У военных за переброску и транспортировку по этим наземным, водным и воздушным коммуникациям войск вооружения, боевой техники и других грузов отвечали два органа НКО. Во-первых, это была служба военных сообщений (ВОСО), чьи прошедшие специальную подготовку железнодорожные и автомобильные войска подчинялись военным комендантам, управлениям и отделам в военных округах и полевых армиях НКО и отвечали за подготовку войск и техники к транспортировке и их переброску как по железным и шоссейным дорогам, так и по воздуху. Во-вторых, существовало Центральное управление военного сообщения или ЦУВС* Генерального штаба Красной Армии, первым начальником которого во время войны был генерал-майор П. А. Ермолин. Оно отвечало за организацию и руководство службой военных сообщений в рамках стратегических и оперативных планов Генштаба.96
Главными действующими органами ЦУВС были управления военных сообщений (УВС), подчиненные начальникам военных сообщений и военного железнодорожного и водного транспорта в военных округах (фронтах), а также военным комендантам, заведующим железнодорожными участками, станциями и водными бассейнами. Вместе ЦУВС и подчиненные ему УВС отвечали за оценку путей сообщения и коммуникаций в СССР и странах потенциальных противников, планирование использования их для крупномасштабной переброски войск, координацию этих планов с другими транспортными органами и представление планов на одобрение вышестоящего руководства. Если эти планы получали добро, ЦУВС обеспечивало их выполнение, надзирая за переброской войск, а также обеспечивая финансовую, техническую и медицинскую помощь в координации с полевым командованием и другими транспортными организациями.
После начала войны ЦУВС развернул в действующих фронтах и армиях полевые организации военных перевозок, свою огромную административную сеть и станции снабжения, получая помощь частей ПВО, железнодорожных войск НКО (до января 1942 года), военных пунктов продовольственного снабжения и дорожных контрольных постов. Однако война породила широкий спектр новых задач ЦУВС – таких, как расшивание западных железнодорожных колей под российский стандарт, организация перегрузочных и перевалочных станций и пунктов, организация противовоздушных поездов, лишенных собственных средств защиты.
Вдобавок, желая помочь железнодорожному транспорту, Политбюро ЦК ВКП(б) 30 июня приказало НКПС направить в действующие фронты особых представителей для координации их действий со своими организациями УВС. Хотя эти представители и подчинялись напрямую организациям НКПС, они помогали координировать восстановление, строительство и ремонт железнодорожных путей, а потому больше откликались на потребности командующих фронтами. НКПС также придал своим представителям при фронтах строительные организации для производства работ по ремонту и блокированию железнодорожных путей и оказанию помощи в эвакуации промышленных предприятий на восток.97И наконец, для улучшения положения с воздушным транспортом, ГКО 23 июня 1941 года подчинил Наркомату обороны Главное управление Гражданского воздушного флота или ГВФ [83] и его начальника, генерал-майора авиации Р. Н. Моргунова.98 Управление Моргунова перевело части транспортной авиации из Гражданского воздушного флота и реорганизовало их в отдельные авиагруппы и авиаотряды, подчиняющиеся Ставке, фронтам и флотам.99
Несмотря на теоретически достаточно четкое разделение ответственности за транспорт между НКО и Генштабом, а также на находящийся в их распоряжении огромный набор транспортных ресурсов, из-за их своей фрагментированности система транспортных сообщений Красной Армии в первые несколько недель войны действовала очень плохо. Например, мобилизация железнодорожных войск в начальный период войны проводилась исключительно хаотично. Хотя формально уже к концу июля они были укомплектованы, большинство железнодорожных частей на этот момент состояло лишь из неподготовленных новобранцев. Поэтому железнодорожные войска оказались не в состоянии осуществить имеющиеся планы разрушения железных дорог и понесли громадные потери во время стремительного наступления немцев.