Совершенно по-иному происходило обустройство новой приграничной зоны на советской стороне. Коммуникации на присоединенных территориях были развиты слабо. Учитывая недостаточную пропускную способность в Западной Белоруссии, Западной Украине и Прибалтике, НКО разработал план железнодорожного строительства, усиления существующей железнодорожной сети. Строительство было начато в первом квартале 1941 г., но проходило недостаточно быстро. К началу войны основные железнодорожные узлы оставались слаборазвитыми. Многие линии не имели вторых путей и не могли пропускать поезда необходимой длины, некоторые места для выгрузки не располагали нужным оборудованием; изношенность рельсов и слабость верхнего строения пути не позволяли пропускать тяжеловесные составы.
Как позже выяснилось, у Генштаба, так же как и у НКО и командующих видами и родами войск, не были подготовлены на случай войны командные пункты, откуда можно было бы осуществлять управление вооруженными силами, быстро передавать в войска директивы Ставки, получать и обрабатывать донесения от войск. В предвоенные годы время для строительства командных пунктов было упущено.
К началу войны строительство укрепленных районов на западной границе не было завершено.
14 июня 1941 г. было опубликовано Заявление ТАСС. В нем говорилось, что в английской, и не только в английской, печати стали муссироваться слухи «о близости войны между СССР и Германией» и о том, что «Германия стала сосредотачивать свои войска у границ СССР с целью нападения». «По данным СССР, — далее говорилось в Заявлении ТАСС, — Германия так же неуклонно соблюдает условия советско-германского пакта о ненападении, как и Советский Союз. Ввиду чего, по мнению советских кругов, слухи о намерении Германии порвать пакт и предпринять нападение на СССР лишены всякой почвы…» Это Заявление фактически призывало Германию приступить к новым переговорам с СССР по вопросам двухсторонних отношений.
Сталин и Молотов полагали, что если Берлин согласится на такие переговоры, которые можно было бы затянуть на месяц-полтора, то этим фактически был бы снят вопрос о нападении в этом году, поскольку в конце лета или осенью Гитлер не решится начать войну. А это означало бы, что СССР получит еще семь — десять месяцев для подготовки страны к отпору. В Москве ждали реакции Берлина, но ответа не пришло.
Была направлена нота по поводу нарушения самолетом вермахта госграницы. Официальный Берлин и на нее не реагировал. Тогда Молотов пригласил германского посла по этому же поводу, о также с просьбой объяснить отношение Берлина к поднятым в Заявлении ТАСС вопросам.
Одновременно советский посол пытался добиться аудиенции у Риббентропа в столице Германии. Но поступающие из советского посольства шифрограммы подтверждали, что ответа не будет.
Естественно, скрыть от советского командования развертывание немецких войск не удалось. В марте командующий Киевским особым военным округом генерал-полковник Кирпонос отдал приказ подчиненным ему 5, 6, 9, 12 и 26-й армиям и 4, 5, 9, 15-му отдельным механизированным корпусам перейти в состояние повышенной боевой готовности и к середине июня занять позиции на рубеже Черновцы — Припятские болота — Киев.
В соображениях и плане предусматривалось равномерное построение войск первого стратегического эшелона по глубине (в первом эшелоне — 57, во втором — 52, в резерве — 62 дивизии).
В 1986 г. в журнале «Огонек» № 51 были впервые опубликованы воспоминания о встречах и беседах с ПК. Жуковым. Маршал так объяснил главную причину недостаточной настойчивости военных: «Конечно, надо реально представить, что значило тогда идти наперекор Сталину в оценке общеполитической обстановки. У всех на памяти еще были недавно минувшие годы; и заявить вслух, что Сталин не прав, что он ошибается, попросту говоря, могло тогда означать то, что, еще не выйдя из здания, ты уже поедешь пить кофе к Берии».
Перед вторжением Сталину поступило много сообщений, сигналов, информации о прямой подготовке к нападению на СССР. Предупреждения шли по линии разведки, дипломатов, друзей Советского Союза. 20 марта 1941 г. Самнер Уэллес, заместитель Госсекретаря США, информировал советского посла о готовящемся нападении. Сведения об этом были получены американским торговым атташе в Берлине.
Уинстон Черчилль в личном послании от 19 апреля 1941 г., основываясь на данных разведывательных перехватов «Ультра», предупредил Сталина о том же. Американский посол Лоуренс Штейнгардт сообщил Молотову о донесениях американских дипломатических миссий, в которых с точностью до одного дня указывался день вторжения. Сталин знакомился с информацией, но стоял на своем. В этом вопросе он очень полагался на Молотова, который твердил одно: «Важно не поддаться на провокацию».