В его характере и правлении смешались зло и добро. Он был настолько суров и жесток, насколько это могла продиктовать несентиментальная политика. Он не утруждал себя, как ранние Медичи, поддержанием республиканских форм и фасада. Он организовал систему шпионажа, которая проникала в каждую семью, и использовал приходских священников в качестве шпионов.29 Он принуждал к единодушию в исповедании религиозных убеждений и сотрудничал с инквизицией. Он был жаден до богатства и власти, использовал государственную монополию на зерно, облагал своих подданных непомерными налогами, сверг полуреспублику Сиену, чтобы сделать этот город, как Ареццо и Пиза, частью своих владений, и убедил папу Пия V дать ему титул великого герцога Тосканы (1569).
В качестве частичной компенсации за абсолютизм своего правления он организовал эффективную администрацию, надежную армию и полицию, компетентную и неподкупную судебную систему. Он жил просто, избегал дорогостоящих церемоний и показухи, строго распоряжался финансами и оставил сыну и наследнику полную казну. Порядок и безопасность, которые теперь поддерживались на улицах и магистралях, оживили торговлю и промышленность, которые пришли в упадок после многочисленных революций. Козимо ввел новые производства, например, кораллов и стекла; он пригласил и защитил португальских евреев, чтобы стимулировать развитие промышленности; он расширил Ливорно (Ливорно) как оживленный порт. Он приказал осушить болота Мареммы, чтобы избавить этот регион и близлежащую Сиену от малярии. Под его добросовестным деспотизмом Сиена, как и Флоренция, стала процветать как никогда раньше. Он использовал часть своих богатств на поддержку литературы и искусства без излишеств и дискриминации. Он возвел Академию дельи Умиди в ранг официальной Академии Фиорентины и поручил ей установить нормы тосканского языка. Он подружился с Вазари и Челлини, изо всех сил старался вернуть Микеланджело во Флоренцию и основал под своим отсутствующим председательством Арте дель Дисегно, или Академию дизайна. Он основал в Пизе (1544) школу ботаники, уступающую по возрасту и совершенству только падуанской. Несомненно, Козимо мог бы возразить, что ему не удалось бы добиться таких успехов, если бы он не начал с малого зла и железного кулака.
В сорок пять лет этот железный герцог уже был измотан напряжением власти и семейными трагедиями. Через несколько месяцев, в 1562 году, его жена и двое сыновей умерли от малярийной лихорадки, подхваченной во время работ по осушению болот Мареммы. Через год он потерял дочь. В 1564 году он передал фактическое управление страной своему сыну Франческо. Он пытался утешить себя любовными похождениями, но нашел больше скуки в распутстве, чем в браке. Он умер в 1574 году в возрасте пятидесяти пяти лет. Он пережил все лучшее и худшее, что было в его роду.
Хотя Флоренция больше не производила Леонардо и Микеланджело и не имела художников, которые могли бы сравниться в этот период с городским и универсальным Тицианом, вулканическим Тинторетто или праздничным Веронезе, при втором Козимо она пережила столь энергичное возрождение, какое только можно было ожидать от поколения, выросшего среди разочарованных восстаний и неудачных войн. Несмотря на это, Челлини оценивал художников, нанятых Козимо, как «группу, подобной которой не найти в настоящее время в мире».30 — это типично флорентийская преуменьшенная оценка венецианского искусства. Бенвенуто считал герцога покровителем с большим вкусом, чем щедростью, но, возможно, этот способный правитель считал восстановление экономики и политического порядка более важным, чем художественное оформление своего двора. Вазари описывал Козимо как «любящего и благосклонного ко всем художникам, да и вообще ко всем гениальным людям». Именно Козимо финансировал раскопки в Кьюзи, Ареццо и других местах, которые открыли замечательную этрусскую культуру и обнаружили знаменитые этрусские бронзовые статуи «Химера», «Оратор» и «Минерва». Он выкупил все сокровища искусства, награбленные из дворца Медичи в 1494 и 1527 годах, добавил к ним свои собственные коллекции и разместил все это в дворце-крепости, строительство которого Лука Питти начал за сто лет до этого. Козимо расширил это чудовищное сооружение по проекту Бартоломмео Аммаати и сделал его своим официальным жилищем (1553).