В тот же день он объехал почти все районы столицы, побывал в различных батальонах гвардии и линейных войск, которые из опасения перед холерой были расквартированы в палатках в различных точках вокруг центра города. Везде он останавливался, разговаривал с командирами и с солдатами, везде его ожидал восторженный прием и везде, где он появлялся, восстанавливалось спокойствие и безопасность. В тот же день он назначил своих генерал-адъютантов князя Трубецкого и графа Орлова помощниками генерал-губернатора, поручив им самые населенные кварталы города, там, где произошли беспорядки. Он назначил меня главой созданной комиссии по выявлению и наказанию лиц, виновных в насилиях, подстрекательстве и в убийствах. Но только через несколько недель состояние моего здоровья позволило мне вернуться в город, чтобы ускорить и завершить это следствие. А пока генерал Перовский и начальник моей канцелярии господин Фок собирали необходимую информацию и приготовляли мне поле для работы.
Вечером император вернулся в Петергоф, где из предосторожности ему и всем сопровождавшим его лицам в Монплезире были приготовлены чаны для мытья и полная перемена одежды. С этого времени и до окончания эпидемии император несколько раз в неделю выезжал в город для того, чтобы проехать по улицам и осмотреть лагеря.
Холера усиливалась, весь город жил в страхе, госпитали были переполнены, священники не успевали отпевать жертв болезни, за день умирало до 600 человек. Многие видные люди были вынуждены покинуть службу и своих друзей, генерал инженерных войск Опперман умер за несколько часов, он сам считал, что был отравлен стаканом воды, настолько симптомы болезни были похожи на действие смертельного яда. Граф Станислав Потоцкий скончался после нескольких дней страданий. Везде были видны только траурные одежды и слышны только соболезнования. Жара была невыносимой, небо было раскалено, как в самых южных районах, ни одно облачко не появлялось в его сияющей голубизне. Страшная засуха сожгла газоны и заставила почву растрескаться.
Двор переехал в Царское Село, куда император приказал перевести все кадетские корпуса с тем, чтобы они не лишились той отеческой заботы, которую он выказывал этому питомнику наших офицеров.
Холера распространилась и в окрестностях Петербурга, население страдало от ограничений, которые санитарные кордоны возвели на путях передвижений и торговли, всюду деятельность правительства должна была помочь преодолеть эти огромные неудобства, предотвратить беспорядки, позаботиться о снабжении продовольствием и о выздоровлении людей.
Болезнь проникла даже в новгородские военные поселения. Несмотря на те изменения, которые в них внес император, принципы, на которых они были основаны, изначально ошибочные и оскорбительные, жестокость в формах их существования, заложенная грубым руководством графа Аракчеева, не уменьшили недовольства, которое там укоренилось с момента их создания. Бывшие жители этих мест, лишенные спокойствия и независимости положения государственных крестьян, ради того, чтобы страдать от дисциплины и военных тягот, принимали все это с величайшим огорчением. Также проживавшие там солдаты скучали от однообразия постоянной работы и кропотливых потребностей, за которыми они были закреплены, они присоединяли свое недовольство к аналогичным чувствам бывших крестьян. Достаточно было одной искры для того, чтобы там вспыхнул бунт. Холера была только предлогом, там появились и были яростно подхвачены обвинения в отравлениях, оседлые колонисты собирались в толпы, воодушевляли друг друга, их обиды на власти, накапливавшиеся годами, выливались с еще большим гневом. Они с остервенением набросились на офицеров и врачей, все те, кто не успел спастись немедленным бегством от их мести, были жестоко убиты, крики: «Смерть офицерам и отравителям!» раздавались над всеми военными поселениями.