Второй экспедиционный флот Хубилая состоял из больших, размером превышавших 70 метров, средних и малых военных кораблей, а также большого числа вспомогательных судов, предназначенных для транспортировки продовольствия и питьевой воды. Помимо пеших войск на кораблях монголов размешались конные отряды монгольской кавалерии, новейшие по тому времени осадные орудия, всевозможные метательные машины для обстрела береговых укреплений японцев. Кроме того, на ряде кораблей имелись небольшие кузницы для изготовления подков для коней, ремонта оружия и военного снаряжения. Прочные корпуса боевых кораблей снаружи укреплялись еще и металлическими листами, а на верхних палубах были сооружены конструкции с прикрепленными на них шкурами животных, предназначенными для защиты воинов от стрел неприятеля. Для маневрирования в прибрежных водах корабли снабжались веслами и гребными колесами.
Годы, прошедшие после первого вторжения монголов, не прошли и для японцев даром. Они правильно рассчитали намерения врага, снова избравшего исходным пунктом нападения остров Кюсю, и построили в бухте Хаката ряд защитных каменных укреплений. Одна из массивных каменных стен имела высоту 2,5 метра и протяженность 20 километров. Береговые стены прикрывали также синтоистские святыни – храм Сумиёси-дзиндзя, Хакодзаки-гу, который был сожжен монголами при нашествии 1274 года, но после этого восстановлен, и святилище Касии-гу. На берегу японцы воздвигли башни и сторожевые вышки для наблюдения за водной поверхностью, а между морем и защитными сооружениями устроили массу всевозможных ловушек, которые должны были при первых же шагах агрессоров по японской земле остановить их и помешать продвижению вперед.
Намного лучше были подготовлены конные соединения и пехотинцы. Армия сёгуната на Кюсю состояла из 100 тысяч самураев, еще 25 тысяч человек располагались на соседнем острове Хонсю в резерве.
Для войны на воде японцами были построены небольшие, но чрезвычайно подвижные и легкие гребные лодки. Назначением их экипажей было быстро подойти к неприятельским кораблям, взобраться на них, уничтожить воинов-десантников и матросов и поджечь громадины.
Боевой дух японских войск был очень высок – люди защищали родину. Даже японские пираты – вако (дословно – «японские бандиты»), состоявшие из контрабандистов и ронинов (самураев, потерявших вассалитет), которые в течение первой половины XIII века терроризировали прибрежное население Кореи, временно оставили свое преступное ремесло и присоединились к правительственному флоту.
Япония была готова к отражению новой агрессии. Были готовы к вторжению монгольских орд и острова Цусима и Ики, гарнизоны которых, как и в 1274 году, должны были погибнуть первыми.
Тем временем японские шпионы сообщали с континента малоутешительные вести. Силы вторжения были так велики, что их нельзя было сосчитать даже приблизительно.
В июне 1281 года из того же корейского порта Хаппо и другого, Окпо, с Корейского полуострова вышла первая группа кораблей агрессоров. Приблизительно в это же время началась погрузка на корабли второй группы, которая тоже должна была отправиться к берегам Японии из Южного Китая, но она по разным причинам организационного характера опоздала и вышла только в конце июля.
Иноземцы, как и в первый раз, вошли в бухту Хаката. 23 июня они высадились на берег, но, не сделав по земле Японии и нескольких шагов, попали под жестокий удар японских лучников. На место погибших подоспели новые отряды атакующих. Затем к берегу начали приближаться корабли с метательными машинами, обстреливавшими японские позиции.
Несмотря на то что огнем китайской метательной артиллерии многие береговые укрепления были сожжены, японцы не сдали своих позиций и битва продолжалась на том же месте, где и началась. Сражение на берегу, в котором японцы имели превосходство, продолжалось несколько дней. Однако никакой напор, казалось, не мог сломить стойкость обороняющихся.
Такая же ожесточенная борьба днем и ночью шла и на море, где монгольский флот был атакован японскими боевыми лодками. И здесь преимущество было на стороне японцев, так как громоздкие монгольские корабли не могли свободно маневрировать на воде. Многие монгольские корабли японцы сожгли, и, чтобы как-то обезопасить себя от таких нападений, монголы стали соединять суда корабельными цепями, создавая подобия крепостей.
Встретив такое неожиданно упорное сопротивление со стороны японцев и понеся существенные потери, монголы вынуждены были отойти от залива Хаката. Содействовали такому решению также начавшиеся в условиях страшной жары и скопления на кораблях большого числа монгольских и китайских войск инфекционные заболевания, унесшие за короткое время жизни нескольких тысяч человек.