Из-за того, что парашютисты рассеялись при высадке, многие части 3-го парашютного полка оказались слишком ослаблены, чтобы эффективно действовать. Многие парашютисты из 3-го батальона майора Хайльманна приземлились среди своих товарищей из 1-го и 2-го батальонов. Те, кому не повезло приземлиться поблизости от Галатаса, были сразу атакованы новозеландцами из 19-го батальона, и многие убиты. После посадки в районе дороги Кания – Аликиану, парашютисты 1-го батальона гауптмана фон дер Хайдте были обстреляны своими истребителями Bf-109E, но потерь не понесли.
В ходе ожесточенного боя парашютисты наконец захватили две важных высоты в миле к югу от Галатаса. Две роты новозеландского 19-го батальона немедленно контратаковали при поддержке двух легких танков Mk VI, но были отброшены, один танк подбит огнем 37-мм противотанковой пушки, его экипаж убит. Но в этих боях 3-й парашютный полк потерял почти треть своего личного состава, и оставшиеся парашютисты вели тяжелый бой, с трудом удерживая захваченные объекты.
Когда первая волна «Юнкерсов» Ju-52 вернулась на аэродромы Греции, к тому времени они потеряли не более семи самолетов над Малеме, Канией и бухтой Суда. Но когда первые «Юнкерсы» сели, остальным пришлось кружить над аэродромами и ждать, пока улягутся поднятые тучи пыли. Несколько самолетов при посадке столкнулись или были повреждены в других авариях. В штабе XI авиакорпуса в Афинах с нетерпением ждали новостей от высадившихся десантников, не зная о катастрофическом положении, в котором оказались обе десантные группы – большинство радиостанций на борту планеров были потеряны или повреждены при высадке.
Вскоре после полудня над аэродромом Малеме появился одиночный «Юнкерс» Ju-52/3m, на его борту был майор Сновацкий и аэродромная команда для ремонта аэродрома. Увидев на западном периметре немецкий флаг, Сновацкий решил, что десантники уже захватили аэродром, и приказал пилоту идти на посадку. «Юнкерс» сразу же попал под сильный огонь и был тяжело поврежден, но пилот смог довести его обратно на аэродром в Афинах, где майор Сновацкий доложил, что аэродром Малеме по-прежнему удерживает противник. Почти в то же время пришло по радио сообщение от 3-го парашютного полка, извещавшее, что захватить Канию и бухту Суда не удалось. В свете этих неприятных новостей генерал Штудент отложил атаку второй волны десанта на Ретимо и Ираклион.
Над Малеме немецкие истребители продолжали атаковать наземные цели, пытаясь подавить еще остававшиеся позиции зенитных орудий пулеметов. В ходе одного такого налета был ранен лейтенант морской пехоты Р. Перри-Льюис, смертельное ранение получил морской пехотинец Кимбер, отстреливавшийся из пулемета «Льюис». Солдаты и офицеры 30-й эскадрильи RAF, не занятые в обороне Высоты 107, оказывали поддержку новозеландцам. Пайлот-офицер Р. Краузер повел группу солдат RAF в атаку на дальнюю сторону высоты, где парашютисты захватили около 30 пленных из личного состава RAF и FAA. Один немецкий офицер так решительно был настроен захватить высоту, что использовал этих пленных в качестве живого щита при попытке подняться на склоны высоты. Некоторые из пленных при этом были застрелены новозеландцами, принявшими их за немцев. После этого немецкий офицер приказал петти-офицеру Уитону (из 805-й эскадрильи FAA) и рядовому Холланду подойти к позициям новозеландцев и потребовать их сдачи.
Подойдя ближе, Уитон и Холланд стали кричать новозеландцам, что они попытаются сбежать и достигнуть укрытия, и в этот момент немцев внезапно атаковала группа солдат RAF под командованием пайлот-офицера Краузера и капрала Гаррисона. В ходе беспорядочного боя остальные пленные попытались сбежать, но около половины их были убиты и ранены, прежде чем немцев удалось отбросить. Рядовой Холланд был тяжело ранен в спину, но его спасли новозеландцы. После этого пайлот-офицер Краузер повел свою группу в контратаку на немцев, удерживавших восточную сторону лагеря RAF.
Несмотря на постоянные обстрелы немецких истребителей, в ходе ожесточенного ближнего боя удалось отбить у парашютистов район лагеря RAF. Захватить Высоту 107 немцы также не могли, и снова вызвали поддержку пикировщиков Ju-87 и тяжелых истребителей Bf-110. После полудня два Ju-52/3m попытались сесть на аэродром, но были отогнаны сильным огнем стрелкового оружия. Наконец вечером два отряда десантников из штурмового полка все же смогли занять Высоту 107, несмотря на упорное сопротивление новозеландцев. После этой победы немецкие десантники остались почти без боеприпасов, и контратака могла бы сбросить их с высоты – но контратаки не последовало. Благодаря захвату Высоты 107 немцы захватили господство над районом аэродрома, и с этого момента для защитников бой был проигран.