После капитуляции югославских войск, в Греции стали распространяться слухи, что и греческой армии предстоит неизбежная сдача. Король Греции Георг II был решительно настроен продолжать сражаться и намеревался до последней возможности оставаться в Афинах, хотя многие предлагали эвакуировать королевскую семью и правительство на Крит. 18 апреля в полдень над Афинами пролетели на малой высоте 16 «Харрикейнов» из 33-й и 80-й эскадрилий RAF, чтобы укрепить моральный дух населения, но в самом городе было объявлено военное положение. Президент Александр Корицис был против эвакуации на Крит, потому что считал, что тогда власть в Греции захватят прогерманские элементы. После экстренного совещания правительства, на котором не было принято никакого решения, Корицис застрелился, узнав, что командующий Эпирской Армии генерал-лейтенант Цолакоглу уже начал переговоры о капитуляции с командованием немецкой 12-й Армии. Временно исполняющим обязанности премьер-министра был назначен губернатор Афин К. Кодзиас. Два дня спустя король назначил на должность премьера Эммануэля Цудероса.
Одним из первых его действий было снятие с должности генерала Цолакоглу и приказ Эпирской Армии продолжать сопротивление. Но было уже слишком поздно. Офицеры Эпирской Армии отстранили нового командующего и продолжили переговоры с немцами. Капитуляция армии произошла 21 апреля. К этому времени было достигнуто соглашение между генералом Уэйвеллом и греческим королем об эвакуации британских войск из Греции. Одной из основных причин было подавляющее превосходство авиации противника и невозможности противостоять ей с имеющимися силами и аэродромами.
Тем временем 18 апреля в 13:15 был подняты в воздух на патрулирование 16 «Харрикейнов», но противника не встретили. В тот же день британские истребители получили подкрепление – еще пять «Харрикейнов» из Египта с новыми пилотами.
Все оставшиеся «Бленхеймы» теперь были сосредоточены на аэродроме Мениди, и было принято решение, что их экипажи должны действовать под командованием 11-й эскадрильи RAF. После полудня 14 «Бленхеймов» (по шесть из 11-й из 84-й эскадрилий и два из 211-й) индивидуально выполняли боевые вылеты, нанося удары по колоннам немецких войск в районе Козани, Катерины и озера Кастория. В одном таком вылете «Бленхейм» командира 84-й эскадрильи Джонса был атакован двумя Bf-110 в районе Лариссы. «Мессершмитты» преследовали его до побережья, и в районе горы Мавровуни Джонс был вынужден посадить поврежденный «Бленхейм» в море.
Местные жители видели с берега, как экипаж «Бленхейма» забрался на спасательный плот и начал грести к берегу. Навстречу им вышел греческий моторный катер. В этот момент «Мессершмитты» спикировали на плот и обстреляли его. Командир эскадрильи Джонс, флайт-сержант Уэбб и сержант Кин были убиты. Их тела были подобраны и похоронены в деревне Керамиди. Второй «Бленхейм» (Т2348 из 11-й эскадрильи) был перехвачен и сбит «Мессершмиттом» Bf-109E обер-лейтенанта Армина Шмидта из 9/JG77 в тот момент, когда атаковал колонну немецких войск (в колонне 8 солдат было убито и 15 ранено). Пилот «Бленхейма» пайлот-офицер Патрик Монтегю-Бейтс и его экипаж погибли.
Днем «Юнкерсы» Ju-88 из I/LG1 атаковали дороги в районе Лариссы, заполненные отступавшими британскими и греческими войсками и беженцами. Части новозеландской 4-й бригады были атакованы низколетящими немецкими самолетами, и солдаты видели, что пожилой майор Тед Доусон стреляет по противнику из пулемета «Брен»; спустя несколько секунд храбрый офицер был смертельно ранен.
19 апреля продолжалась эвакуация из Греции всех самолетов, кроме истребителей. Три югославских S.79 из 81-й отдельной группы, два «Дорнье» Do-17K из 3-го бомбардировочного полка и три транспортных «Локхида»-10А вылетели из Элефсиса и Мениди в Египет. Вскоре за ними последовал еще один S.79 и девять югославских гидросамолетов из бухты Суда (куда они прибыли 17 апреля).
Гидросамолеты – сначала семь «Дорнье» Do-22Kj и один SIM-XIV – вылетели в Абукир, на борту «Дорнье» №309 был офицер связи RAF. По пути они пролетели над греческим грузовым судном, эвакуировавшим людей, и напугали его экипаж и пассажиров, принявших их самолеты за вражеские. Все благополучно прибыли в Абукир, но при посадке «Дорнье» №302 получил повреждения. Еще один «Дорнье» Do-22Kj из-за неисправности двигателя прибыл в бухту Суда на следующий день и перелетел в Абукир 27 апреля. Старый «Хейнкель» He-8 был оставлен в бухте Суда, потому что ему не хватало дальности полета до Египта, и позже был там затоплен. Югославские «Дорнье», перелетевшие в Египет, впоследствии служили во 2-й югославской эскадрилье в составе RAF. Всего около 40 югославских летчиков (из состава JKRV и морской авиации), улетевших из Югославии на своих самолетах, присоединились к силам союзников. Еще около 200 человек личного состава югославских ВВС эвакуировались на кораблях.