49, январь – февраль. Помпей бежит. Не доверяя имевшимся у него в Италии легионам (новые же войска собирались слишком медленно), Помпей бежит из Бриндизия (Бриндизи) в Эпир, забрав с собой 25 тыс. воинов и сенат. Помпей овладевает римским флотом. Цезарь, занявший Рим, укрепляет в Италии свои позиции и решает ставшую перед ним стратегическую задачу. Он не мог передвигаться по морю; значит, навстречу Помпею в Грецию ему бы пришлось добираться по суше, через Иллирию. Однако в этом случае Галлия и сообщение с армией, проходившее через Цизальпинскую Галлию, останутся беззащитными перед испанской армией Помпея. Цезарь рассчитывает на бездействие Помпея в Греции, решив в это время расправиться с основными силами врага, сосредоточенными в Испании.
49, март, 9. Начало похода Цезаря в Испанию. Цезарь говорил: «Я иду драться против армии без полководца, чтобы затем сразиться с полководцем без армии». Префектом Рима Цезарь оставляет Марка Эмилия Лепида; остальной его армией командовал Марк Антоний. В Иллирии распоряжался Гай Антоний, в Цизальпинской Галлии Лициний Красе, на захват Сицилии и Африки был послан Гай Курион.
49, март – сентябрь. Осада Массилии (современный Марсель). В Массилию по морю с небольшим отрядом прибывает помпеянец Луций Домиций Агенобарб, который склоняет город к переходу на сторону Помпея. Цезарь, отправивший большую часть войска на захват пиренейских перевалов, с тремя легионами начинает осаду Массилии. Вскоре Цезарь поспешил в Испанию, а для продолжения осады оставляет войско под командованием Гая Требония. Децим Брут должен был снарядить морской отряд и заблокировать город с моря. Осада Массилии продолжалась в течение всего испанского похода Цезаря. У берегов города Брут наносит поражение флоту противника.
49, апрель. Цезарь прибывает в Испанию. Тем временем посланные Цезарем отряды захватили перевалы через Пиренеи; в этот момент подошла армия Помпея в составе 65 тыс. солдат, которой командовали Луций Афраний и Марк Петрей. Их попытки заблокировать горные проходы не увенчались успехом; помпеянцы решают ждать Цезаря у Илерды (Лериды). Еще два легиона Помпея, а также 45 тыс. вспомогательных отрядов, под командованием Вибеллия Руфа и Марка Варрона, удерживали остальную территорию Испании. Цезарь начинает наступление на Северную Испанию с 37 тыс. войска. Близ Илерды он сталкивается с войсками Помпея.
49, май – июнь. Военная кампания у Илерды. Обе стороны не желали битвы. Цезарь опасался численного превосходства противника. Афраний и Петрей знали, что Цезаря невозможно победить. С помощью осторожных маневров и небольших столкновений с противником Цезарь пытался захватить армию Помпея в плен, не уничтожая ее. Этим он смог бы предотвратить кровопролитие среди римлян, а его войско, возможно, пополнилось бы новыми воинами. Афраний и Петрей, измотанные энергичными действиями Цезаря, принимают решение об отступлении, но на их пути встает войско Цезаря. Они возвращаются в Илерду. Здесь помпеянцы были окружены армией Цезаря; он отрезал им снабжение питьевой водой.
49, июль, 2. Капитуляция Илерды. Афраний и Петрей предпочли сдаться. Их легионы были распущены. Войско Цезаря, как он и надеялся, пополнилось новыми солдатами. Цезарь совершает бросок в Гадес (Кадис) для утверждения своей власти в Испании, а затем, оставив для подчинения провинции небольшой отряд, возвращается в Массалию.
49, июль, 24. Поражение в Африке Куриона. Легат Цезаря Гай Курион без труда устанавливает власть Цезаря на Сицилии. Однако в Африке он встречается со значительным сопротивлением: ему противостоит войско помпеянцев под командованием Аттия Вара, который заключил союз с царем Нумидии Юбой. У реки Баград Курион терпит поражение; таким образом, Африка осталась в руках Помпея. Курион предпочел смерть капитуляции и покончил с собой.