В течение зимы 1941/42 г. финны прежде всего занимались тем, что охраняли замерзшие в некоторых местах суда от суровых воздействий природы и от нападения на них русских. До этого времени советская Онежская флотилия держала себя очень пассивно. Было только известно, что русские сосредоточили около 15 буксиров и 25–30 лихтеров в районе устья Вольды. Попытка финнов переправить по льду боевой патруль, состоящий из 100 человек, и взорвать эти корабли не удалась, и финны понесли при этом большие потери. Во время налетов финской авиации на порт Салпа непосредственно до таяния льда был уничтожен только один лихтер.
Финны тем временем вооружили все трофейные корабли, которые частично имели фундаменты для орудий еще со времен Первой мировой и Гражданской войны.
В начале июня со Свири в Онежское озеро доставили несколько буксиров, а также бронекатер (трофейный, бывший советский), который был введен в строй под названием «VTV 1».
Оживленная деятельность советской авиации не принесла ей успехов. Более того, было сбито два советских самолета. Один финский патруль позднее в ночь на 29 августа 1942 г. захватил у Маасиярви две советские летающие лодки.
Финская сторона также приложила много усилий для организации эффективной обороны побережья береговой артиллерией. Береговая артиллерия состояла из двух полков (4-го и 14-го) по четыре батареи в каждом. Отдельные батареи насчитывали до 13 орудий калибра 75, 122 и 152 мм и устанавливались в пунктах, удаленных друг от друга на значительные расстояния. Всего береговая артиллерия Онежского озера располагала 40 орудиями калибра 75 или 76 мм, 16 — калибра 122 мм и 10 — калибра 152 мм. На берегу в промежутках между батареями было организовано лишь слабое наблюдение и охранение.
В конце июня — начале августа 1942 г. советские канонерские лодки впервые обстреливали финские батареи береговой артиллерии. В отдельных случаях им удавалось прорываться до Кондопоги. Эти действия они производили, как правило, в утренних сумерках, широко используя при этом постановку дымовых завес. В то время как быстроходные канонерские лодки приближались к финскому побережью всего лишь на несколько метров, вооруженные буксиры и пароходы, следовавшие вместе с ними в район боевых действий, обычно не приближались к берегу ближе чем на 20 км и останавливались в ожидании канонерских лодок. Активные действия русских кораблей вынудили финнов к организации охраны осуществляемых на озере перевозок. В конвоях осуществлялись переходы судов по маршруту Петрозаводск — Лимосаари, и вдоль западного побережья до устья Свири для охранения использовались суда сторожевой флотилии. Ядром основных сил финнов оказались колесный пароход «Кархумяки» (на вооружении у него находились две пушки калибра 75 мм), буксир «Илмари» и бронекатер «VTV 1».
Утром 3 сентября 1942 г. произошел бой финского конвоя, который вышел из устья Свири и пошел по направлению к полуострову Андома, с вооруженным советским пароходом. Пароход открыл эффективный огонь по «Кархумяки» с дистанции 10 км, а затем перенес его на «ВТВ-1» и заставил их возвратиться. Требовавшаяся поддержка со стороны финской авиации не последовала, поэтому советский корабль, благодаря более высокой скорости, под дымовой завесой ушел за пределы досягаемости огня финских орудий. В 12.25 советская канонерка и два моторных бронированных катера вышли из Вытегры и атаковали финские корабли в 13.25. Русские корабли были более быстроходными и лучше вооруженными, чем финские. Поэтому финны получили приказ об отходе. После одночасового безрезультатного огневого боя русские тоже вернулись в Вытегру.
Поздним летом 1942 г. русские начали высаживать партизан на западное побережье озера. Партизаны совместно с гражданским населением нападали на изолированные финские опорные пункты. Десантирование проводилось на гребных лодках, сопровождавшихся канонерскими лодками. С подходом к побережью партизаны топили лодки, чтобы замести следы своей высадки.
В связи с этим финны вынуждены были на подходах к побережью на 25-км участке между Тервасое и Соксу организовать корабельные дозоры, для чего использовали мотоботы. Благодаря этому советская высадка на остров Хепосаари была сразу же отражена.
В мае 1942 г. в Петрозаводск было доставлено некоторое количество мин, которых разместили в минном депо № 9 на Лоисаари. Одновременно были вооружены 4 мелких и два крупных тральщика и 2 буевые лодки.
В конце августа у берега под Тулвоя была обнаружена русская дрейфующая мина 13-й модели. Это единственное сообщение о применении мин русскими.
Зима 1942/43 г. снова использовалась для того, чтобы отремонтировать корабли и снова организовать флотилию. Новым командиром стал капитан 1 ранга Х. Зёдерхольм. Охранная флотилия была разделена на дивизион канонерских лодок и разведывательный дивизион. Кроме того, был еще дивизион тральщиков, насчитывавший 10 катеров, ремонтная рота, а также озерная транспортная рота, лоцманская рота и рота озерной полиции.
После схода льда в конце апреля — начале мая начались первые операции. Советская Онежская военная флотилия, по данным допросов военнопленных, состояла теперь из 13 вооруженных пароходов, 6 моторных канонерских лодок и некоторого количества вооруженных буксиров.
В 1943 году советские ВВС тоже вели активные действия. Так, 24 мая 1943 г. восточнее Ялкалахти 9 самолетов атаковали «РМ 201» и лихтер «Р 1026». Малый буксир подбил один самолет и повредил один.
31 мая советский буксир буксировал две моторные канонерские лодки перед финскими позициями у Химйоки и Руоппаоя. После того как канонерские лодки обстреляли в течение определенного времени финские позиции, буксир снова увел их. Вскоре после этого их атаковала финская авиация, потопившая буксир восточнее Зоксу.
Налет советской авиации на порт Кархумяки нанес небольшие потери.
По железной дороге на Онежское озеро были доставлены дополнительные катера, чтобы поддерживать находившееся там соединение кораблей на требовавшемся уровне, поскольку значительная часть финских кораблей постоянно находилась в ремонте.
4-я рота морской полиции и подразделения 4-й озерной саперной роты были высажены на Лимосаари и Суисаари, чтобы не допустить высадки партизан.
В начале июля советские корабли обстреляли деревню Стелики, а 8 июля две советские моторные канонерские лодки выпустили 35 снарядов по финскому буксиру и парому у Каскесоя, но не попали.
12 сентября 1943 г. финская флотилия покинула Соксу, взяв курс на Лимосаари, чтобы потом идти на Реску. «Кархумяки» со скоростью 7 узлов вел на буксире «Контупохья» и «VTV 1». При полной луне флотилия у Луостариниеми на дальности 10 кабельтовых заметила две советские канонерские лодки, которые после короткого безрезультатного огневого боя скрылись.
Пробная финская минная постановка 7 июля 1943 г. прошла успешно. Но траление в 5 милях к западу от Гарницы не дало никаких результатов.
14 сентября 1943 г. три советские моторные канонерские лодки из «сталинских органов» обстреляли 406-ю легкую батарею. Одновременно с этим в другом месте были замечены 9 канонерских лодок и «Морской охотник».
В результате ложной тревоги вся охранная флотилия 23 сентября 1943 г. приготовилась к бою у Рески, но ничего не произошло.
Во время атаки русских самолетов 14 ноября 1943 г. у Тулвоя был потоплен катер «LA 102», при этом погиб его рулевой.
К особенностям этого театра военных действий относится то, что финские конвои два раза встречались с русскими. Буксируемые лихтеры бросать было нельзя, и огневой бой между медленно шедшими конвоями ни финнам, ни русским не казался привлекательным. Так и прошли оба неохраняемых конвоя на расстоянии всего 15 кабельтовых мимо друг друга без единого выстрела, и только когда они вышли к прибрежным водам, береговые батареи открыли безрезультатный огонь.
Канонерская лодка «Кархумяки» зимой 1943/44 г. использовалась в качестве опорного пункта на острове Шардонский, а канонерская лодка «Контупохья» выполняла ту же роль у Суисаари.
26 февраля 1944 г. в результате диверсии полностью сгорела столярная мастерская «легкого дивизиона», поэтому моторные катера ремонтировать стало невозможно.