Помпей не решался начать сухопутное сражение. Гордясь своим флотом, он послал к Цезарю вызов и предложил решить исход войны морской битвой. Цезарь согласился, хотя прежде ему не везло ни в одном его морском предприятии. Был назначен день, к которому обе стороны снарядили по 300 кораблей. Цезарианским флотом командовал Агриппа, наиболее талантливый из всех полководцев Цезаря. Цезарь поверил в его удачу и не ошибся. На виду у двух сухопутных армий вблизи Навлоха развернулось грандиозное морское сражение, протекавшее с большим ожесточением. Исход его долго казался неясным, но в конце концов Агриппа прижал помпеянский флот к берегу и полностью уничтожил. Успели спастись только 17 кораблей. Помпей укрылся в Мессену, бросив свою сухопутную армию. В тот же день она сдалась Цезарю. Когда весть о поражении достигла Лилибея, его гарнизон также капитулировал. Помпей бежал из Сицилии. Восемь легионов, оставленные им в Мессене, перешли на сторону Лепида.
Располагая теперь 22 легионами, Лепид стал строить планы, каким образом он может сохранить Сицилию для себя, не отдавая ее Цезарю. Он послал приказ во все города, в которых уже стояли его гарнизоны, не впускать к себе ни Цезаря, ни его полководцев. Таким образом, только что закончив одну войну, Цезарь оказался перед угрозой новой.
Впрочем, скоро выяснилось, что Лепид не рассчитал своих сил. Даже его собственные солдаты не одобряли его распри с Цезарем. Что же касается недавних помпеянцев, только что перешедших на его сторону, то их такой оборот дела устраивал еще меньше, ведь в случае поражения Лепида они уже никак не могли рассчитывать на снисхождение со стороны Цезаря. Зная о настроениях солдат, Цезарь с незначительной охраной вдруг явился в лагерь Лепида. Он обратился к солдатам и сказал, что не желает войны. Те приветствовали его как императора, а помпеянцы тотчас перешли на его сторону. Узнав в чем дело, Лепид напал на Цезаря. В завязавшейся схватке некоторые спутники его были убиты, самого Цезаря ударили копьем, но не пробили панциря. Он поспешно отступил за укрепления.
Однако дерзкий его поступок не прошел без последствий. Воины Лепида стали перебегать к Цезарю, сначала по одиночке, потом группами, и наконец целыми легионами. Цезарь принимал всех. Когда его спросили, что делать с Лепидом, он велел сохранить ему жизнь. Он лишил Лепида всех полномочий и отпустил в Рим, где тот жил до смерти как частный человек. Африка и Сицилия были присоединены к владениям Цезаря. Так счастливо закончилась эта война, самая тяжелая из всех, какие пришлось вести Цезарю.
Возвратившись в Рим, Цезарь обратился к делам государства. Он простил все недоимки по налогам и откупам, чем вызвал всеобщую радость и ликование. Но это был только первый шаг. Цезарь понимал, что много надо сделать для того, чтобы вернуть разоренной до последних пределов стране былое процветание. Италия была наводнена шайками беглых рабов, мародеров и отщепенцев всякого рода. Наглость грабителей не знала пределов. Цезарь повел против них настоящую войну и предал всех пойманных массовому истреблению. Не прошло и года, как снова повсюду установились мир и безопасность, и Цезарь заслужил общее изумление столь быстрым и неожиданным восстановлением порядка. Он вернул многие права в государственном управлении ежегодным должностным лицам, согласно отцовским законам, сжег документы, относящиеся ко времени смут, и обещал вполне восстановить государственный строй после возвращения Антония из парфянского похода. Сам Цезарь стал готовиться к походу против иллирийцев, которые своими набегами опустошали берега Италии (Аппиан: 17; 113-126, 129, 132). Он двинулся в Иллирию в 35 г. до Р.Х. Многие племена на побережье подчинились ему без боя. С другими ему пришлось вести упорную борьбу. К 33 г. завоевание Иллирии было завершено (Аппиан: 9; 16-28).
Тем временем постепенно назревала война с Антонием. Тот жил в Александрии и, охваченный любовью к египетской царице Клеопатре, совершенно потерял голову. Мало того, что он наносил оскорбление своей жене и сестре Цезаря, открыто сожительствуя с другой женщиной, он вызвал к себе волну ненависти со стороны римлян еще и тем, что поделил восточные провинции Римской державы между своими детьми от нее. Своего старшего сына Александра он провозгласил царем Армении, Мидии и Парфии, а младшего, Птолемея, царем Финикии, Сирии и Киликии. Донося об этом сенату и часто выступая перед народом, Цезарь ожесточил римлян против Антония. Не оставаясь в долгу, Антоний посылал своих людей с ответными обвинениями. Важнейшие из них были таковы. Во-первых, отняв у Помпея Сицилию, Цезарь не выделил части острова ему, Антонию. Во-вторых, он не вернул суда, которые занял у Антония для войны с Помпеем. В-третьих, лишил власти Лепида и сам распоряжался его войском, его провинцией и назначенными ему доходами. И, наконец, чуть ли не все земли в Италии он поделил между своими воинами, солдатам же Антония не оставил ничего. Оправдываясь, Цезарь заявлял, что Лепида он отрешил от власти за наглые бесчинства, что военною добычею готов поделиться с Антонием, если и тот поделится с ним своим завоеванием - Арменией, и что на Италию у солдат Антония никаких притязаний быть не может: ведь в их распоряжении Мидия и Парфия, земли, которые они присоединили к Римской державе, отважно сражаясь под начальством своего императора.
Получив этот ответ, Антоний в 32 г. до Р.Х. послал в Рим своих людей с приказанием выдворить Октавию из своего дома и стал готовиться к войне. Узнав о стремительности и размере вражеских приготовлений, Цезарь был в тревоге. Он опасался, как бы не пришлось начать военные действия в то же лето; между тем ему еще многого не доставало для войны, в добавок повсюду звучал ропот, вызванный высокими налогами. Свободнорожденные должны были внести в казну четверть своих доходов, а вольноотпущенники - восьмую долю всего имущества, и каждый гневно взывал к Цезарю, вся Италия волновалась. Поэтому величайшей ошибкой Антония считали промедление: он дал Цезарю время приготовиться, а волнениям - улечься, ибо пока шли взыскания, люди негодовали, но, заплатив, успокоились.
Когда Цезарь счел свои приготовления достаточными, было постановлено начать войну против Клеопатры и лишить Антония полномочий, которые он уступил и передал женщине. У Антония было не менее 500 боевых кораблей, 100 000 пехоты и 12 000 конницы. У Цезаря было 250 судов, 80 000 пехотинцев и 12 000 конницы. Зная о своем двойном преимуществе на море, Антоний предполагал решить войну морским сражением. Хотя ему и указывали на то, что для такого большого количества кораблей нельзя собрать достаточного количества гребцов и потому они будут медленны и неповоротливы, Антоний в угоду Клеопатре не изменил своего мнения. Между тем флот Цезаря был оснащен безупречно.