Финская организация командования была еще менее подвижной, так как корабельные силы, береговая артиллерия, а также части охраны побережья были подчинены одному и тому же генералу. Только некоторые современные по тому времени корабли были сведены в соединения и имели небольшие штабы, которые вследствие географического разделения районов действий (Финского залива и района Аландских островов) не всегда достаточно быстро могли согласовать свои действия.
Всесторонние большие подготовительные мероприятия, которые проводились немцами перед войной, не могли быть неизвестны для русских, а в значении проводимых немцами мероприятий не могло быть сомнений. 70 немецких инженеров и техников во главе с адмиралом Файгом, которые помогали русским в достройке крейсера «Лютцов», в конце мая были отозваны из Ленинграда. С 14 июня ни одно германское судно не вышло в Россию. Одновременно с этим было приказано возвратиться всем судам, находящимся в Советском Союзе. Напротив, под всякими причинами принимались меры к тому, чтобы задержать советские суда, находящиеся в германских гаванях, и не допускать их выхода. К тому же с 12 июня минные заградители, моторные тральщики, торпедные катера и сторожевые корабли передислоцировались в финские шхеры.
Заграждение «Вартбург» из 1500 мин ЕМС и 1800 минных защитников устанавливалось с 18 июня 1941 г. до 21 июня. Наконец, вечером 21 июня было приостановлено все торговое судоходство к востоку от Гедсера и находящиеся в море суда получили приказ войти в ближайшие немецкие, финские или шведские порты. Уже начиная с 12 июня немецкие корабли стояли на позициях передового охранения в центральной части Балтийского моря.
13 июня учебные флотилии и соединение вводившихся в строй крейсеров были перебазированы из западной части Балтийского моря в Норвегию. Эта предосторожность оказалась излишней.
Несмотря на то что для советской разведки был совершенно ясен характер проводимых мероприятий, Сталин не поверил сообщениям о предстоящем открытии военных действий. Мероприятия с советской стороны ограничились тем, что в мае и июне было отказано в пребывании в Москве посольствам государств, которые были оккупированы немцами. Эти действия были применены и к посольству Югославии, с которой за два месяца до этого Советский Союз заключил договор о дружбе.
С начала мая до 15 июня 1941 г. по Балтийскому морю было перевезено 43 000 человек германских войск, из них 32 000 — в Финляндию и остальные — в Норвегию. Однако эти подготовительные мероприятия, так же как и начавшаяся с 17 июня в Финляндии полным ходом мобилизация, для Кремля казались малоубедительными.
Русский операционный план в своей основе был похож на план действий сил в Первой мировой войне: упорная оборона Рижского залива, создание линии обороны в Финском заливе по линии Ханко — о. Осмуссар — Таллин, ведение боевых действий подводными лодками и авиацией в средней части Балтийского моря, а при благоприятных условиях обстановки — постановка мин крейсерами и миноносцами, в то время как тяжелые и устаревшие корабли должны были решать задачу обороны узких проливов. С 1943 г. советский флот мог рассчитывать на увеличение корабельного состава линейным кораблем в 35 000 т, четырьмя крейсерами, одним авианосцем, двенадцатью эскадренными миноносцами и 50 подводными лодками, а также многочисленными малыми кораблями, в то время как в Германии строительство больших кораблей уже давно было прекращено.
Занятые Советским Союзом в 1939–1940 годах базы в Балтийских государствах не были оборудованы и располагали наряду с устаревшими артиллерийскими системами только несколькими современными береговыми батареями калибра 130–280 мм. Войска в Балтийских государствах были частично укомплектованы из местного населения и в первые дни войны перешли к немцам, как это имело место с литовским армейским корпусом. Таким образом, советские позиции находились на зыбкой почве и полностью были поколеблены, когда они неожиданно получили удар в спину. На участие в войне Финляндии русские вообще не рассчитывали, хотя осенью 1940 г. Молотов, в противоположность Гитлеру, потребовал окончательного урегулирования финской проблемы.