Но беда не приходит одна. Лишь только утихли споры, как в Ярославле началась завезённая кем-то из вновь прибывших «моровая язва». Из-за скученности ополченцев, стоявших на постое во всех посадских избах, смертность была очень высокой. Решено было провести крестный ход. Поутру 24 мая Пожарский во главе процессии прошёл от главного собора к предместьям и обошёл все городские стены. Обращение к Богу помогло, мор прекратился столь же внезапно, как и начался. Благодарные ярославцы в один день выстроили крохотную деревянную церковь — Спас Обыденный.
Самого Дмитрия Михайловича не миновал очередной приступ чёрной немочи, и несколько дней воевода вынужден был находиться дома. Впрочем, болезнь никак не остановила кипучую деятельность князя. Всю весну и лето он занимался не только ратными делами, но и очень сложными дипломатическими переговорами, стремясь превратить возможных противников в пусть не очень надёжных, но союзников.
Движение ополчения к Москве останавливала, в первую очередь, неясность отношений с казацким табором под Москвой. Ещё в то время, когда Пожарский только пришёл в Ярославль, он получил грамоту от троицких старцев. В ней сообщалось, что Трубецкой прислал в монастырь двух братьев, дворян Пушкиных, якобы «для совета», а на самом деле с целью выведать отношение Пожарского к подмосковному правительству. По словам Пушкиных, стремившихся оправдать своего руководителя во что бы то ни стало, «боярина князя Дмитрия Тимофеевича Трубецкого, дворян, детей боярских, стрельцов и московских жилецких людей привели ко кресту неволею: те целовали крест, боясь от казаков смертного убийства; теперь князь Дмитрий у этих воровских заводцев живёт в великом утеснении и радеет соединиться с вами».
Далее старцы писали: «Молим вас усердно, поспешите прийти к нам в Троицкий монастырь, чтоб те люди, которые теперь под Москвою, рознью своею не потеряли Большого Каменного города, острогов, наряду».
Пожарский не поверил в искренность Трубецкого, поэтому ничего не ответил пастырям Троицкого монастыря. Зато в своём послании городам сурово осудил Трубецкого и Заруцкого за измену общему делу: «Из-под Москвы князь Дмитрий Трубецкой да Иван Заруцкий и атаманы и казаки к нам и по всем городам писали, что они целовали крест без совета всей земли государя не выбирать, псковскому вору, Марине и сыну её не служить, а теперь целовали крест вору Сидорке[101], желая бояр, дворян и всех лучших людей побить, именье их разграбить и владеть по своему воровскому казацкому обычаю. Как сатана омрачил очи их! При них калужский их царь убит и безглавен лежал всем напоказ шесть недель, об этом они из Калуги в Москву и по всем городам писали!»
Тогда же на совете было решено — ни в какие переговоры с Трубецким и тем более с Заруцким не вступать, пока подмосковный стан не откажется от своей присяги «псковскому вору». Тех же казаков, что перейдут к ярославскому ополчению, привечать наравне с земскими ратниками. Такая политика возымела своё действие. Почувствовав, что оказываются в изоляции, подмосковные руководители неожиданно «прозрели». В Псков для опознания Лжедимитрия срочно был послан Иван Плещеев, который до того больше всех ратовал за крестоцелование самозванцу. Явившись ко двору новоявленного «государя», Плещеев громогласно, в присутствии большого числа псковичей объявил, что перед ним не Димитрий. Воспользовавшись суматохой, Матюшка укрылся у князя Хованского, намереваясь бежать с ним из города. Но Плещеев вступил в переговоры с Хованским и убедил его выдать вора. Матюшку схватили и посадили поначалу в псковскую тюрьму, а затем Плещеев привёз его в свой стан, чтобы все казаки убедились в обмане.
Пожарский тут же с удовлетворением сообщил в города: «Да объявляем вам, что 6 июня прислали к нам из-под Москвы князь Дмитрий Трубецкой, Иван Заруцкий и всякие люди повинную грамоту, пишут, что они своровали, целовали крест «псковскому вору», а теперь они сыскали, что это прямой вор, отстали от него и целовали крест вперёд другого вора не затевать и быть с нами во всемирном совете».
Однако идти напрямую к Москве было нельзя: оставался ещё один серьёзный противник, который мог нанести удар в спину, — шведы. В Новгород для переговоров было послано представительное посольство, включавшее пятнадцать членов Земского собора от разных сословий. Возглавил его дьяк Степан Татищев. Посланник вскоре убедился, что новгородские правители находятся в полной зависимости от шведских завоевателей, получая из их рук жалованные грамоты на всё новые и новые земли.