Личное мужество, результаты оперативно-боевой деятельности, профессионализм и организаторские способности Матвеева не остались незамеченными начальником особого отдела Сталинградского фронта старшим майором госбезопасности Николаем Селивановским. В августе 1942 года его приказом Александр Иванович был назначен на должность заместителя начальника особого отдела НКВД СССР 99-й стрелковой дивизии.
В боях под Сталинградом Матвеев сформировался как руководитель. После разгрома фашистов вместе с подчиненными прошел фронтовыми дорогами по землям Украины, Белоруссии и Польши. В июле 1944 года он был назначен на должность начальника отдела контрразведки Смерш 47-й гвардейской стрелковой дивизии. К тому времени на его счету находились десятки разоблаченных вражеских шпионов, диверсантов и террористов. Несмотря на высокую должность, Александр Иванович не отсиживался в кабинете. В сложных ситуациях он брал на себя ответственность и вступал в схватку с противником.
Однажды сотрудниками Матвеева была задержана группа матерых диверсантов. Под конвоем их доставили на допрос в особый отдел. Воспользовавшись нерасторопностью конвоиров, диверсанты разоружили их. Матвеев не растерялся, в борьбе с одним из них завладел автоматом и вступил в бой. Одному из диверсантов — Грачу — удалось скрыться. Впоследствии он сыграл зловещую роль в судьбе Александра Ивановича. После окончания войны судьба так распорядилась, что Матвееву снова пришлось вступить в схватку не только с Грачом, а и с французской спецслужбой, стоящей за спиной предателя. В той полной смертельного риска операции Смерша Александр Иванович вышел победителем.
Она была еще впереди, а тогда, 16 апреля 1945 года, Матвеева и его боевых товарищей отделял всего один марш-бросок от логова фашизма — Берлина. В эти последние мгновения перед решающей схваткой Александр Иванович испытывал сложные чувства. Пьянящее чувство грядущей победы кружило голову, а леденящий холодок окатывал спину. Предстоящий бой мог стать для Матвеева последним. Он гнал прочь мысль о смерти, посматривал на часы и торопил время.
Секундная стрелка стремительно бежала по циферблату. На часах было 5:00. В чернильное небо взметнулись две сигнальные ракеты. Через мгновение Матвееву и Щугаеву показалось, что небеса рухнули на землю. Рев тысяч орудий 1-го Белорусского фронта взорвал тишину, и огненный вал обрушился на позиции противника. Узкая полоска земли, зажатая между рекой и холмами, как клокочущая лава в вулкане, вздыбилась и зловещими тюльпанами выплеснулась в равнодушное к безумству человека небо. В воздухе смешались бетон, металл и человеческая плоть. Надрывный вой бомбардировщиков, разрывы бомб и снарядов слились в ужасающуюся какофонию. В 5:29 она, как по мановению дирижерской палочки, прекратилась. Наступившая вязкая тишина плющила и прижимала к земле.
Оглохшие, ошеломленные этой невиданной за годы войны мощью, Матвеев и Щугаев распахнутыми ртами хватили упругий, как резина, воздух и пытались сохранить равновесие на все еще ходившей ходуном земле. И когда пелена пыли и дыма рассеялась, то перед их глазами открылись апокалипсические картины. В зареве бушующих пожаров позиции гитлеровцев напоминали каменоломни, по которым прошлась гигантская лапа, выпотрошившая наизнанку доты, дзоты, танки, самоходки и машины. Прошло мгновение, и они исчезли в ослепительно яркой вспышке. На часах было 5:30. Сотни зенитных прожекторов, направленных на оборонительные порядки 56-го танкового корпуса вермахта, сделали слепыми тех, кто уцелел после артиллерийского и авиационного цунами. Настал черед для частей 8-й гвардейской армии 1-го Белорусского фронта перейти в наступление.
Щугаев снял трубку полевого телефона и объявил:
— Я Первый! Слушать всем! — и после паузы приказал: — Вперед, ребята! Дайте прикурить фрицу, да так, чтоб у него загорелось в заднице!
Опустив трубку на телефонный аппарат, он обратился к Матвееву:
— Ну что, Александр Иванович, пришел и наш час! Твои орлы готовы?
— Да, находятся на исходной позиции, — подтвердил Матвеев.
— Может, дать тебе еще взвод?
— Спасибо, Василий Минаевич, не надо. Достаточно тех сил, что есть.
— Ну как скажешь. Удачи, Саша! — пожелал Щугаев и покинул наблюдательный пункт дивизии.
Вслед за ним вышел Матвеев и поспешил в расположение сводной десантно-штурмовой группы. Она состояла из военных контрразведчиков, танкистов и пехотинцев. Ей предстояло выполнить особую задачу, поставленную начальником отдела Смерш 8-й гвардейской армии генерал-майором Витковым, а именно прорваться в тыл противника и захватить архив гитлеровских спецслужб. По данным советской разведки, в нем хранились совершенно секретные сведения о шпионской сети агентов, оставленных Главным управлением имперской безопасности Германии на освобожденных советскими войсками территориях Белоруссии, Украины, Польши и Чехословакии. Архив, как сообщали зафронтовые агенты Смерша, гитлеровцы вывезли из Берлина и хранили в пригороде — Целендорфе, в одном из корпусов сельскохозяйственного института.