Проникая в самую толщу мирской жизни, Церковь потому и не заражалась мирскими настроениями, что не соблазнялась никакими мирскими приманками, а бережно хранила свою чистоту, источник силы и влияния. Но так продолжалось не всегда и, по мере проникновения христианских начал в языческий мир и превращения языческих государств в христианские, грань между Церковью и государством постепенно сглаживалась, становилась менее резкой, и в ограду церковную стали просачиваться мирские элементы и настроения. В результате изменились и отношения между Церковью и государством. Церковь перестала казаться в глазах государства Пастырем Добрым, государство перестало казаться Церкви паствою. Линии церковной и государственной жизни стали все более резко расходиться в разные стороны, возникли нестроения в самой Церкви, какие продолжались до полного разделения Церквей, вызванного расхождением их представителей даже в области догматической, и какие продолжаются и доныне. Церковь и государство заняли положение враждующих сторон, и возник вопрос даже об отделении Церкви от Государства, иначе – о сложении с себя Церковью той миссии, какая была возложена на нее ее Основателем, Господом Иисусом Христом.
Западная Европа уже давно провела, если не везде юридически, то повсюду фактически, этот принцип, и только в одной России связь между Церковью и государством зиждилась на христианской основе.
Эпоха Царя Алексея Михайловича являла собой наиболее яркое отражение взаимодействия между Церковью и государством, однако с течением времени эта связь постепенно ослабевала, и идея совершенного отделения Церкви от государства стала встречать сочувствие даже среди некоторых иерархов, мечтавших о восстановлении патриаршества в целях освобождения Церкви от воображаемого гнета со стороны государства и ссылавшихся на эпоху Царя Алексея Михайловича как на время наибольшего расцвета церковно-государственной жизни России. Царствование "тишайшего" Царя было действительно историческим феноменом, опрокинувшим все доводы о различии земных задач Церкви и государства и, следовательно, о невозможности единения между ними, однако же наличность такого единения вовсе не зависела от самого факта патриаршества как такового, а объяснялась тем, что между Царем и Патриархом существовало полное единомыслие в церковной и государственной области, что официальная Церковь, учитывая религиозную сущность Самодержавия, исповедывала в лице Царя – Помазанника Божия, Ктитора Церкви, коему Сам Господь вручил охрану и защиту Церкви, что, наконец, был строго выдержан принцип "nullum regnum sine patriarcha staret", отводивший Патриарху роль советника Царя, а не самодовлеющее место в сфере церковно-государственного управления. И в царствование Царя Алексея Михайловича этот принцип нашел свое наилучшее выражение. Власть Патриарха не противопоставлялась и даже не сливалась с властью Царя, а была властью любящего Отца, бережно охранявшего прерогативы Помазанника Божия для блага Церкви и государства.
Когда в царствование Императора Петра Великого этот принцип был нарушен, тогда исчезло и патриаршество, ибо последнее, само по себе, не составляло русского явления, и идея патриаршества была не только чужда, но и враждебна русскому церковному правосознанию. Русскому православному народу чуждо понятие αρχη с коим связано представление о власти восточных деспотов, и идея патриаршества, особенно в понимании современных иерархов, будет всегда встречать противников со стороны тех, кто полагает силу Православия в его смирении и чистоте, а ктиторство над Церковью признает неотъемлемым правом Помазанников Божиих, русских православных Царей.
Западная Европа, которой непонятна природа отношений между Церковью и государством в России, отождествляет ктиторство с главенством Русского Царя над Церковью. Католики, например, говорят, что Государю Императору принадлежит высшая правительственная власть в православной Церкви, т.е. право издавать обязательные церковные законы, замещать епископские кафедры, увольнять епископов и производить суд по всем отраслям церковного управления, что Царь является церковным законодателем и источником церковного права и церковных полномочий, управляет Церковью в силу Своего Божественного назначения, как Помазанник Божий, о чем свидетельствуют и Основные Законы, указывающие, что "в управлении церковном Самодержавная Власть действует посредством Св. Прав. Синода, Ею учрежденного", а постановления последнего составляются "по Указу Его Императорского Величества".