Большим достоинством нового государя была его искренняя веротерпимость. Уже в мае он очень благосклонно принял депутацию шотландского парламента, которая сообщила ему о восстановлении в стране пресвитерианской церкви. Вильгельм старался только о том, чтобы в Шотландии не начались гонения на последователей англиканства. Вскоре по инициативе короля был принят «Акт о веротерпимости». Хотя веротерпимость, провозглашенная им, имела весьма ограниченный характер и освободила от преследования лишь незначительную часть диссидентов, все же Акт стал важным шагом на пути к свободе совести. Католики не получили никаких послаблений. но более по политическим, чем по религиозным причинам. Как в Англии, так и в Шотландии сильны были позиции сторонников низложенного короля (их называли якобитами), большую роль среди которых играло фанатичное англиканское духовенство, очень подозрительно относившееся к веротерпимости Вильгельма. Уже в 1689 г. произошли мощные восстания якобитов в Ирландии и горной Шотландии. Летом 1690 г. Вильгельм переправился во главе большой армии в Ирландию. Здесь 30 июля на речке Бойне произошло решительно сражение, в котором англичане одержали полную победу. Дублин сдался без боя. Все имения мятежников были конфискованы, многие из них принуждены покинуть родину. Вильгельм был признан королём во всех трёх частях государства.