В октябре 1961 года Е.К. Фёдоров перевёл для работы в Отделении д-ра физ. – мат. наук Левина Л.М. В том же месяце он утвердил комиссию во главе с Л.М. Левиным по подготовке проведения научно-исследовательских работ в строящемся аэрозольном корпусе, по оснащению установок корпуса специальной контрольно-измерительной аппаратурой и приспособлениями.
В конце 1961 года личные дела и трудовые книжки, работающих в г. Обнинске, были переданы из ИПГ в Отделение. Е.К. Фёдоров разрешил также издавать приказы по Отделению по личному составу. Приказ № 1 по Отделению, подписанный Е.К. Фёдоровым, был издан 30 ноября 1961 года.
В марте 1962 года Е.К. Фёдоров издал распоряжение по ИПГ, предписывающее приём и увольнение сотрудников института, имеющих высшее образование, производить приказом директора Института без права замены.
В 1961 году были введены в эксплуатацию вторая очередь главного лабораторного корпуса, небольшое здание проходной, в 1962 году – жилой дом (54 квартиры).
Главный лабораторный корпус. 1962 г.
В соответствии с Распоряжением Совета Министров СССР от 5 апреля 1963 года Институт прикладной геофизики с филиалом в Обнинске был передан по состоянию на 1 января 1963 года в ведение Главного управления гидрометеорологической службы (ГУГМС) при Совете Министров СССР.
Аэрозольный корпус. Май 1964 г.
В декабре 1963 года в связи с приближающимся завершением строительства аэрозольного корпуса Е.К. Фёдоров в соответствии с постановлением Ученого совета ИПГ и разрешением ГУГМС создал в составе Филиала научный отдел аэрозольных исследований (заведующий Левин Л.М.). Началась отладка и ввод в эксплуатацию комплекса экспериментальных установок аэрозольного корпуса, позволяющих проводить лабораторные исследования в области физики облаков и физики аэрозолей.
В январе 1964 года Е.К. Фёдоров создал в составе отдела ИПГ научную лабораторию с местом работы в Обнинском филиале, в задачу которой входили разработка и внедрение самолётных измерений влагозапасов в верхнем слое почвы и на её поверхности методом гамма-съемки.
В январе 1964 года Е.К. Фёдоров назначил Г.А. Середу директором Обнинского филиала ИПГ. Началось формирование структуры и административно-управленческого персонала Филиала.
Е.К. Фёдоров создал с 1 апреля 1964 года Лабораторию гидрометеоприборов, послужившую началом создания Центрального конструкторского бюро гидрометеорологического приборостроения.
В апреле 1964 года Е.К. Фёдоров впервые утвердил штатное расписание Филиала, и с 1 мая 1964 года на штатные должности были назначены 490 сотрудников, из них в трех самостоятельных научных подразделениях Филиала и пяти лабораториях, входивших в научные отделы ИПГ, работало 250 сотрудников, в том числе два доктора и шестнадцать кандидатов наук. Штатное расписание и расстановку сотрудников Филиала на 1965 год также утверждал Е.К. Фёдоров, в последующие годы он утверждал только распределение обязанностей между членами дирекции Филиала.
Е.К. Фёдоров во исполнение приказа ГУГМС организовал с 1 мая 1964 года в Обнинском филиале отдел сельскохозяйственной метеорологии, послужившим зародышем будущего института.
Е.К. Фёдоров постоянно уделял внимание вопросам капитального строительства в г. Обнинске. Уже к началу 1965 года было построено всё, что намечалось проектным заданием 1957 года с уточнением в 1958 году на строительство Филиала. В 1966–1967 годах дополнительно были построены здание экспериментальных приборостроительных мастерских и небольшой административный корпус с проходной. В 1958–1967 годах для сотрудников Филиала, а затем (с 1965 года) и для сотрудников вновь создаваемых учреждений ГУГМС были построены 8 жилых домов (всего 304 квартиры), семейное общежитие для молодых специалистов (150 комнат), две школы, ясли-сад.
Создание Института экспериментальной метеорологии (ИЭМ)
С большой долей вероятности можно утверждать, что Е.К. Фёдоров уже к середине 1966 года решил, что научный и научно-технический потенциал филиала ИПГ в г. Обнинске достиг уровня, достаточного для преобразования его в самостоятельный научно-исследовательский институт и начал предпринимать реальные шаги для осуществления своего решения.
Подбирая опытного специалиста на должность директора будущего института, Е.К. Фёдоров остановился на кандидатуре директора Среднеазиатского научно-исследовательского гидрометеорологического института, д-ра геогр. наук Михаила Арамаисовича Петросянца. В начале 1967 года Е.К. Фёдоров переводит М.А. Петросянца на работу в Обнинск и назначает его заместителем директора ИПГ по научной работе – директором Обнинского филиала ИПГ. В 1967 году была проведена вся подготовительная работа для организации института, в том числе в течение нескольких месяцев обсуждался вопрос о названии института. Как известно, в 1932 году был создан (и работал до 1941 года) Ленинградский институт экспериментальной метеорологии (ЛИЭМ), который возглавил выдающийся метеоролог, основатель экспериментальной метеорологии Владимир Николаевич Оболенский. В Филиале и в будущем институте в методах исследования атмосферных процессов значительную долю занимает эксперимент. Это и обусловило выбор названия института и позволяло ИЭМу считать себя духовным наследником ЛИЭМа.