Кроме того, Беер налаживал связи со шведской армией, работал в штабе НАТО. Он имел доступ на базы бундесвера, к планам работ израильских подрядчиков на НАТО и армию США, к планам строительства оборонных объектов, осуществлявшихся израильской государственной компанией «Солель Боне» в Турции. Через нее же он был осведомлен и о планах строительства натовских ракетных объектов в той же Турции и в Греции. Имел Беер доступ и к информации о ядерной программе Израиля. Дело в том, что, когда 2 октября 1957 года между Тель-Авивом и Парижем было подписано секретное соглашение о поставке Францией Израилю ядерного реактора и специалистов для его монтажа, непосредственным куратором этого проекта был назначен Перес. Это обстоятельство дало Бееру возможность во всех деталях ознакомиться с израильской ядерной программой, целью которой было создание собственной атомной бомбы.
Являясь главным военным историком министерства обороны, Беер также был и ведущим военным теоретиком Израиля. В 1959 году он возглавил первый в стране факультет военной истории в Тель-Авивском университете, где обучались высшие офицеры армии. Был он известен как военный эксперт далеко за пределами Израиля. Так, он состоял в Международной ассоциации военных комментаторов, дружил с выдающимся английским военным историком Бэзилом Лиддел-Хартом. А официальные представители министерства обороны Франции открыто превозносили его глубокое понимание военных проблем.
Занимая столь высокое положение, Беер, безусловно, являлся самым ценным и самым оберегаемым агентом советской внешней разведки в Израиле. Однако и ему не удалось избежать провала. Первые подозрения появились у «Шин бет» в 1956 году в связи с тем, что он, несмотря на многократные предупреждения, часто общался с советскими представителями в Израиле, Подозрения усилились осенью 1960 года, когда Беером заинтересовался руководитель израильской разведки «Моссад» Исер Харел. Главной причиной повышенного интереса Харела к Бееру стали его несанкционированные израильскими спецслужбами контакты с Геленом, а также частые посещения Восточного Берлина и Польши.
Харел поделился своими подозрениями с Бен-Гурионом, но тот не придал его словам большого значения, заявив, что полностью доверяет Бееру. Однако Харел установил за Беером наружное наблюдение, в ходе которого было установлено, что он в последнее время изменил обычный образ жизни. Так, он начал часто посещать ночные бары и клубы в Тель-Авиве, делал своим многочисленным любовницам дорогие подарки и вообще тратил больше денег, чем зарабатывал. Все это укрепило Харела в мысли, что Беер находится в состоянии стресса, который испытывают активно работающие агенты.
Наблюдение за Беером продолжалось, и 28 марта 1961 года сотрудники наружного наблюдения «Шин бет» зафиксировали контакт Беера с пресс-атташе советского посольства Виктором Соколовым, установленным сотрудником советской разведки. В тот же день Беер был арестован. При обыске у него был изъят портфель с секретными документами, среди которых, в частности, находился подробный список израильских заводов, производящих военное снаряжение, а также выдержки из дневника Бен-Гуриона.
В ходе следствия было установлено, что биография Беера вплоть до 1939 года была сфальсифицирована. Израильтянам удалось установить, что некий Израиль Беер действительно проживал в Австрии. Но он был бедным студентом-евреем, никогда не состоял в «Шуцбунде», не учился в военной академии и не воевал в Испании. Более 1гого, он бесследно исчез в 1938 году, именно тогда, когда его двойник отправился в Палестину.
Под давлением неопровержимых доказательств Беер признал факт сотрудничества с советской разведкой начиная с 1956 года. Однако на суде, начавшемся в июне 1961 года, он отрицал свою вину, утверждая, что сотрудничал с советскими дипломатами в интересах государства Израиль из чувства патриотизма. При этом он заявил: «По моему мнению, нужно было сделать все, чтобы Израиль не попал в зависимость от западных держав. Я верил в одно: Израиль должен быть союзником коммунистических стран». Беер упорно настаивал на том, что хотел только наладить дружественные отношения между СССР и Израилем, а обвинения в шпионаже объяснял маниакальной подозрительностью и личной неприязнью со стороны руководителя «Моссада» Исера Харела.