Меры, принятые против чиновников, произвели всеобщий страх. Чиновники-поляки десятками стали являться к Михаилу Николаевичу Муравьеву и просить прощения. Многие из прощенных чиновников сделались очень преданными правительству и энергично содействовали усмирению восстания.
В то же время Михаил Николаевич Муравьев сделал воззвание ко всем мятежникам, призывая их смириться и просить прощения. Мера эта имела выдающийся успех: мятежники тысячами стали являться из лесов. Им все было прощено. С них брали только так называемую очистительную присягу и затем водворяли на прежних местах.
Благодаря такого рода энергичной деятельности М. Н. Муравьева, а также быстрому уничтожению шаек и поимки важных преступников, мятеж стал быстро утихать, а к ноябрю и совсем утих.
Между тем о действиях Михаила Николаевича Муравьева и его необыкновенной энергии сделалось известным всей России. Имя его, как великого человека, стало повторяться миллионами уст русского народа, и портреты его появились в сотнях тысяч домов и преимущественно простого народа. Посылались со всех концов России благодарственные адреса с приложением ценных подарков. Первый благодарственный адрес был прислан из Москвы, от знаменитого русского иерарха, митрополита Филарета, с приложением дорогой иконы Архистратига Михаила. Глубоко тронули Михаила Николаевича эти адресы, особенно первый. Относительно этого адреса он сам говорит в оставленных им записках: «Адрес митрополита Филарета был для меня небесным даром; он поддержал нравственные силы мои и укрепил в борьбе с крамолою».
В то же время о деятельности М. Н. Муравьева сделалось известным и за границею. Но там его деятельность представлена была в страшно искаженном виде: там он, благодаря польским выселенцам и польским газетам, очерчен был мрачными красками и изображен каким-то чудовищем, человеком с демоническою натурою, которая только и жаждет крови. По этому поводу из-за границы приехало много иностранных агентов, чтобы воочию убедиться в справедливости тех рассказов, которые распространены по Западной Европе о Михаиле Николаевиче Муравьеве. В числе прибывших, между прочим, особенно замечательны были два лица: корреспондент английского журнала «Daily News» Дей и член английского парламента О’Брейн. Последний приехал с своим секретарем. Г-ну О’Брейну дано было от английского парламента официальное поручение подробно исследовать, что делается в Северо-Западном крае России.
Иностранные агенты жили по несколько месяцев в Северо-Западном крае. Все видели и все изучали и по возвращении на родину поместили целый ряд статей, в которых восторженно отзывались о Михаиле Николаевиче Муравьеве и деятельность его представили одною из мудрых во внутренней политике государства.
Между тем приближался конец 1863 года. Край был совершенно усмирен, и по нем мог ездить всякий, не подвергаясь нападению, о чем Михаил Николаевич донес Государю, и при этом просил уволить его от должности по расстроенному здоровью.
На свое донесение Михаил Николаевич Муравьев удостоился получить Высочайший рескрипт, в котором Государь благодарил его за усмирение мятежа и просил его остаться еще на несколько времени генерал-губернатором Северо-Западного края. Исполняя волю Государя Императора, Михаил Николаевич согласился. С этого времени он занялся внутренним устройством Северо-Западного края в смысле упрочения в нем православно-русских начал.
Приступая к внутреннему переустройству Северо-Западного края, Михаил Николаевич Муравьев прежде всего обратил внимание на присутственные места, именно: на служащих. Так как в это время в присутственных местах много было свободных вакансий, то он вызвал из внутренней России множество опытных чиновников и вручил им разные должности.
Затем Михаил Николаевич Муравьев занялся обеспечением крестьян.
В начале 1863 года низший земледельческий класс в крае состоял, главным образом, из бывших помещичьих крестьян, освобожденных от крепостной зависимости манифестом 19 февраля 1861 года, и государственных крестьян.
Первые представляли собою бедную, темную, забитую и угнетенную народную массу, в большинстве случаев обездоленную польскими помещиками в отношении земельных наделов. Дело устройства помещичьих крестьян было поручено здесь, как и везде, мировым посредникам, которые избирались местным дворянством из своей среды.