На Тиссе раньше находился венгерский батальон охраны реки. Еще один (4-й) батальон охранял Дунай от Пакса до Прессбурга. Эти слабо вооруженные части должны были прикрывать слишком протяженные участки реки и поэтому не смогли предотвратить энергичные попытки их форсирования.
Осенью 1944 г. венгерская Дунайская флотилия находилась в районе Альшогед и ожидала приказ адмирала Хорти, который вел переговоры с русскими о прекращении огня. После 15 октября 1944 г. корабли стали продолжать борьбу против русских. Вскоре группа в составе венгерских кораблей «РМ 1», «Дебрецен», «Кечкемет» и немецких кораблей «Бехеларен», «АТ-916» и «АТ-917» действовала против советских войск к югу от Будапешта.
22 ноября 1944 г. венгерский тральщик «Хегиалья» подорвался на магнитной мине у Чаллокьёз-Араниос (5 убитых, 9 раненых. — Прим. авт.) и затонул. В течение ноября происходили тяжелые бои за остров Чепель и заводы стали и боеприпасов, которые располагались на этом острове. В 11.30 25 ноября при продвижении кораблей для поддержки контратаки 1-й венгерской кавалерийской дивизии «РМ-1» и «Дебрецен» вступили в бой с хорошо замаскированным в прибрежных кустах танком «Т-34». «РМ-1» вынужден был выйти из боя. Он получил два попадания снарядами, потерял 5 человек, вышло из строя орудие и два мотора. Вслед за этим загорелся «Дебрецен», получивший попадание в топливную цистерну. Вскоре он получил еще несколько попаданий, кормовая пушка успела произвести лишь три выстрела. Потеряв 9 человек, венгры оставили горящее судно, которое вначале сносилось течением на юг, а затем затонуло.
С 1 по 25 декабря 1944 г. венгерские корабли были подчинены командиру 92-й немецкой пехотной дивизии, стоявшей в обороне побережья Дуная в районе Будапешт — Вац. С переходом русских в дальнейшее наступление большей части кораблей флотилии удалось выйти из клещей советских войск, а 25 декабря корабли начали отход в Австрию. В самом Будапеште для обороны осажденного города осталось несколько тральщиков и моторных бронекатеров.
В Австрии венгерские сторожевые суда («Шопрон» и «Гьор» в Корнойбурге, «Кечкемет» и Линце, «Сегед» в Прессбурге), корабли типов АМ, РАМ и катера РМ продолжали вместе с немецкими кораблями отход на запад и впоследствии участвовали в обороне Вены. Боевой дух команд венгерских кораблей и боевой дух венгерских войск, действовавших в Австрии, оценивались немцами по-разному. Сторожевые венгерские корабли с сильной зенитной артиллерией всегда страдали от недостатка боеприпасов. В апреле в строю находились все венгерские корабли, и они неоднократно проводили обстрелы русских позиций на Дунае. Кабельное судно «Кшобанк» и тральщики «АМ 8» и «АМ 9» при отходе венгерской Дунайской флотилии отстали от других кораблей и сообщили об аварии двигателей. 8 мая 1945 г. они сдались наступавшим русским. Другие венгерские корабли («Кечкемет», «Сегед») участвовали в боевых действиях в самые последние дни в районе городов Корнойбург (7 мая) и Мельк (8 мая) и были интернированы американцами. Один только «Кечкемет» за период с ноября 1944-го по май 1945 г. при стрельбе по сухопутным целям израсходовал 1000 артиллерийских снарядов калибра 80 мм. «Сегед» сбил в Прессбурге один американский четырехмоторный бомбардировщик.
В связи с государственным переворотом в Венгрии, который произошел 15 октября 1944 г., и предложением адмирала Хорти о прекращении огня, мотобот «Шио», а также небольшое количество офицеров и команд поступили в распоряжение генерала Миклоса, перешедшего на сторону союзников.
Применение венгерской Дунайской флотилии происходило в рамках боевых действий, осуществляемых пятью штурмовыми и четырьмя минными батальонами. Венгерская Дунайская флотилия состояла из устаревших и плохо вооруженных судов по сравнению с кораблями других придунайских государств. Она успешно действовала во время обороны острова Чепель и понесла чувствительные потери от советских танков, имевших сильную артиллерию и хорошо маскировавшихся на берегу. Политическое напряжение внутри Венгрии оказало свое влияние на командование флотилии и часто вело к проведению мероприятий, которые определялись, главным образом, политическими целями.