После этой реорганизации ЦУП ВОСО стало отвечать за подготовку планов военных перевозок для НКПС, а также согласование их с планами Генштаба и начальника тыла Красной Армии, приводя эти планы в исполнение, если они были одобрены. Кроме того, когда Транспортный комитет ГКО предвидел какие-то трудности с переброской войск, ЦУП ВОСО готовило предложения по устранению этих трудностей.
В целом эта новая структура управления серьезно улучшила систему военных перевозок Красной Армии. ЦУП ВОСО выполняло важнейшую задачу планирования и регулирования военных перевозок, обеспечивая точное и успешное исполнение существующих оперативных планов, а ГКО и НКО постоянно контролировали его работу и оказывали ему помощь, обязуя все органы перевозок быстро и безусловно выполнять все требования ЦУП ВОСО по перевозке войск. ГКО также запрещал начальникам служб тыла в прифронтовых зонах вмешиваться в управление последовательностью отправки военных составов и транспортов.118
Поскольку в 1943 году наиболее важную роль в поддержке операций Красной Армии играл железнодорожный транспорт, УП ВОСО и ЦУП ВОСО приходилось тесно сотрудничать с НКПС, который управлял всеми железными дорогами и регулировал движение по ним. Поэтому для оказания текущей и общей помощи железным дорогам фронтов, поддерживающим крупные операции, представители ЦУП ВОСО и НКПС формировали совместные оперативные группы, возглавляемые обычно начальником ЦУП ВОСО или его заместителями и руководителями сравнимого ранга.119 Их совместные усилия тоже значительно повысили эффективность переброски войск и военных грузов.
Кроме того, у ЦУП ВОСО имелись собственные вооруженные формирования для обеспечения противовоздушной обороны железнодорожных путей и важных железнодорожных узлов. К 1 января 1944 года в эти силы входило 10 зенитно-артиллерийских полков с 40 зенитными пулеметами в каждом и 14 отдельных зенитно-артиллерийских дивизионов с 20 зенитными пулеметами в каждом. Все они централизованно подчинялись отделу противовоздушной обороны. Эти части сопровождали военные конвои и наиболее важные железнодорожные эшелоны.120
В этот период произошли и другие улучшения в сфере железнодорожных сообщений. Например, в начале 1943 года НКО упразднил передовые восстановительные участки НКПС, поскольку в них больше не было необходимости. На протяжении года масштаб восстановления железных дорог постепенно возрастал, а соответственно росла и роль фронтов в определении требований к перевозкам и восстановлению железнодорожных путей, в то время как важность УВВР НКПС постепенно снижалась. К середине 1943 года ГУВВР напрямую ставил задачу перед железнодорожными войсками только при проведении крупной стратегической наступательной операции с участием более чем одного фронта. К этому времени командующие фронтами обычно одобряли планы восстановления железных дорог после одобрения их начальником фронтового ВОСО.
Организационная структура железнодорожных войск в 1943 году тоже улучшилась. НКПС учредил службу снабжения своих УВ-ВРов стройматериалами и строительной техникой и усилил их отделы материально-технического обеспечения. Уже в феврале ГКО одобрил новый штат стандартной железнодорожной бригады и преобразовал по новому штату все бригады бывшего Особого железнодорожного корпуса.121 До конца года НКО добавил к железнодорожным бригадам и батальонам различные новые виды войск, которые заметно улучшили их возможности.122 При восстановительных работах особый упор делался на восстановление и повышение пропускной способности наиболее важных железнодорожных узлов, в основном путем постройки объездных и соединительных путей, дающих составам возможность объезжать узловые станции, тем самым увеличивая пропускную способность участка. Еще одной важной задачей восстановительных войск было строительство перегрузочных станций для обхода заблокированных, уничтоженных или восстанавливаемых участков железнодорожных путей.123
Одним из наиболее важных факторов для поддержания непрерывного движения по железным дорогам было умелое использование паровозов, особенно при планировании и проведении наступательных операций. Стремясь добиться этого, НКПС организовал паровозные колонны и паровозоремонтные поезда или ПРП [88] . Первые состояли из 15–30 паровозов и использовались как на фронте, так и в тылу, они отличались высокой подвижностью и не были привязаны ни к какому конкретному железнодорожному депо или станции. Эта мера оказалась настолько успешной, что НКПС учредил в 1942 году отдельные резервные паровозные колонны (ОРПК). ОРПК были полностью автономными организациями – паровозные бригады жили прямо в железнодорожных вагонах. Например, НКПС использовал одну ОРПК, оснащенную 500 паровозами, для поддержки войсками боевых действий во время Сталинградской битвы, а также применил еще 600 паровозов во время Курской битвы.124