При эвакуации большую часть вылетов выполняли Do-17K и S.79, а также 5 оставшихся «Локхид 10А» (еще два «Локхида» были сбиты, один в Греции 7 апреля, другой в районе Белграда, точная дата не установлена). Каждый самолет не только вывозил эвакуированных, но и в каждом вылете брал на борт по 50 кг золотых слитков из государственного золотого запаса Югославии. 2-3 из этих самолетов разбились в авариях при посадке в Греции, но большинство успешно садилось на аэродромах в Парамитьи или Янине. Много учебных и связных самолетов также смогли долететь до Парамитьи, в том числе «Бреге» Br.XIX, «Потэ-25», один Bf-108 и один SIM-X. Там к ним присоединились оставшиеся «Бреге» из 5-й разведывательной группы с аэродрома Флорина. Несколько этих самолетов было уничтожено при обстреле аэродрома немецкими истребителями.
На борту одного S.79, не долетевшего до греческих баз был командующий JKRV генерал Миркович. 16 апреля в районе Превезы «Савойя» была обстреляна греческой зенитной артиллерией, получила повреждения и разбилась, ее фюзеляж разломился надвое, генерал Миркович был тяжело ранен, а один из югославских министров, летевших с ним, погиб. Воислав Ракич пытался долететь до Греции на последнем уцелевшем «Харрикейне», но из-за плохой погоды был вынужден вернуться в Никшич, где истребитель пришлось бросить. Еще раньше – вероятно, 15 апреля, но возможно и днем ранее – этот «Харрикейн» участвовал в бою с итальянскими истребителями и получил 37 попаданий, но все еще мог после этого подняться в воздух. Хотя «воздушный мост» в течение трех дней эвакуации не подвергался атакам противника, не всем югославским самолетам так везло. 16 апреля с базы в Валоне взлетели итальянские истребители «Макки» С.200 для перехвата югославских самолетов, опознанных как «Бленхеймы», два из которых были сбиты, а третий засчитан вероятно сбитым. Скорее всего это были не «Бленхеймы», а похожие на них «Капрони» Са.310 из 603-й учебной эскадрильи JKRV, пытавшиеся перелететь в Грецию через Корфу, по югославским данным в тот день был сбит противником как минимум один такой самолет, все 6 человек, находившиеся на его борту, погибли.
Капитуляция югославских вооруженных сил была подписана 17 апреля. Хотя после ее подписания югославская авиация должна была прекратить все полеты, некоторые самолеты еще успели улететь. Последним в 16:00 покинул Югославию «Дорнье» Do-17K из 209-й эскадрильи, его пилотировал майор Милоевич, за два дня перед этим успевший выполнить два эвакуационных рейса. Позже этот «Дорнье» перелетел из Греции в Египет. Сам Милоевич погиб 19 декабря 1943 г. на борту «Либерейтора» В-24 при налете на Аугсбург.
В короткой югославской кампании 49 самолетов JKRV были сбиты в воздухе истребителями Оси или зенитным огнем, еще больше получили серьезные повреждения и не подлежали ремонту. 6 югославских самолетов были сбиты по ошибке огнем своей зенитной артиллерии. 85 самолетов югославских ВВС были уничтожены противником на земле. Многие самолеты были уничтожены в конце кампании своими экипажами, некоторые разбились в боевых вылетах или при эвакуации. От 40 до 50 югославских самолетов смогли перелететь в Грецию, об их судьбе будет рассказано позже. Как минимум два «Харрикейна», две «Фьюри», один Do-17K и один S.79 были захвачены противником неповрежденными, как и много учебных самолетов и 28 различных гидросамолетов югославской морской авиации. Среди захваченных силами Оси югославских кораблей был гидроавиатранспорт «Змай», способный нести 10 гидросамолетов. Немцы переоборудовали его в минный заградитель и назвали «Драхе». После капитуляции в плен к немцам попало около 375 000 югославских солдат и офицеров, еще около 30 000 пленных захватили итальянцы. 10 истребителей «Кертисс Томахоук» Р-40В, купленных в США, должны были доставить в Югославию в мае 1941, но после ее капитуляции их передали британцам.
Как и в JKRV, некоторые экипажи югославской морской авиации еще пытались перегнать в Грецию свои уцелевшие самолеты. 13 апреля 3 Do-22 из 25-й эскадрильи гидросамолетов (2-е командование) перелетела на базу Бока-Которска, где их предполагалось включить в состав 20-й эскадрильи 3-го командования гидросамолетов. Когда 15 апреля пришли сведения, что скоро боевые действия будут прекращены, экипажи гидросамолетов решили лететь в Грецию. На следующий день рано утром 7 «Дорнье» Do-22 из 20-й и 25-й эскадрилий покинули Ораховац, и 5 из них в 07:00 достигли Корфу. Один «Дорнье» был вынужден вернуться на базу, у другого возникла неисправность с двигателем, также он был поврежден зенитным огнем и сел в море в районе Санта-Куаранта (Албания). Итальянцы не заметили самолет, и экипаж произвел ремонт в море, после чего «Дорнье» спустя 2 часа прибыл на Корфу.