К вечеру 15 апреля были подведены итоги и оценены понесенные потери. Силы британской авиации в Греции значительно уменьшились, также серьезно пострадали оставшиеся части греческих ВВС. Теперь численность исправных британских самолетов была следующей:
Бомбардировщики
11-я эскадрилья – 8 «Бленхеймов»
84-я эскадрилья – 9 «Бленхеймов»
113-я эскадрилья – 0
211-я эскадрилья – 5 «Бленхеймов»
Истребители
30-я эскадрилья – 14 «Бленхеймов» Mk IF
33-я эскадрилья – 5 «Харрикейнов»
80-я эскадрилья – 11 «Харрикейнов»
112-я эскадрилья – 12 «Гладиаторов»
208-я разведывательная эскадрилья – 2 «Харрикейна», 5 «Лайсендеров»
К 16 апреля положение союзников продолжало неуклонно ухудшаться. Хотя войска Британской Империи смогли отступить по Фессалийской равнине в относительном порядке, из-за улучшения погоды они попали под сильные и постоянные удары немецкой авиации именно в тот момент, когда горы больше не давали им укрытия. На западе наступление немецкого XL корпуса со стороны Скопье угрожало окружением храбрых, но уже обескровленных греческих войск Эпирской Армии. Начавшееся наступление против итальянцев было прервано, так как эвакуация аэродромов, близких к фронту, оставила греческие войска без всякой поддержки и прикрытия с воздуха.
Чтобы спасти главные силы греческой армии, требовалось быстрое отступление на юг, но уступить территорию, с такими жертвами отвоеванную у итальянцев, было для греков неприемлемо по моральным причинам. Ситуация выглядела безнадежной, и в тот же день генерал Папагос рассказал генералу Мейтленд-Уилсону о тяжелом положении греческой армии и предположил, что отступление британских войск может спасти страну от полного опустошения военными действиями.
Для частей RAF в Греции день 16 апреля оказался несколько более спокойным, проводилась реорганизация в связи с общим отступлением. Утром два «Харрикейна» из 80-й эскадрильи RAF перехватили группу из 20 «Юнкерсов» Ju-88 из I(K)/LG1 и I/KG51, атаковавших порт Халкис. Флайн-офицер Грэм атаковал один «Юнкерс» (вероятно 9K+FM унтер-офицера Йоханнеса Ульрика из KG51) и сбил его к северо-востоку от Полтики. Второй «Юнкерс» (LI+HL обер-лейтенанта Хорста Беегера) был сбит зенитным огнем и упал в море недалеко от порта Халкис. Еще два Ju-88 при возвращении из этого вылета разбились во время посадки, вероятно получив повреждения от зенитного огня. Один совершил вынужденную посадку в районе Салоник с 40% повреждений, второй разбился при посадке в Крумово, и его пришлось списать, но все члены экипажей обоих «Юнкерсов» выжили.
В течение дня «Харрикейны» из 33-й эскадрильи RAF по одному или парами посылались на прикрытие колонн отступавших войск, двигавшихся по Фессалийской равнине. В одном таком вылете флайн-офицер Дайсон получил приказ сбросить пакет с сообщением одной колонне к северу от Ламии. Когда Дайсон снизился над колонной до предельно малой высоты, перед его «Харрикейном» взорвалась немецкая бомба, от взрыва истребитель перевернулся в воздухе. Каким-то образом Дайсон смог восстановить управление и вернуться в Элефсис, не пострадав – осколком бомбы только сорвало с его лица кислородную маску. В другом вылете флайт-сержант Коттингем заметил разведывательный «Хеншель» Hs-126 из 1(H)/14 и заявил о его сбитии. По немецким же данным этот «Хеншель» был поврежден зенитным огнем, а не истребителями, наблюдатель фельдфебель Рихтер был убит, но пилот остался невредим.
Два «Харрикейна» из 208-й разведывательной эскадрильи RAF получили приказ перебазироваться на передовой аэродром в Фарсале, но на следующий день их направили в Элефсис, где они вошли в состав 80-й эскадрильи RAF.
Знаменитый командир 33-й эскадрильи Пэттл тогда серьезно заболел, и хотя страдал от сильной лихорадки, но отказался от госпитализации и настоял на своем дальнейшем участии в боевых вылетах. Однако административные обязанности командира эскадрильи он позволил взять на себя своему адъютанту флайт-лейтенанту Рамси.