Положение государственных крестьян ко времени прибытия графа М. Н. Муравьева в Вильну было несколько лучше по сравнению с бывшими помещичьими, хотя в общем положение это нужно признать неудовлетворительным: государственные крестьяне, разбросанные небольшими поселками среди помещичьих владений, мало чем отличались от бывших помещичьих крестьян по степени развития своего самосознания, и даже подчинялись польскому влиянию, так как управляющими их были обыкновенно поляки, равно как и ближайшие к ним административные лица были тоже польского происхождения.
Все государственные крестьяне с учреждением в России в 1837 году Министерства государственных имуществ были представлены в заведование этого Министерства, которое первым делом позаботилось дать начало самостоятельному развитию крестьянского хозяйства на казенных землях; с этою целью Министерство предприняло люстрацию казенных земель и перевод крестьян на оброчное положение, в ущерб даже казенным интересам.
Меры эти проводились Министерством настолько энергично, что к 1847 году все государственные крестьяне были переведены на оброк.
Со вступлением на престол Императора Александра II, после Севастопольской кампании, когда государственная казна была сильно истощена, Министерство государственных имуществ должно было изыскивать средства для увеличения государственных доходов, и с этою целью между прочим решило увеличить оброк государственных крестьян. Для этого в западных губерниях России оказалось нужным произвести поверочную люстрацию, которая была закончена только через пять лет (1863 г.) и поставила крестьян по сравнению с прежним временем в весьма невыгодные условия.
Дело в том, что самые люстрационные работы производились большею частью чиновниками из поляков, которые, подготовляя мятеж 1863 года, действовали пристрастно по отношению к крестьянам с целью подорвать в них уважение и преданность к России. Многие из этих чиновников, оказавшихся, по исследованию графа М. Н. Муравьева, деятельными участниками мятежа, были удалены от должностей, а многие и совсем удалены из края. Для исправления же их работ были составлены новые люстрационные комиссии из лиц русского происхождения, которые должны были исправить крестьянские наделы.
Рядом с устройством в западных губерниях помещичьих и государственных крестьян М. Н. Муравьев для усиления в крае русского землевладельческого класса положил начало водворению здесь русских поселенцев.
В записке, поданной Государю 14 мая 1864 года, он говорит, что в интересах усмирения мятежа и умиротворения края необходимо заселять его русскими, в том числе и старообрядцами, а также отводить землю отставным солдатам, которых помещики изгоняют из селений. Для русских поселенцев предполагалось отводить как казенные, так и особенно конфискованные и секвестрованные имения, а также земли, оставшиеся после выселения в центральные губернии России неблагонадежных в политическом отношении лиц с их семействами из непривилегированного сословия.
После Высочайшего одобрения и утверждения этой записки Михаил Николаевич Муравьев исходатайствовал для русских поселенцев некоторые льготы по отношению разных повинностей.
Так, русские поселенцы в Северо-Западном крае в течение трех лет освобождались от платежа оброка за земли и от всех других повинностей, даже от рекрутской. Русским переселенцам отводились преимущественно земли, оставшиеся после выселения неблагонадежных семейств, а из казенных и других свободных земель (конфискованные и секвестрованные) отводились только пограничные с Царством Польским да в лесах, где были гнезда мятежников.
Непродолжительность службы М. Н. Муравьева в Северо-Западном крае была причиною того, что вопрос о поселенцах не мог осуществиться в тех широких размерах, в каких он предполагал.
Далее, М. Н. Муравьев обратил внимание на состояние Православия в Северо-Западном крае.
Прежде всего он улучшил материальное состояние лиц православного духовенства, как главных проводников русских начал среди польско-католического населения. Для этой цели он исходатайствовал у правительства на содержание духовенства ежегодной прибавки четыреста тысяч рублей. Кроме того наделил их достаточным количеством земли и приказал построить для духовных лиц казенные помещения.
Затем для поднятия Православия М. Н. Муравьев исходатайствовал у правительства огромную сумму денег на приведение в более благолепный вид православных храмов в Северо-Западном крае, которые, как известно, до 1863 года находились в самом печальном положении, тогда как костелы блистали своею внешностью.