1) при поступлении средств в порядке частичной оплаты (если продавец определяет момент возникновения налоговой базы для НДС по факту поступления денежных средств);
2) при отгрузке товаров (выполнении работ, оказании услуг) под полученную сумму авансовых или иных платежей с соответствующей корректировкой (зачетом) ранее начисленных сумм налога по платежу.
Что касается включения в номер счета-фактуры буквенных обозначений, то запрета на это в официальных разъяснениях нет. Поэтому в целях упорядочения учета реализации по филиалам или обособленным подразделениям, возможно применять в порядковом номере счета-фактуры буквы. Обособленные подразделения выписывают счета-фактуры всегда от имени головной организации. Это связано с тем, что обособленное подразделение в соответствии со ст. 19 НК РФ не является налогоплательщиком.
Обособленным подразделением признается любое территориально обособленное от организации подразделение, по местонахождению которого оборудованы стационарные рабочие места. При этом не имеет значения, отражено или нет его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, несущественны и полномочия, которыми наделяется указанное подразделение. Данная норма изложена в статье 11 НК РФ. При этом нужно учитывать, что если организация реализует товары (выполняет работы, оказывает услуги) через свои обособленные подразделения, то счета-фактуры на перечисленные позиции выставляются покупателям обособленными подразделениями и нумерация счетов-фактур производится в порядке возрастания номеров в целом по организации (письмо ФНС от 6 июля 2005 г. № 03-1-04/1166/13@). Возможно как резервирование номеров по мере их выборки, так и присвоение составных номеров с индексом обособленного подразделения; журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж ведутся структурными подразделениями в виде разделов единых журналов учета, единых книг покупок и продаж организации. Но не всегда представляется возможным определить заранее количество номеров счетов-фактур, приходящихся на обособленное подразделение. Поэтому можно рекомендовать такой вариант, при котором обособленные подразделения нумеруют выписываемые счета-фактуры самостоятельно по возрастанию, но с присвоением индекса обособленного подразделения. Обособленные подразделения, наделенные обязанностью ведения бухгалтерского учета, могут оформлять счета-фактуры, выставляемые покупателям, в трех экземплярах. Первый экземпляр передается покупателю, второй непосредственно организации, а третий хранится в обособленном подразделении.
Необходимо отметить, что использование различных систем нумерации счетов-фактур с большой долей вероятности может привести налогоплательщика к конфликту с налоговыми органами. Если инспекторы обнаружат, что налогоплательщик зарезервировал определенное количество номеров, но в пределах обозначенного в учетной политике отчетного периода все не выбрал, то могут возникнуть подозрения, что по „невыбранным“ номерам осуществлялась отгрузка покупателям, но данные суммы не отражались в книге продаж для последующего налогообложения НДС. Даже если налогоплательщик вовсе не стремился скрыть выручку от налогообложения, лучше обезопасить организацию от лишних придирок со стороны проверяющих. К тому же они могут использовать такой аргумент: статья 169 НК РФ подразумевает наличие порядкового номера, следовательно, налогоплательщик обязан соблюсти единую присвоение именно порядковых номеров. Таким образом, если организацией применяется сложная система нумерации, но которая представляется удобной для организации в целях налогового контроля и сверки с контрагентами, то целесообразно подробно описать данную систему в учетной политике в разделе по исчислению НДС во избежание разногласий с налоговыми органами.
Судебная практика по вопросу нумерации счетов-фактур в основном положительна. Так, в постановлении ФАС Северо-Западного округа от 15.06.2004 г. № А56-45387/03 указано, что ввиду отсутствия нормативно закрепленных правил нумерации счетов-фактур, налогоплательщик самостоятельно устанавливает порядок учета счетов-фактур и присвоения им порядковых номеров. Организация установила такой порядок, в соответствии с которым нумерация бланков счетов-фактур осуществлялась в пределах дня.
Спорные счета-фактуры имели одинаковые порядковые номера, но разные даты, следовательно, вывод налоговой инспекции о наличии у спорных счетов-фактур одинаковых реквизитов, что препятствует отражению указанных в них сумм налога в налоговой декларации в составе налоговых вычетов, неправомерен.