Однако операция «Барбаросса» из-за Балканской кампании и так была отложена на месяц, и Гитлер заявил, что дальнейших ее отсрочек допустить нельзя. Он уже приказал вывести большую часть войск из Греции, предоставив оккупацию почти всей греческой территории итальянцам (кроме района Афин) и подготовил директиву №28 по проведению высадки на Крит – операции «Меркур». Гитлер сказал Штуденту, что операция должна быть выполнена силами XI авиакорпуса при поддержке авиации VIII авиакорпуса и предпринята к середине мая.
Генерал-лейтенант Штудент начал подготовку к операции сразу же, приказав максимально быстро передислоцировать парашютные и посадочно-десантные части корпуса с их баз в Германии в Южную Грецию. Эти войска, передвигавшиеся по железным и шоссейным дорогам, задержались в горах Македонии из-за движения на север 2-й танковой дивизии в рамках подготовки к операции «Барбаросса», последняя имела приоритет в передвижении по дорогам. В результате 22-я воздушно-десантная дивизия была оставлена в Румынии и заменена 5-й горнострелковой дивизией генерал-лейтенанта Рингеля (австрийские горные стрелки), уже принявшей важное участие в боях в Греции. К несчастью, горные стрелки, хотя тоже являлись элитными войсками, не были подготовлены к проведению воздушно-десантных операций, особенно против сильного противника. Все войска, предназначенные для высадки на Крит достигли Греции к 14 мая, последними прибыли 1-я и 2-я роты 1-го штурмового полка. Но из-за других задержек начало операции, первоначально назначенное на 17 мая, было перенесено.
Авиационный контингент XI авиакорпуса под командованием генерала Герхардта перебазировал свои транспортные самолеты с Балкан на аэродромы Германии для ремонта после активной транспортной работы, выполненной в ходе Балканской кампании, но к 15 мая почти 500 транспортных самолетов вернулись на аэродромы Южной Греции. Это не были аэродромы с твердым покрытием (как в районе Афин), а всего лишь грунтовые полосы, при взлете и посадке тяжелых самолетов с них поднимались тучи пыли, забивавшие воздухозаборники двигателей и ослеплявшие пилотов, из-за чего замедлялись процедуры взлета и посадки и серьезно возрастал риск аварий. Кроме того, требовалось доставить около 9000 т (650 000 галлонов) авиационного бензина для транспортных самолетов, чтобы в первый день операции обеспечить возможность их действий тремя волнами. Танкер «Рондине» доставил большую часть этого бензина в порт Пирей, откуда горючее, разлитое в 45-галлонные бочки, развозилось автотранспортом на аэродромы. Но танкер задержался из-за разрушенного моста, перекрывшего Коринфский канал (см. главу 6). Еще одно судно вскоре должно было прибыть из Италии и доставить 8000 40-галлонных бочек авиабензина. Также в Драпецоне в районе Афин было захвачено 1500 т британского авиабензина, который британцы не успели уничтожить из-за противодействия греческих властей, не разрешавших проведение крупномасштабных подрывных работ вблизи города.
Пока Коринфский канал был очищен и открыт для судоходства, планы операции «Меркур» уточнялись и были окончательно утверждены. Войска, предназначенные для высадки, были разделены на три группы: группа «Запад» под командованием генерал-майора Ойгена Майндля; группа «Центр» под командованием генерал-майора Вильгельма Зюссмана; группа «Восток» под командованием генерал-лейтенанта Юлиуса Рингеля. Высадке должна была предшествовать непрерывная бомбардировка и штурмовка мест сосредоточения британских и греческих войск и позиций зенитных орудий, сначала средними бомбардировщиками, а потом пикировщиками и истребителями. Сначала две роты 1-го штурмового полка должны были высадиться на 27 планерах DFS-230 к югу от аэродрома Малеме, уничтожить уцелевшие зенитные орудия и атаковать лагерь британских войск. Еще 9 планеров со штабной группой должны были захватить мост через реку Тавронитис.
Через несколько минут после этого с «Юнкерсов» Ju-52 сбрасывались на парашютах основные силы 1-го штурмового полка - три батальона (более 1850 солдат) для захвата самого аэродрома. Одновременно отряды группы «Центр» (еще две роты 1-го штурмового полка) на 30 планерах высаживались к югу и западу от Кании, столицы острова, и в районе бухты Суда с той же задачей подавления уцелевших позиций зенитных орудий. Еще 5 планеров должны были доставить генерал-майора Зюссмана, командира 7-й (парашютной) дивизии Люфтваффе, и его штаб. После этого должны были высадиться парашютисты 3-го парашютного полка (FJR 3), которых позже должны были усилить горные стрелки 100-го горнострелкового полка, и захватить Канию, город Суда и Галатас.