Через несколько дней гостивший в Москве Иерусалимский патриарх Феофан посвятил Филарета в патриархи. Отныне все грамоты писались так: «Великий государь, Царь и Великий князь Михаил Фёдорович всея Руси и Святейший патриарх и великий государь приказали...» И это не было пустым славословием. Патриарх Филарет действительно стал соправителем сына, ни один царский указ не подписывался без его совета, даже послов они принимали вдвоём. Инокиню Марфу Филарет тотчас отстранил от государственных дел, наказав ей быть постоянно в Вознесенском монастыре.
Разобрался Филарет и с делом Дионисия, призвав на помощь патриарха Феофана, сведущего в греческих книгах. Тот подтвердил правоту Дионисия, который с честью был отпущен в монастырь. Зато келарь Авраамий Палицын был сослан на Соловки, где и умер в 1627 году, оставив после себя «Сказание», где с превеликим усердием описывал собственные несуществующие подвиги.
Князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой, претендовавший на владение царской волостью, был сослан воеводой в Тобольск.
Вновь были подкреплены царским указом права Дмитрия Михайловича Пожарского на владение вотчинами. К Пожарскому Филарет, а следовательно, Михаил относились с подчёркнутым уважением. В 1619 году он был назначен начальником Ямского приказа, ведал сбором налогов в казну. С 1620 по 1624 год он служил воеводой в Новгороде, где требовалось навести порядок после шведской оккупации. Для приостановления разгула разбойничьих шаек Пожарского назначили начальником Разбойного приказа, а в тридцатые годы он поочерёдно руководил Поместным и Судным приказами.
В 1624 году Михаил женился на дочери князя Владимира Тимофеевича Долгорукого Марии. Дружкой жениха на свадьбе был Дмитрий Пожарский. Брак оказался неудачным — молодая царица неожиданно заболела на следующий день после свадьбы и умерла через три месяца. В 1626 году Михаил женился вновь, на незнатной дворянке Евдокии Лукьяновне Стрешневой, будущей матери царевича Алексея. Боясь новых придворных козней, её ввели во дворец только за три дня до свадьбы, и снова дружкой царя был князь Пожарский.
Во время двойного управления отца и сына на Руси постепенно устанавливалась мирная, спокойная жизнь. Для справедливого определения сбора податей, пошлин и других повинностей была проведена перепись населения, зафиксированная в писцовых книгах. При помощи иностранных специалистов стала развиваться отечественная промышленность, были заведены железоделательные, стекольные, кожевенные и кирпичные заводы. Развивалось фруктовое, цветочное и аптекарское садоводство, во дворцовых садах появилась новинка — заграничные розы. В Немецкой слободе Москвы проживало более тысячи семей иностранных специалистов.
Потерявшая значительную часть своих владений на западе, Россия усилила своё влияние на востоке. Кроме служилых, преимущественно казаков, ядро тогдашнего русского населения в Сибири составляли пашенные крестьяне, которые набирались из добровольцев — вольных, гулящих людей. Им давали земли, деньги на подмогу и льготы на несколько лет. Эти пашенные крестьяне обязывались пахать десятую часть в казну, и этот хлеб, называемый десятинным, шёл на прокормление служилых людей.
Патриарх, который ещё в молодости тайком учил латынь и увлекался чтением римских авторов, заботился о развитии российской культуры. Им была учреждена в Чудовом монастыре греко-латинская школа, выпускники которой были призваны исправлять церковно-богослужебные книги. На Никольской улице была вновь выстроена типография.
Истекал срок Деулинского перемирия, и Россия активно готовилась к войне. Двум иностранным офицерам, полковнику Лесли и подполковнику Фандаму, было поручено нанять за границей полк ратных людей разных наций, но только не католиков, с платою вперёд на четыре месяца. Ими же были куплены десять тысяч мушкетов с фитилями, порох, ядра и металлические полосы для ковки сабель.
В апреле 1632 года скончался польский король Сигизмунд. В России решили воспользоваться междуцарствием. Был созван Земский собор, который постановил отомстить полякам за прежние неправды и отнять города, захваченные ими у русских. Князю Дмитрию Михайловичу Пожарскому вновь был поручен сбор средств для выдачи жалования ратникам.
Начальство над главным войском в тридцать две тысячи человек (всего в русском войске было шестьдесят шесть тысяч ратников и сто пятьдесят восемь орудий) было поручено князьям Черкасскому-Мастрюкову и Борису Лыкову, но из-за взаимных обвинений обоих рассорившихся бояр отставили от воеводства.