В течение дня 24 апреля Люфтваффе продолжали действовать против судоходства союзников. В бухту Навплия перед рассветом прибыли три судна: греческий пароход «Николау Георгиос» (4108 т) и британские «Кавалло» (2269 т) и «Санта Клара» (4665 т). Все они были загружены боеприпасами и взрывчатыми веществами, на борту последнего кроме того было 500 мулов и лошадей для греческой армии – во время войны греческая армия использовала около 20000 мулов для перевозок в горах. Оборудования для разгрузки боеприпасов не было, но ветеринарный офицер распорядился выпустить в море как можно больше животных перед налетом. Около 11:00 транспорты атаковала первая волна пикировщиков Ju-87, «Санта Клара» получила четыре прямых попадания и затонула, погибли четыре члена экипажа и много животных, еще остававшихся на борту. Час спустя затонул «Кавалло», а около 15:00 взорвалось горевшее греческое судно, взрыв причинил большой ущерб зданиям на берегу.
Были потоплены два греческих госпитальных судна – «Андрос» (2068 т) в Лутраки и «Поликос» (875 т) в Метане. Вечером четыре пикировщика Ju-87 атаковали у острова Паки лихтер А1, оставшийся без зенитной артиллерии. Лихтер получил пять прямых попаданий и пошел ко дну. Его экипаж к тому времени уже покинул судно и сошел на берег. Гораздо больше жертв было при налете в порту Пирей около 18:00, куда прибыла греческая круизная яхта «Эллас» для участия в эвакуации. Яхта могла принять около 1000 пассажиров, на ее борт поднялись 500 британских подданных, живших в Греции (в основном мальтийцы и киприоты), а также много раненых австралийских солдат и сопровождавшие их медсестры. В этот момент порт атаковали бомбардировщики Ju-88, яхта была тяжело повреждена, загорелась и вскоре затонула, лишь немногие из людей на борту смогли спастись. Одним из выживших был винг-коммандер лорд Форбс, пилот того злополучного «Энсона», уничтоженного утром на аэродроме. Он смог доплыть до берега, и позже добрался до Крита на каике. Кроме того, в Пирее были потоплены два небольших греческих торговых судна – «Тети Номику» (1882 т) и «Димитриос Номикос» (1171 т).
В этих налетах и Люфтваффе не обошлись без потерь, хотя сопротивления истребителей в воздухе уже не было. Два «Юнкерса» Ju-87 из I/StG2 – T6+JH унтер-офицера Вартманна и T6+LK ефрейтора Германна – и один Ju-88 из I/KG51 были потеряны в районе Афин. Еще один Ju-87 - S7+LL лейтенанта Райхардта из I/StG3 по немецким данным пропал в районе Халкиса. Кроме того, в районе Афин был сбит «Мессершмитт» Bf-109E из II/JG77, его пилот лейтенант Зигфрид Фрайтаг (будущий ас-«эксперт») был ранен.
Днем в бухту Суда прибыл «Сандерленд» из Скараманги, на его борту было 40 человек, в том числе вице-маршал авиации Д’Альбиак и генерал сэр Томас Блейми, командующий австралийских войск. Теперь Люфтваффе все чаще атаковали и Крит, в тот же день в бухте Суда «Юнкерсы» Ju-88 потопили греческое судно «Кириаки» (5524 т). Лейтенант Уинстенли из 805-й эскадрильи FAA, патрулировавший на «Си Гладиаторе», пытался атаковать бомбардировщики, но безуспешно. Истребители «Бленхейм» Mk IF из 30-й эскадрильи RAF, патрулировавшие над конвоями, добились большего успеха. В 17:25 пайлот-офицер Л. Бейсен заметил прямо впереди Ju-88 (Ll+KH фельдфебеля Вальтера Цукера из I/LG1). Приблизившись к «Юнкерсу», вероятно, незамеченным, Бейсен выпустил в него четыре очереди, «Юнкерс» задымил и повернул на северо-восток. Другой пилот позже видел, как этот «Юнкерс» упал в море. Цукер, однако, впоследствии утверждал, что его сбили «Гладиаторы», причем стрелки Ju-88 заявили об одном сбитом истребителе.
На Крит к тому времени прибыли и другие истребители «Бленхейм» - на этот раз «Бленхейм» Mk IVF из 203-й эскадрильи RAF, до того базировавшиеся в Адене и активно участвовавшие в боях над Восточной Африкой. Первые пять этих «Бленхеймов» привел на аэродром Ираклион командир эскадрильи Пайк. Еще четыре на следующий день привел командир эскадрильи Гефин. Каждый «Бленхейм» вез на борту людей из наземной команды и запасные части, в том числе хвостовые колеса, которые на плохо подготовленной ВПП Ираклиона часто ломались. Тогда же с базы Ираклион улетели в Египет шесть «Лайсендеров» из 208-й эскадрильи RAF и последний греческий PZL.