Едва «Бленхеймы» улетели, как аэродром Малеме атаковали девять «Мессершмиттов» Bf-109E, расстреливая рассредоточенные самолеты и позиции зенитных орудий. Еще одна эскадрилья «Мессершмиттов» кружила на высоте 3-4 тысячи футов, и еще одна – на высоте 10 тысяч футов, осуществляя прикрытие. Один из пилотов дежурного звена флайт-лейтенант Вернон Вудворд (только что награжденный Крестом DFC), вспоминал:
«Я завел мотор, но несколько секунд спустя он заглох и загорелся. Я выскочил и бросился к стоящему рядом истребителю (частично неисправному, насколько я помню). Не было времени пристегиваться и надевать парашют – я снова пытался скорее взлететь, но едва набрал скорость на земле, как на меня спикировали два 109-х, расстреливая меня с дистанции 600-800 ярдов. Я почти взлетел, но самолет снова загорелся, и пришлось резко тормозить. Я быстро выскочил и укрылся в траншее на краю ВПП. Для одного дня это было слишком. Наверное, это были самые неприятные несколько минут в моей жизни. И если у меня есть ангел-хранитель, наверное, в тот день он работал сверхурочно!»
«Си Гладиатор», также пытавшийся взлететь, опрокинулся, и пилот оказался зажат в кабине. Новозеландский солдат, подбежавший на помощь, смог освободить пилота, но «Мессершмитты» сразу же расстреляли истребитель и еще один «Си Гладиатор» поблизости; также снова были обстреляны уже выведенные из строя «Буффало».
В перерыве между налетами на Крит прибыли четыре «Харрикейна», их перегнали из Мерса-Матрух пилоты 30-й эскадрильи RAF, в полете их сопровождал «Мэриленд» из 24-й эскадрильи SAAF. Два из этих «Харрикейнов» (N2610 и V7827) были направлены на базу Малеме для пополнения 33-й эскадрильи, а другие два в 112-ю эскадрилью в Ираклион. Перегонявшие их пилоты должны были вернуться в Египет на «Сандерленде». В середине дня «Дорнье» Do-17Z из III/KG2 провели еще один налет на Малеме и бухту Суда. На их перехват взлетели несколько «Харрикейнов», но они не смогли перехватить бомбардировщики, и только один «Дорнье» был поврежден зенитным огнем. После этого налета с аэродромов Крита было эвакуировано еще несколько самолетов; в частности, последний оставшийся «Суордфиш» (P4272 'H') из 815-й эскадрильи FAA, который уже собирались бросить, но офицер по вооружению лейтенант Денис Лоу и механики отремонтировали его. Лоу, который имел квалификацию пилота, решил сам лететь на этом «Суордфише», а суб-лейтенант Дональд Коутс из 805-й эскадрильи FAA занял место штурмана. Было решено, что с ними в Египет полетят четыре греческих учебных самолета «Авро Тьютор» с греческими экипажами. Сначала эта маленькая группа самолетов должна была перелететь в Ираклион. Об этом перелете Дональд Коутс вспоминал:
«Нас обстреливали все зенитные орудия по пути вдоль северного берега – никто не мог поверить, что на Крите еще остались самолеты союзников, не говоря уже о том, что их может быть целых пять! Нам было очень трудно заходить на посадку».
На следующее утро они вылетели в Мерса-Матрух и все благополучно туда прибыли.
Перед наступлением сумерек аэродром Малеме подвергся еще одному налету – его атаковало около дюжины «Мессершмиттов», но ущерб они нанесли незначительный. Ночью два транспорта снабжения вышли из бухты Суда и направились в Порт-Саид, на борту транспорта «Лоссимут» эвакуировались 2000 военнослужащих небоевых специальностей. Транспорты сопровождали несколько военных кораблей, в том числе крейсер «Дайдо», на борту которого эвакуировалась часть золотого запаса Греции (около 7 000 000 британских фунтов). Перед наступлением рассвета 16 мая в северной оконечности пролива Касо у «Лоссимута» возникла неисправность в машинах, и транспорт стал идеальной целью для вероятных атак бомбардировщиков или подводных лодок. К счастью, поломка была быстро устранена, и конвой направился дальше. В 11:45 появились пять бомбардировщиков S.79 и атаковали транспорты, но несмотря на множество близких разрывов, попаданий бомб не было.
На рассвете 16 мая возобновились налеты на Малеме. В 06:15 «Харрикейны» взлетели на перехват. Флайн-офицер Вейл («Харрикейн» V7795) заявил об одном сбитом Bf-109E. В середине дня «Харрикейны» снова взлетали по тревоге, но не смогли перехватить противника. В 16:00 командир эскадрильи Хауэлл на «Харрикейне» N2610 провел разведку над островом Мелос по приказу капитана авиагруппы Бимиша. После 20-минутного полета от Малеме он не обнаружил целей на Мелосе и уже возвращался обратно на Крит, когда заметил одиночный Ju-52/3m (IZ+GX фельдфебеля Вальтера Штайнбаха из IV/KGzbV1), летевший на малой высоте над морем в противоположном направлении. Хауэлл выполнил на него три захода, левый двигатель «Юнкерса» загорелся, и немецкий самолет упал в море, выживших не было. Продолжая лететь к Криту, Хауэлл заметил еще несколько немецких самолетов, летевших в противоположном направлении. Это были пикировщики Ju-87 из I/StG2 в сопровождении «Мессершмиттов» Bf-110 из II/ZG26, они только что атаковали Малеме и бухту Суда. Догнав «Штуки» и попав под огонь их стрелков, Хауэлл выбрал один пикировщик и атаковал его. Ju-87 перевернулся и стал пикировать – вероятно, это был маневр уклонения. Несколько «Мессершмиттов» обстреляли «Харрикейн» Хауэлла, но он не получил повреждений.