После полудня первого дня операции вторая волна транспортных самолетов должна была доставить еще 1500 парашютистов 2-го парашютного полка для выполнения второго ряда задач группы «Центр» в районе Ретимо. Тогда же части группы «Восток» - парашютисты 1-го парашютного полка, усиленные 2-м батальоном 2-го парашютного полка – должны были высадиться в районе Ираклиона. 5-я горнострелковая дивизия (за исключением 100-го полка) должна была высадиться позже, морским путем. Танки, автотранспорт, зенитные и противотанковые орудия и инженерные части также должны были быть доставлены на Крит по морю. Как только аэродромы в Малеме и Ираклионе будут захвачены, транспортные «Юнкерсы» Ju-52 доставят на них подкрепления. Захват Малеме имел приоритет. Всего на Крит должно было высадиться 15 750 солдат с воздуха и 7000 с моря.
Для доставки этих сил авиационный контингент XI авиакорпуса имел в наличии 520 транспортных Ju-52/3m и 72 планера DFS-230. Они дислоцировались следующим образом:
KGzbV1, командир оберст Вильке, базы Дадион, Мегара и Коринф.
KGzbV2, командир оберст Бюдингер фон Хайкинг, база Тополия.
KGzbV3, командир оберст Буххольц, база Танагра.
Поддерживавший высадку VIII авиакорпус Люфтваффе генерал-майора фон Рихтгофена имел в своем составе 228 средних бомбардировщиков, 205 пикировщиков Ju-87, 114 «Мессершмиттов» Bf-110 (Zerstorer), 119 «Мессершмиттов» Bf-109E и 50 разведывательных самолетов. Всего 716 самолетов, из них 514 были исправны и готовы к боевым вылетам. Эти соединения включали:
I и III группы KG2 – «Дорнье» Do-17Z, база Мениди.
III группа KG3 – «Дорнье» Do-17Z, база Мениди.
I и II группы LG1 – «Юнкерсы» Ju-88A, база Элефсис.
II группа KG26 – «Хейнкели» Не-111, база Элефсис.
II/StG1 – «Юнкерсы» Ju-87B, база Аргос.
I/StG2 - «Юнкерсы» Ju-87B, базы Молаои и Микены.
III/StG2 - «Юнкерсы» Ju-87B, база Скарпанто
I/StG3 - «Юнкерсы» Ju-87B, база Аргос.
I, II и III группы StG77 - «Юнкерсы» Ju-87B, база Аргос.
I и II группы ZG26 – «Мессершмитты» Bf-110, база Аргос.
II/ZG76 - «Мессершмитты» Bf-110, база Аргос.
II и III группы JG77 – «Мессершмитты» Bf-109E, база Молаои.
I(J)/LG2 – «Мессершмитты» Bf-109E, база Молаои.
2(F)/11 – «Дорнье» Do-17P, «Хеншели» Hs-126A.
2/Seeaufkl Gr 126 – «Хейнкели» Не-60, база Скараманга.
Seenotdienststaffel 7 – «Дорнье» Do-24, база Скараманга.
7(F)/LG2 – «Мессершмитты» Bf-110.
Разведывательная эскадрилья (Aufkl Staffel) XI авиакорпуса - «Мессершмитты» Bf-110.
Кроме того, на аэродроме Гадурра (Родос) базировались Не-111 из II группы KG 4, но они в основном выполняли минные постановки в порту Александрия и Суэцком канале.
Сами парашютисты относились к личному составу Люфтваффе. Частичным их преимуществом в предстоящей операции было то, что британское командование не знало, сколько парашютных дивизий есть у Люфтваффе, и не имело точных сведений об организации, снаряжении и тактике германских парашютных частей. Снаряжение парашютистов включало непромокаемые комбинезоны с амортизационными прокладками, сверху которых надевались кожаные куртки (sic), и круглые шлемы с амортизационными прокладками. Во время высадки большинство парашютистов было вооружено только пистолетами «Люгер Р-08», только командиры взводов были вооружены пистолетами-пулеметами МР-38. Пистолеты-пулеметы для солдат и легкие пулеметы MG-34 сбрасывались в специальных контейнерах, которых было по четыре на каждый самолет. Контейнеры помещались в специальных стойках в бомбовых отсеках самолетов и сбрасывались одновременно с парашютистами. В каждом отделении парашютистов были обученные снайперы, и для них в контейнерах сбрасывались винтовки «Маузер» с телескопическими снайперскими прицелами. Также были отряды парашютистов с противотанковыми ружьями, четыре отделения с огнеметами и минометные расчеты.
Каждый парашютист был снабжен продовольственным пайком на два дня: специальный хлеб Виттлера, обогащенный шоколад, галеты, винная кислота, сахар, утолители жажды. Каждая рота располагала переносным оборудованием для стерилизации воды, кроме того, когда аэродром в Малеме будет захвачен, планировалось доставлять по воздуху 1500 галлонов воды в день. В высадке должны были участвовать военные врачи и санитары, располагавшие разнообразным медицинским оборудованием, в том числе контейнерами с кровью для переливания в полевых условиях и раствором кофеина и салицилата натрия для инъекций в случаях крайней усталости. Также всем парашютистам были выданы таблетки бензедрина для преодоления усталости и стрессовых состояний, вызванных боевыми действиями.