Организация взаимодействия между авиацией и флотом немцев была сопряжена с целым рядом серьезных затруднений. Главное командование ВВС оказывало значительное влияние на верховное главнокомандование в целом. Верховное главнокомандование использовало ВВС в качестве одного из самостоятельных видов вооруженных сил в тех районах, где, по его мнению, решалась судьба войны. Для войны на море авиация предоставлялась только тогда, когда стратегические планы главного командования военно-морскими силами совпадали с замыслами верховного главнокомандования, а последнее между тем основное внимание уделяло войне на континенте. Поэтому для удовлетворения потребностей военно-морского флота авиационных средств постоянно не хватало. Флот, как известно, привязан к воде, у авиации же этой привязанности нет: она может наносить удары по любым целям и на земле и на воде. Коренная ошибка немцев заключалась в том, что на тыловых коммуникациях противника — этой нервной системе всего его организма — не было проведено ни одного мощного сосредоточенного удара с воздуха. Даже в вопросах организации разведки на море военно-морской флот полностью зависел от усмотрения главнокомандующего другим видом вооруженных сил. А этот главнокомандующий, осуществляя авторитарное руководство своими ВВС, был настроен отнюдь не благожелательно по отношению к военно-морскому флоту.
Немецкий торговый флот
К началу войны суда немецкого торгового флота были разбросаны по всем морям и океанам. Каждое судно дальнего плавания имело на борту пакет с секретными инструкциями на случай начала военных действий. Эти инструкции в основном сводились к следующим указаниям:
1. Приложить все усилия, чтобы достичь одного из портов Германии и доставить туда свой груз, ценность которого в условиях войны несомненно возрастет.