Хотелось бы подчеркнуть, что до создания в 1903 году военной контрразведки, как отдельного самостоятельного органа, ее функции по обеспечению безопасности армии от проникновения агентуры противника выполняли такие органы безопасности, как «Тайная полицейская экспедиция» при петербургском военном губернаторе (1802) и Высшая военная полиция (1812–1815). После ее упразднения, по инициативе Барклая де Толли создается Высшая военно-секретная полиция, со своим центром в Варшаве, просуществовавшая с 1815 по 1832 год, а также III отделение Собственной Его Императорского Величества канцелярии (1826–1880). В системе Главного управления Генерального штаба с 1863 года был предусмотрен орган военной разведки и контрразведки. С 1867 года он был преобразован в Канцелярию Военно-учетного комитета, который действовал до 1903 года.
В 1973 году на кафедре истории органов государственной безопасности Первого факультета ВКШ КГБ СССР им. Ф. Э. Дзержинского успешно состоялась защита работы И. И. Васильева по теме «Органы Военного контроля и их роль в обеспечении безопасности Красной Армии». В работе подробно и последовательно прослеживается становление военной контрразведки в первые месяцы советской власти, получившей название «Военный контроль». Ее взаимодействие с органами особых отделов ВЧК, борьба за полномочия, кадровый состав и, как итог, создание в 1918 году единого органа Особых отделов Красной Армии, которые были включены в структуру ВЧК. К сожалению, такая емкая и важная монография Ивана Игнатьевича Васильева имела закрытый характер и по сей день факты и выводы, сделанные автором, в исторический оборот не введены. В книге «Военные контрразведчики», изданной еще в 1978 году, была опубликована статья И. И. Васильева «Истоки», посвященная данной проблеме.
Продолжая эту тему, следует напомнить, что первым органом военной контрразведки, обеспечивающим безопасность Красной Армии в 1918–1919 годах, был орган Военного контроля. В данной работе прослеживаются факты как положительных примеров деятельности данного органа, так и примеры прямого предательства со стороны отдельных сотрудников. В то же время необходимо подчеркнуть, что именно сотрудники Военного контроля, бывшие офицеры военной контрразведки, передали традиции, опыт и методы ведущей разведки мира молодым чекистам, которые пришли на работу в контрразведку с заводов и фабрик с партийным билетом в кармане, но еще не были обучены специфике работы в органах безопасности и не обладали нужными для этого знаниями. Хотелось бы в этой связи напомнить, что деятельность сотрудников военной контрразведки молодой социалистической республики в период ее становления начиналась не с «белого» листа, а активно использовала и применяла опыт своих предшественников.
Нельзя сбрасывать со счетов и то, что органы Особых отделов в Красной Армии в период гражданской войны и интервенции со стороны ведущих капиталистических стран располагали гигантским ресурсом, который использовался в интересах правящей партии, и что сотрудники Особых отделов были наделены особыми полномочиями вплоть до определенного периода, когда без передачи дел в ревтрибуналы начались расстрелы изменников и паникеров.
Известные чекисты, ставшие в 30-е годы ведущими руководителями аппарата НКВД, получили соответствующую закалку, будучи начальниками Особых отделов фронтов во время гражданской войны. Например, народный комиссар НКВД Г. Г. Ягода, начальник УНКВД по Ленинградской области В. Д. Медведь, начальник секретного отдела ГУГБ НКГБ Г. И. Бокий, М. С. Кедров и многие-многие другие внесли существенную лепту в создание обоюдоострого меча, защищавшего завоевание пролетариата, который тем не менее не пощадил своих создателей в годы большого террора.
В период 30-х годов прошлого века Особые отделы, а с февраля 1941 года 3-е Управление НКО СССР, не участвовали по большей части в репрессиях, так как работа по выявлению антисоветского элемента, вредителей и изменников в первую очередь ложилась на секретно-политические отделы НКВД, НКГБ СССР.
В то же время в 1930–1931-х годах на территории Киевского военного округа именно Особым отделом ОГПУ было заведено дело оперативной разработки «Весна», касающееся бывших офицеров царской армии. По материалам данного дела было уволено из рядов Красной Армии несколько тысяч человек, из этого числа в отношении десятков сотрудников возбуждены уголовные дела с окраской контрреволюционная деятельность. Большая часть расстрелянных командиров, проходивших по данному делу, были реабилитированы в 60-е годы ХХ века.