Справиться с умным предводителем сторонника императора и другими феодалами, собиравшими все новые и новые войска, бакуфу прежними методами и силами не могло и начало серьезно готовить новые армии.
Правительство привлекло на свою сторону двух крупных феодалов – Асикага Такаудзи и Нитта Ёсисада с не менее крупными армиями. Но в самый ответственный момент эти два военачальника предали Ходзё, перейдя на сторону императора. Этого и надо было ожидать, об этом надо было подумать. Оба главы кланов были из ответвлений рода Минамото (Асикага представлял собой провинциальную ветвь рода Минамото). Ходзё относились к клану Тайра.
Летом 1333 года Асикага захватил Киото, а Нитта атаковал войска Ходзё в его штаб-квартире в Камакура. Практически два этих полководца сокрушили власть сиккэнов Ходзё, истребив почти всю верхушку этого клана. Последний регент Ходзё со своим окружением совершил самоубийство. Сиккэны прекратили свое правление, а с ними и сёгунат Минамото, которому они служили.
Го-Дайго вернулся к власти и не желал ею с кем-либо делиться. Асикага и Нитта тоже рвались к главенству. Каждый из них хотел стать сёгуном.
Противники опять начали готовиться к войне. В конечном итоге в этом потивостоянии Асикага победили основные силы Нитта и императорские войска. В огне сражений погиб и Кусуноки, стратегических советов которого император Го-Дайго и его советники не послушались. Но война продолжалась и окончилась опять-таки в пользу сильнейшего – Асикага Такаудзи (1305–1358), которому принадлежит заслуга основания второго сёгуната, просуществовавшего более двухсот лет.
Остатки войск Нитты Ёсисады продолжали и продолжали сражаться, но все равно проиграли.
Асикага лишил Го-Дайго, сдавшегося победителям, императорского звания, посадив на его место принца Комё. Однако неугомонный Го-Дайго бежал из-под ареста в Ёсино и основал там в 1337 году Южную императорскую династию, в противоположность Северной, оставшейся в Киото. Две династии существовали до 1392 года, и этот период в японской истории получил название Намбокутё – «Северная и южная династии».
Титул сёгуна Асикага Такаудзи получил от им же и возведенного на престол императора Комё. Южный и северный дворы продолжали между собой борьбу. Используя это противостояние, в войны втягивались различные группировки, желавшие приобрести для себя выгоды. Воевали друг против друга даже родственники.
Южная и Северная династии воевали до 1392 года. В 1392 году третий сёгун Асикага Ёсимицу решил прекратить эту войну, вернул Южную династию в Киото и пообещал, что престол императоры двух династий будут занимать по очереди. Но сёгун не сдержал своего обещания.
Авторитет сёгуна тем временем стремительно падал, как, впрочем, становилась все слабее и его власть. Сёгуны Асикага не могли остановить анархию, нарастающую в провинциях. Период междоусобиц и феодальной раздробленности характеризовался потерей контроля военного правительства Асикага над страной, децентрализацией государственной власти и падением режима сёгуната. Воевать начали все против всех. В истории Японии началась длительная и кровавая смута – период Сэнгоку дзидай – Эпоха воюющих провинций, которая продолжалась более столетия – с 1467 по 1568 год.
Главной в период Сэнгоку дзидай была сила, с помощью которой у слабого можно было отнять все – власть, поместья, ценности и имущество, людей и жизнь людей. В военные действия в этот период были втянуты почти все крупные и мелкие феодалы и их самурайские дружины, а также крестьяне, горожане и другие слои населения Японии. Приобретение нового стало основным принципом периода. Правительство ничего уже не могло сделать, так как силы у него не было. Оставалось только наблюдать.
Эпоха воюющих провинций началась со смуты годов Онин (по названию годов правления (1467–1469) из-за наследования места девятого сёгуна Асикага. Война Онин, длившаяся десять лет, привела к расколу в руководстве сёгуната и окончательной потере его авторитета и власти. Полный произвол привел к появлению особой новой прослойки феодальных князей – сэнгоку даймё («князей периода смуты»), владевших большим числом независимых поместий.
На войне Онин смута не окончилась. Постоянные междоусобицы стали обычным явлением Эпохи воюющих провинций в течение второй половины XV и большей части XVI века. Считается, что Асикага начали управлять Японией уже в 1333 году, формально их сёгунат существовал до 1573 года. Фактически он прекратил свое функционирование на несколько лет раньше. Именно в смутное время в конце правления сёгунов Асикага появились новые и незаурядные лидеры. Очевидно, это особенность всех трудных периодов в истории разных народов и стран.