Во время атаки русских самолетов 14 ноября 1943 г. у Тулвоя был потоплен катер «LA 102», при этом погиб его рулевой.
К особенностям этого театра военных действий относится то, что финские конвои два раза встречались с русскими. Буксируемые лихтеры бросать было нельзя, и огневой бой между медленно шедшими конвоями ни финнам, ни русским не казался привлекательным. Так и прошли оба неохраняемых конвоя на расстоянии всего 15 кабельтовых мимо друг друга без единого выстрела, и только когда они вышли к прибрежным водам, береговые батареи открыли безрезультатный огонь.
Канонерская лодка «Кархумяки» зимой 1943/44 г. использовалась в качестве опорного пункта на острове Шардонский, а канонерская лодка «Контупохья» выполняла ту же роль у Суисаари.
26 февраля 1944 г. в результате диверсии полностью сгорела столярная мастерская «легкого дивизиона», поэтому моторные катера ремонтировать стало невозможно.
900-тонный лихтер «Р 1063», севший на мель у Сиикакоски на Свири, был подожжен русским патрулем и уничтожен.
В остальном финская озерная флотилия во время относительно мягкой зимы 1943/44 г. снова была реорганизована. 25 мая 1944 г. буксир «Лаури» и паром «Р 1072» по пути из Кархумяки в Сунку два раза были атакованы советскими истребителями «МиГ». «Лаури» подбил один самолет, но и сам был поврежден. Буксир «Кульмус» 4 июня 1944 г. у Ваасени был атакован 12 самолетами и получил легкие повреждения.
В июне 1944 г. финская сторона уже обдумывала, как своевременно эвакуировать личный состав и вооружение с Онежского озера. Одновременно велись наблюдения, как советские корабли проводят учебные стрельбы по мишеням, хотя недостатка в настоящих целях не было.
3-й батальон 5-го пехотного полка был перевезен 8 июня 1944 г. из Суурлахти в Каило на 4 буксирах, 4 лихтерах и 1 катере. Канонерская лодка «Кархумяки», истребители 2-го авиационного полка и финские береговые батареи обеспечивали прохождение конвоя. По-видимому, три советские канонерские лодки, совершавшие набег на Руоппаоя, конвой не заметили.
С 16 июня 1944 г. финны начали отправлять в Финляндию зимнее снаряжение, важнейшие материалы и малые суда. На Свири к этому времени движение судов прекратилось. Часть 14-й морской транспортной роты 18 июня эвакуировала Вознесенье, и суда беспрепятственно дошли до Петрозаводска.
Каллио было обстреляно 20 июня 100 выстрелами с советской канонерской лодки «Морской охотник» и нескольких бронекатеров с дистанции 11 000 м. 21 июня финны эвакуировали Лимосаари, уничтожив все навигационные знаки, обозначивавшие фарватеры. При этом в результате советского налета на буксире «Аарно» погибли 2 человека.
В это время финские команды начали затапливать свои корабли. Деревянные суда были сожжены 24 июня 1944 г. в Лоисаари, корпуса моторных катеров после демонтажа моторов разбивались, а металлические корабли затапливались между Уусисельке и Луккосаари на глубине 21 метр путем открытия кингстонов и подрывов носовой части корпуса. Все материальные средства, не представлявшие необходимости для ведения боевых действий, финны из-за недостатка железнодорожных вагонов не смогли вывезти из Петрозаводска и затопили в портовой бухте. К 23 июня 1944 г. на плаву оставались только канонерская лодка «Контупохья», два буксира, один пассажирский пароход, несколько мотоботов, которые вывезли последних 25 человек с внешних островов. «VTV 1» по железной дороге был отправлен в Финляндию.
В 04.00 27 июня 1944 г. финны эвакуировали по озеру последнее прикрытие из Луккосаари, в 11.00 затопили последние корабли в порту Уусисельке и оставили Петрозаводск. Несколькими часами позже советская Онежская флотилия пришла в разрушенный порт города, чем и закончилась война на Онежском озере.
Оценивая действия сил на Онежском озере, можно сказать, что финнам, благодаря их организационным способностям и предприимчивости, удалось в 1943–1944 гг. без серьезных помех обеспечить перевозки и снабжать армию вдоль западного побережья озера. За время войны на Онежском озере ни советские корабли, ни финские воруженные буксиры и пароходы не провели каких-либо боев, заслуживающих внимания. При этом необходимо отметить, что финны имели, соответственно, только один военный корабль «VTV 1», а русские — 10–20 бронекатеров. Тем не менее и русские ограничились безрезультатными обстрелами побережья. Активно действовала и советская авиация, которая достигла некоторых успехов.
У финского военного руководства уже не было сил продолжать наступление за Онежское озеро в восточном направлении. В связи с этим отпала любая возможность овладеть всем берегом. Финская сторона ограничилась охранением своего берега и своих коммуникаций. Ограниченные средства финского военно-морского флота были задействованы в операциях в Финском заливе и Ладожском озере, поэтому для Онежского озера уже невозможно было найти боеспособных кораблей. Боеспособная финская Онежская флотилия при соответствующей авиационной поддержке смогла бы потопить практически все советские корабли и без оккупации всего побережья обеспечила бы себе полное господство на озере.