Майор Кох собрал столько своих десантников из 4-й роты, сколько смог найти, и выдвинулся в район лагеря новозеландского 22-го батальона у подножия Высоты 107, где надеялся застать новозеландцев врасплох. Но лагерь оказался пустым, и немцы вернулись к выполнению своей основной задачи – захвату высоты. Так как Высота 107 господствовала над аэродромом, тот, кто контролировал ее, контролировал и базу Малеме, а быстрый захват одного из аэродромов был жизненно важен для успеха всей операции. Поднимаясь по склонам, десантники внезапно оказались под сильным огнем со стороны хорошо окопавшихся защитников высоты. Среди убитых и тяжело раненных оказался и майор Кох. Уцелевшие были прижаты огнем и не могли продвинуться дальше.
В миле к западу еще 12 планеров с десантниками из 3-й роты под командованием лейтенанта фон Плессена, заходившие на посадку над высохшим руслом реки, попали под сильный огонь. Уязвимые планеры, сделанные из дерева и брезента, во время своего медленного снижения оказались легкой мишенью, и много десантников было убито и ранено в полете. Один планер загорелся, другие разбились при посадке, но уцелело достаточно десантников (в том числе и сам фон Плессен), чтобы атаковать новозеландцев, окопавшихся по берегам реки, и захватить их позиции с зенитными орудиями и пулеметами. Этот недолгий бой оказался очень важным для успеха всей операции, потому что, когда в 08:20 появились первые Ju-52 с парашютистами, по ним был открыт лишь очень слабый зенитный огонь.
За несколько минут над Малеме были сброшены сотни парашютистов. 1-й батальон высаживался к западу и востоку от аээродрома, 2-й и 4-й батальоны высадились к западу от реки, встретив очень слабое сопротивление. С ними высадились две роты тяжелого оружия с 20-мм противотанковыми ружьями и легкими разборными артиллерийскими орудиями. 3-му батальону повезло меньше. Так как его 600 парашютистов должны были высадиться на пляже для наступления на деревню Малеме и аэродром с того направления, 50 «Юнкерсов» Ju-52 из KGrzbV 102 были вынуждены лететь вглубь острова, чтобы парашютистов не отнесло ветром в море. Из-за этого они оказались над позициями «Бофорсов» в районе Пиргоса и Модиона, и несколько «Юнкерсов» было сбито. Один потерял управление и врезался в группу парашютистов, другой загорелся и упал, когда десантники пытались покинуть его, третий сбитый «Юнкерс» упал в море. Еще один поврежденный Ju-52 совершил вынужденную посадку в районе Кании, один человек из его экипажа был убит. Пятый «Юнкерс» был тяжело поврежден и разбился при посадке на свой аэродром в Тополии.
Большинство парашютистов 3-го батальона выпрыгнули над склонами окружающих холмов, где находились позиции новозеландцев, и попали под сильный огонь стрелкового оружия. Многие десантники были убиты или ранены, пока они опускались на парашютах, другие получили травмы при приземлении на каменистую местность. Большинство из выживших не смогли добраться до своих контейнеров с оружием. Парашютисты 10-й роты приземлились среди домов в долине и понесли большие потери от пулеметного огня новозеландских саперов. На других напали местные жители, вооруженные ножами, топорами и даже старинными кремневыми ружьями, и убили нескольких десантников. Спустя час все офицеры батальона были мертвы или тяжело ранены, включая командира батальона майора Шербера. Всего в бою за Крит погибло более 2/3 личного состава батальона, около 400 человек.
Тем временем еще девять планеров отряда майора Брауна, десантники которого были вооружены противотанковыми ружьями, минометами и огнеметами, сели в долине реки Тавронитис, имея задачу захватить старый железный мост через реку. Хотя сам майор Браун был убит пулеметным огнем еще в полете, десантники быстро выполнили задачу, разминировав мост и обеспечив переправу через реку.
Многие парашютисты уже приземлились и добрались до своих контейнеров с оружием. Ожесточенный бой начался на восточной окраине лагеря личного состава RAF с базы Малеме, где несколько групп британских солдат были отрезаны высадившимися парашютистами. Одна небольшая группа из шести солдат аэродромной команды 33-й эскадрильи держала оборону в траншее, пока не кончились боеприпасы. В это время по железному мосту к их позиции подошли немецкие парашютисты. После этого британские солдаты попытались отступить, но уйти смогли только три человека, рядовые Бэнкс, Итон и Диксон были убиты. Многим раненым на аэродроме срочно требовалась медицинская помощь, и санитарная машина 30-й эскадрильи (водитель рядовой Бэттс, санитар рядовой Дарч) выехала под огнем на помощь раненым. Хотя Дарч был ранен в спину двумя пулями, он помог спасти нескольких раненых и доставить их в относительно безопасное место.