На аэродроме в Горобилье еще оставалось 10 исправных Do-17K из 64-й группы. 12 апреля эти «Дорнье» под командованием майора Бранко Фанедля направились бомбить немецкие колонны в долине реки Морава. Заметив неповрежденный важный мост через Мораву, Фанедль лично атаковал его и добился двух попаданий 100-кг бомбами, но уничтожить мост не смог. При этой атаке его «Дорнье» был сильно поврежден огнем немецких зениток и разбился в 10 милях к северу, весь экипаж погиб. Еще один Do-17K получил повреждения, но смог вернуться на базу. Остальные 8 бомбардировщиков позже перелетели на базу Бутмир, в районе Сараево.
Рано утром 13 апреля немецкие пикировщики Ju-87 из «Флигерфюрер Арад» снова вылетели на поиски югославских мониторов на Дунае и в 07:30 обнаружили их в Чибе в 20 милях от Нови-Сада. В то самое время, когда Bf-110 обстреливали аэродром в Биелине, Ju-87 атаковали монитор «Драва». В начале войны 6 апреля «Драва» обстреливала венгерский пограничный аэродром в Мохаче, 2 дня спустя обстрел был повторен. До сих пор «Драве» удавалось избегать атак немецких пикировщиков, но 13 апреля попаданий в монитор добились 9 «Юнкерсов». Их бомбы оказались в основном неэффективны против толстой броневой палубы корабля, но одна бомба влетела прямо в дымовую трубу и разорвалась в машинном отделении. 54 члена экипажа монитора погибли, спаслись только 13 человек. После налета экипажи мониторов заявили о трех сбитых Ju-87.
Ночью 12/13 апреля немецкие войска вошли в Белград. Утром были наведены новые переправы через Саву, и продолжилось наступление в Боснию. Югославское командование было вынуждено признать, что сопротивление в Македонии и Словении больше невозможно, и что Вермахт глубоко продвинулся в Хорватии. Было направлено срочное обращение в британское министерство иностранных дел, призывавшее ответить на направленную еще 6 апреля просьбу предоставить значительную военную помощь. Но пришел ответ, что такая помощь не может быть предоставлена. Прибыл также греческий представитель с сообщением о тяжелом положении, складывавшемся в Греции (об этом позже в этой главе). После этого греческий дипломат вылетел обратно в свою страну с базы в Никшиче на бомбардировщике Do-17K, который пилотировал майор Душан Милоевич, командир 209-й эскадрильи 64-й группы JKRV. Тем временем генерал Данило Калафатович получил приказ добиваться подписания перемирия с немцами.
Бомбардировщики Люфтваффе в тот день действовали очень активно, атакуя концентрации югославских войск и аэродромы. «Юнкерсы» Ju-88 из KG 51 атаковали курорт Илидца по специальному приказу Гитлера, получившего сведения, что югославское правительство укрывается там. Уцелевшие самолеты югославских ВВС выполнили 13 апреля лишь 8 истребительных и 4 бомбардировочных вылета. Боевые вылеты выполняли только «Харрикейны» 4-го полка JKRV, пилот одного из них заявил о сбитом Bf-110 к северу от Баня-Луки. Еще один «Харрикейн» был сбит, его пилот Войя Грбич тяжело ранен.
Около полудня погода снова ухудшилась, именно тогда, когда югославы готовились к эвакуации с базы Бутмир. В такой ситуации командующий 2-й авиабригады JKRV приказал уничтожить все оставшиеся самолеты 4-го и 8-го полков, а личному составу отступать по дороге на Сараево. В районе Сараево сосредоточились уже 15 000 чел. личного состава югославских ВВС, которых предполагалось использовать как пехоту в обороне против немецких войск, наступавших с трех направлений. В последний момент приказ об уничтожении самолетов был отменен, и уцелевшие самолеты с баз Райловац и Бутмир было приказано перегнать в Никшич. Истребители «Фьюри» из 35-й группы также были направлены на базу в Никшиче, но по пути их атаковали 12 итальянских истребителей. Точных сведений об этом бое не сохранилось, но, вероятно, потери понесли обе стороны.
Итальянская авиация 12-13 апреля действовала достаточно активно. 12 апреля итальянские истребители снова атаковали базу югославских гидросамолетов в Трогире, после налета итальянцы заявили о 6 уничтоженных гидросамолетах. Югославских данных об этом налете нет, но они отмечают, что 13 апреля был налет истребителей на базу в Дивулье, и один гидросамолет был потерян. Также была атакована база учебной эскадрильи гидросамолетов рядом с Трогиром. Возможно, об этих атаках и упоминают итальянцы. Более важным был налет на аэродром в Мостаре, в котором участвовали 7 пикировщиков «Юнкерс» Ju-87 из 208-й эскадрильи 101-й группы пикировщиков (BaT) в сопровождении истребителей «Фиат» CR.42 из 160-й отдельной группы и «Макки» С.200 из 150-й группы. Попаданиями бомб были уничтожены два ангара. «Юнкерс» командира группы майора Джузеппе Донадио был подбит и совершил вынужденную посадку. Майор и его стрелок были взяты в плен югославскими солдатами, их держали под арестом вместе с несколькими немецкими пилотами; после капитуляции Югославии они были освобождены. Тем временем итальянские истребители обстреляли аэродром, пилоты CR.42 заявили об 11 уничтоженных самолетах, а пилоты С.200 еще о 22 уничтоженных.