовали наступление. Соединения монгольских воинов проводили атаки в полном взаимодействии друг с другом, используя различные сигналы, подаваемые с помощью колоколов и гонгов. В течение дня монголы вытеснили с позиций на побережье залива японцев, впервые столкнувшихся с новой для них тактикой ведения боевых действий. Монголы с боями заняли поселки Имадзу и Акасака и вступили в ожесточенное сражение с незначительными по численности силами японских воинов на подступах к местечку Хаката (нынешний город Фукуока).
В захваченных поселках, так же как и на островах Цусима и Ики, запылали храмы и дома местных жителей. Захватчиками было подожжено синтоистское святилище Хакодзаки. Вслед за этим начался грабеж и истребление мирного населения. Стариков, больных и немощных людей захватчики нещадно уничтожали на месте. Японским женщинам, предназначенным для отсылки в Китай и Монголию, монголы прорезали кинжалами ладони насквозь, продевая через образовавшиеся отверстия веревки и цепи, и тащили затем несчастных к своим кораблям, где привязывали их к корабельным конструкциям в носовой части судов.
К концу дня кровавая битва начала подходить к завершению. Самураи понесли существенные потери, но было убито и множество монгольских воинов. К исходу сражения у обеих сторон кончились стрелы. Был ранен китайский полководец Лю, являвшийся главнокомандующим экспедиционными силами. Ранение было настолько серьезным, что через некоторое время он скончался. В этой связи монголы, потерявшие своего верховного командующего, измотанные упорным сопротивлением японских воинов, вынуждены были отойти на ночь к своим кораблям, стоявшим на якорях в бухте Хаката, для отдыха, подсчета потерь, пополнения запаса стрел и перегруппировки, а оставшиеся силы японцев отошли от побережья под защиту своих оборонительных сооружений, где стали ждать подкрепления. Сражение должно было продолжиться на следующий день с новой силой.
Однако вечером, к счастью для защитников Японии, поднялся ветер, все усиливающийся и превратившийся затем в смертоносный тайфун, один из тех, которые часто обрушиваются осенью на юго-западное побережье Кюсю. Шторм заставил монголов вывести корабли из бухты в открытое море с тем, чтобы их не выбросило на берег и не побило о прибрежные скалы. За ночь свирепый ураган разметал по водной поверхности весь флот неприятеля, отправив на дно его лучшую часть, более 200 кораблей, и утопив в морской пучине 13,5 тысячи монгольских, китайских и корейских матросов и воинов вместе с их боевыми конями. Потрепанные остатки армады в полном беспорядке вынуждены были вернуться в Корею.
В японской истории это неудачное нашествие монголов, кроме Гэнко, получило еще название Бунъэй-но эки – «Война годов Бунъэй» (годы Бунъэй, по японской традиции летосчисления, продолжались с 1264 по 1275 год), то есть война, которая шла в годы правления императора Камэямы, правившего в 1260–1274 годах.