Немцы могли рассчитывать на помощь своих итальянских союзников в действиях на море – если не всего итальянского флота, то эсминцев и торпедных катеров с баз на Додеканезских островах. Итальянская авиация (Comando Aeronautica Egeo) на базах Родоса и Лероса располагала следующими силами (учитываются только исправные самолеты): 21 бомбардировщик S.79 и Z.1007bis, 4 торпедоносца S.79sil, 20 истребителей CR.32 и CR.42, 4 поплавковых истребителя-разведчика Ro.43 и 2 разведывательных гидросамолета «Кант» Z.506B.
Кроме того, 25 мая на Родос с базы Бриндизи перелетела 231-я эскадрилья 95-й бомбардировочной группы (6 бомбардировщиков «Кант» Z.1007bis) для действий над Критом, и оставалась там до 1 июня. После этого бомбардировщики вернулись в Италию и были переданы в 50-ю бомбардировочную группу.
Тем временем в порты Крита прибывали транспорты снабжения, быстроходные военные корабли по ночам доставляли на остров войска и особо важные припасы. В бухте Суда высадились 2000 солдат Корпуса Королевской Морской пехоты, в Ираклионе – 2-й батальон Лестерского полка, а в Тимбаки – 1-й батальона полка Аргайла и Сазерленда. Прибыла и бронетехника – 16 легких танков Mk VI из 3-го гусарского полка и 9 танков «Матильда» из 7-го королевского танкового полка, все машины были сильно изношены. Артиллерия включала 8 гаубиц 3,7-дм и 49 старых полевых пушек, в основном французских и итальянских 75-мм и 100-мм с достаточным количеством боеприпасов. Запасы горючего пополнялись, и, хотя на Крите не осталось самолетов, в Малеме и Ретимо было 5000 галлонов авиабензина, а в Ираклионе 10 000 галлонов, в случае, если авиация использовала бы аэродромы Крита как передовые базы. Было доставлено 180 000 недельных пайков, достаточно, чтобы обеспечить войска на Крите продовольствием на шесть недель. Гарнизон Крита достиг численности 42 000 чел. и был гораздо сильнее, чем предполагали немцы. В это число входили 17 247 британских солдат и офицеров, в том числе 2000 морских пехотинцев, более 600 чел. личного состава RAF и 425 чел. личного состава британского флота, а также около 1000 палестинских и киприотских саперов. Было еще 6540 новозеландцев и 7702 австралийца, в основном пехотинцы, и 10 250 греческих солдат, в том числе 2800 хорошо вооруженных и мотивированных критских полицейских, 800 кадетов греческих ВВС и 300 армейских кадетов, но большинство греков были плохо обучены и плохо вооружены.
Войска располагались следующим образом: вокруг Малеме и Кании – 5-я и 10-я бригады Новозеландской дивизии и два греческих батальона под общим командованием бригадного генерала Паттика. Бухту Суда защищали морские пехотинцы (большая часть их сил), четыре австралийских и один греческий батальон под общим командованием генерал-лейтенанта Уэстона. В Малеме морские пехотинцы и австралийские артиллеристы служили расчетами зенитных орудий «Бофорс» (по 10 орудий те и другие). Также морские пехотинцы обслуживали четыре 3-дм зенитных орудия в Кании и еще 10 таких же орудий в бухте Суда, две батареи 3,7-дм пушек, 16 «Бофорсов», два счетверенных пулемета («пом-пом») и 24 прожектора. Артиллерийскую поддержку пехоты в районе Кания – бухта Суда обеспечивала батарея «Z» 15-го полка береговой обороны в составе четырех 6-дм, двух 4-дм и двух 12-фунтовых пушек. Кроме того, в тот район были направлены семь легких танков и две «Матильды».
Дальше вдоль берега аэродром в Ретимо защищали четыре австралийских и два греческих батальона и два танка «Матильда» под общим командованием бригадного генерала Уэйси. В секторе Ираклион располагались три британских, два австралийских и три греческих батальона, шесть легких танков и четыре «Матильды» под общим командованием бригадного генерала Чеппела. Батарея «X» 15-го полка береговой обороны имела здесь четыре 4-дм пушки. ПВО обеспечивали 10 «Бофорсов» 156-й легкой зенитной батареи Королевской артиллерии, 10 «Бофорсов» корпуса Королевской морской пехоты, восемь 3-дм зенитных пушек и два «пом-пома», расчеты которых также были из морских пехотинцев.
В резерве у генерала Фрейберга была 4-я новозеландская бригада в районе Карацоса, 1-й батальон Уэльского полка в районе Акротири и 1-й батальон полка Аргайла и Сазерленда в Тимбаки.
Для отражения высадки противника с моря адмирал Каннингхэм располагал весьма значительными силами флота: 4 линкора, 19 крейсеров и 43 эсминца, разделенные на две большие группировки, крейсировавшие к западу от Крита для сдерживания итальянского флота, и семь групп легких сил, каждая из которых могла перехватить конвой с морским десантом. Хотя перехваты «Ультра» позволили выяснить, что новой датой вторжения на Крит должно стать 20 мая, а допросы пленных немецких летчиков позволяли установить даже предполагаемое время начала высадки, британское командование на Среднем Востоке получило информацию об этом лишь за один день до начала операции.