Комиссия пришла к выводу о необходимости учреждения в структуре тайной полиции специальных «контрразведочных» органов, входящих в соответствующие районные охранные отделения. Она признала возможным направлять на должности помощников начальников военно-разыскных отделений, которые формировались в семи стратегических центрах России — Петербурге, Варшаве, Киеве, Вильно, Одессе, Иркутске и Владивостоке, — строевых обер-офицеров по распоряжению начальников окружных штабов и с согласия директора Департамента полиции.
К сожалению, эти предложения так и остались на бумаге, потому что в момент подписания итогового протокола М. И. Трусевич был уже освобожден от должности директора Департамента полиции. Его преемник Н. П. Зуев большой склонности к оперативной работе не проявлял, генерал-лейтенант П. Г. Курлов — товарищ (заместитель) министра и командир Отдельного корпуса жандармов — не относил вопрос контрразведки к числу первоочередных, а «звезда» Столыпина, отношения которого с государем все больше осложнялись, закатывалась…
Все могло бы вообще сойти на нет, как нередко сходят у нас многие наиважнейшие вопросы, однако развитие событий свидетельствовало, что оставаться без четко налаженной системы военной контрразведки России уже было просто нельзя. Непосредственным поводом для очередного обращения к теме явилось сообщение начальника Люблинского губернского жандармского управления о том, что, по агентурным данным, австро-венгерская разведка усиленно занимается организацией складов оружия и подготовкой кадров для подрывной деятельности на российской территории в военное время. Это, а также ряд других аналогичных сообщений буквально вынудили жандармское руководство обратиться к военному министру с предложением о создании второй межведомственной Комиссии по контрразведке. Что ж, пока гром не грянет — мужик не перекрестится…
Заседания комиссии, председателем которой был теперь Павел Григорьевич Курлов, проходили 29–30 июля 1910 года и уже окончательно заложили основы системы органов борьбы со шпионажем. Категорически отвергнув идею образования контрразведывательных отделений в структуре Департамента полиции, Курлов предложил передать контрразведку исключительно в ведение Военного министерства, куда откомандировывать для ее проведения опытных в разыскном деле жандармских офицеров. Свое предложение он обосновывал так: «Исходя из положения, что Департамент полиции не обладает специальными знаниями военной организации русской и иностранной армий и вследствие этого не может руководить контрразведывательной службой… наиболее правильным было учреждение контрразведывательных отделений, [каковые] отделения состоят в непосредственном ведении военного начальства, а органы Департамента полиции оказывают лишь содействие и помощь».
Курлов также предложил, чтобы офицеры-жандармы «могли бы быть в отделении лишь вспомогательной силой и вести контрразведку по указаниям стоящего во главе отделения офицера Генерального штаба».
Соответствующие предложения ушли в военное ведомство, но только 8 июня 1911 года военный министр генерал от кавалерии В. А. Сухомлинов утвердил разработанное Генштабом Положение о контрразведывательных отделениях. В соответствии с этим документом к Разведочному отделению Генерального штаба в Петербурге, которое еще в августе 1910 года возглавил подполковник Отдельного корпуса жандармов В. А. Ерандаков, добавилось 11 отделений при штабах военных округов; в отделе генерал-квартирмейстера Генштаба при Особом делопроизводстве начал действовать «центральный регистрационный орган», где сосредоточивались материалы по вопросам борьбы с военным шпионажем.
Инструкция начальникам контрразведывательных отделений военных округов, разработанная Генеральным штабом в июне 1911 года, определяла, что «военным шпионством является сбор всякого рода сведений о вооруженных силах, об укрепленных силах государства, а также имеющих военное значение географических, топографических и статистических данных о стране и путях сообщений, производимый с целью передачи их иностранным державам». В документе указывались основные задачи, стоящие перед военной контрразведкой, и конечная цель ее деятельности: «привлечение к судебной ответственности уличенных в военном шпионаже лиц… или прекращение вредной деятельности названных лиц хотя бы административными мерами».
В условиях мирного времени агентура, с которой работали контрразведывательные органы, подразделялась на следующие категории: