В 1415 году бургграф Нюрнбергский Фридрих VI Гогенцоллерн (1371–1440) получил от императора в свое наследственное владение марку Бранденбург, став курфюрстом Фридрихом I. Своего права на суверенное правление он добился в упорной борьбе с местными непокорными феодалами, сломив их сопротивление с помощью мелкого дворянства, а также городов, которые оказали ему огромную помощь. Однако уже его преемник, курфюрст Фридрих II Железный Зуб (правил в 1440–1470 годах), отплатил бюргерам черной неблагодарностью: воспользовавшись противоречиями в среде городских магистратов, он в 1442 году захватил Берлин, лишив его городской автономии.
Когда Гогенцоллерны впервые появились в Бранденбурге. Тевтонский орден уже закончил процесс покорения (или истребления) балтийского племени пруссов. В 1455 году Фридрих II приобрел у ордена небольшое владение Неймарк. Тем временем началась очередная война между тевтонцами, с одной стороны, и польско-литовским государством — с другой. Война закончилась очередным поражением крестоносцев: по Торуньскому миру 1466 года западная часть орденских земель вместе с его неприступной столицей Мариенбург была присоединена к Польше под названием «Королевская Пруссия», а у великого магистра ордена осталась лишь восточная часть со столицей в Кенигсберге, именовавшаяся «Герцогская Пруссия».
В это время в Европе началась Реформация, вызвавшая раскол западного мира на два лагеря смертельных врагов — католиков и протестантов. Великий магистр Тевтонского ордена. Альбрехт фон Ансбах из рода Гогенцоллернов перешел в лютеранскую (германская ветвь протестантизма) веру и произвел секуляризацию владений ордена, т. е. переход всего достояния этого государства из рук церкви в наследственное владение рода Гогенцоллернов, отныне становившихся светскими герцогами Пруссии. Случилось невероятное — духовно-рыцарский орден воинствующих монахов, в течение трехсот с лишним лет бывших верными слугами Рима и оплотом католичества на северо-востоке Европы, прекратил свое существование, а его последний великий магистр стал заклятым врагом папы, прибрав к рукам земли и имущество церкви.
В 1525 году Альбрехт закрепил свое положение, подписав с Польшей Краковский мирный договор, в соответствии с которым он становился вассалом польского короля уже на правах светского герцога. Бывшие суровые тевтонские рыцари-монахи же превратились в крупных феодалов, родоначальников прусского юнкерства.
Однако расположенный поблизости Бранденбург, где правили те же Гогенцоллерны, оставался верен католическому вероисповеданию. Курфюрст Иоахим I Нестор (правил в 1499–1535 годах) столь агрессивно выступал против лютеран, что его собственная жена Елизавета Датская, не выдержав религиозного фанатизма супруга, в 1528 году бежала от него в Саксонию. Его старший сын Иоахим II Гектор (правил в 1535–1571 годах) при вступлении на престол унаследовал две трети территории курфюршества. Через четыре года после смерти отца, вопреки его завещанию, Иоахим II принял протестантскую веру, хотя это не помешало ему участвовать вместе с императором и некоторыми другими владетельными князьями Германии в осаде оплота немецкого протестантизма — города Магдебурга.
Объединение Бранденбурга и Пруссии произошло при следующих обстоятельствах. Сын последнего тевтонского гроссмейстера Альбрехта герцог Альбрехт Фридрих Прусский по прозвищу Слабоумный (правил в 1568–1618 годах) женился на принцессе Марии Элеоноре, старшей дочери и наследнице герцога Иоганна Вильгельма фон Юлих-Клеве-Берга. Мария родила своему супругу много детей, однако пережить детский возраст смогли только дочери. Старшая, Анна, в 1594 году вышла замуж за своего дальнего родственника и соседа — двадцатидвухлетнего наследника Бранденбургского курфюршества Иоганна Сигизмунда (правил в 1608–1619 годах). Хотя в их семье было шестеро детей, брак оказался несчастливым, и не только из-за того, что Иоганн исповедовал кальвинизм в отличие от строго лютеранских воззрений Анны, но главным образом по причине запойного пьянства курфюрста. Постоянное обжорство и кутежи вызвали у него такое ожирение, что он больше не мог ходить. В 1615 году Иоганна Сигизмунда хватил апоплексический удар, однако умер он только через четыре года. Как и брак ее матери, несчастное замужество Анны оказалось весьма выгодным для династии: по существовавшему соглашению в случае прекращения прусской линии Гогенцоллернов их владения в герцогстве Прусском переходили к бранденбургской ветви.