Наследник Уфуэ-Буаньи президент Анри Конан Бедье не смог удержать ситуацию под контролем. 24 декабря 1999 года он был свергнут в результате переворота, организованного отставным генералом Робером Геи. 22 октября 2002 года Геи провел альтернативные президентские выборы, результаты которых все же попытался сфальсифицировать. Победивший на выборах лидер оппозиции Лоран Гбагбо призвал своих сторонников к восстанию. Президентский дворец был взят штурмом, Геи бежал из страны. Все это время Париж сохранял спокойствие и не вмешивался в ситуацию, ограничившись эвакуацией Бедье в Того и увеличением своего гарнизона в Порт-Буэ.
Главный соперник Гбагбо бывший премьер- министр Алассан Уаттара сошел с дистанции, поскольку согласно конституции страны, разработанной командой Бедье, президентом страны мог стать лишь тот, чьи родители являлись ивуарийцами по рождению. Отец и мать Уаттары были гастарбайтерами из Буркина-Фасо, со временем получившими гражданство Кот-д’Ивуара. Этот конституционный казус стал причиной гражданской войны, в которую Франции все же пришлось вмешаться.
19 сентября 2002 года вспыхнул новый военный мятеж. Гбагбо находился в этот момент с визитом в Италии. Несколько сот повстанцев атаковали несколько крупных городов, в том числе и экономическую столицу страны Абиджан. К полудню под их контролем оказался весь север страны. Робер Геи, которого правительство объявило лидером переворота, был убит при невыясненных обстоятельствах. В развернувшемся противостоянии президента Гбагбо поддержала армия, парамилитарные группы «Молодые патриоты», наемники из Либерии, сформировавшие так называемую милицию «Лима». Им противостояли повстанческие «Новые силы» (Forces Nouvelles), первоначальный костяк которых составили северяне-дезертиры из армии. Их поддержала Буркина-Фасо.
Сразу после начала мятежа в Кот-д'Ивуаре президент Франции приказал начать военную интервенцию в эту страну. Быстрота принятия решения объяснялась тем, что у Жака Ширака были развязаны руки после того, как премьер- министр Лионель Жоспен — главный блокиратор всех военных инициатив в Африке последние пять лет — неосмотрительно выставил на президентских выборах 2002 года свою кандидатуру и с треском проиграл их, после чего вообще ушел из политики. Социалистов вышибли из правительства, вся власть в государстве оказалась у широкой коалиции сторонников Ширака — Союза за президентское большинство.
В сентябре в рамках операции Licorne в Кот д'Ивуар начали прибывать французские войска. С сентября 2002 по январь 2003 года группировка Франции увеличилась с 2,5 до 4,6 тысячи бойцов — три батальонные тактические группы, сформированные на базе 43-го батальона морской пехоты и 1-го бронекавалерийского (на пушечных тяжелых бронеавтомобилях AMX-10RC) и 2-го пехотного полков Иностранного легиона. В группировку также были включены подразделения 40-го артиллерийского полка, эскадроны мобильной жандармерии, военной полиции и части армейской авиации и звено легких многоцелевых истребителей Mirage F1CR. Они были рассредоточены вдоль демаркационной линии прекращения огня, с которой согласились обе враждующие стороны.
Несколько французских солдат были убиты в ходе нападений повстанцев на блокпосты. Позже к французам присоединились африканские миротворческие силы ЭКОВАС.
17 октября было подписано соглашение о прекращении огня, начались переговоры под патронатом Парижа. Наиболее крупным боевым столкновением этого периода, в котором участвовала французская армия, стала серия стычек в районе Декуе 6 января 2003 года. Две группы повстанцев из Движения Кот-д’Ивуар Великого Запада и Движения за справедливость и мир атаковали французские позиции. Атака была отбита, девять французских солдат были ранены. В последовавшей за этим акции возмездия французы уничтожили не менее 30 боевиков.
Мирное соглашение было подписано в Маркуси (Франция) 26 января 2003 года, Гбагбо сохранил президентский пост, повстанцы вошли в правительство национального примирения. Официальное окончание гражданской войны было объявлено 4 июля 2003 года, после подписания между правительством и «Новыми силами» соответствующей декларации.