Как бы в отместку умершей Елизавете Петровне и ее фавориту графу Алексею Григорьевичу Разумовскому, 10 ноября 1764 года Екатерина II сместила его младшего брата Кирилла с должности гетмана на Украине. Вместо упраздненного гетманства была учреждена Малороссийская коллегия во главе с графом П.А. Румянцевым.
Увеличение числа крепостных крестьян посредством громадных раздач фаворитам и сановникам населенных имений, утверждение крепостного права в Малороссии всецело ложатся темным пятном на память Екатерины II. Не следует, однако, упускать из виду, что малоразвитость русского общества сказывалась в то время на каждом шагу. Так, когда государыня задумала отменить пытку и предложила эту меру Сенату, сенаторы высказали опасение, что в случае отмены пытки никто, ложась спать, не будет уверен, жив ли он встанет поутру. Поэтому, не уничтожая пытки гласно, Екатерина разослала секретное предписание, чтобы в делах, где употреблялась пытка, судьи основывали бы свои действия на X главе «Наказа», в которой пытка осуждена как дело жестокое и крайне глупое.
В начале царствования Екатерины II возобновилась попытка создать учреждение, напоминавшее Верховный тайный совет, но в новой форме, под именем постоянного совета императрицы. Сочинителем проекта был граф Панин. Генерал-фельдцейхмейстер Вильбуа написал императрице: «Я не знаю, кто составитель этого проекта, но мне кажется, как будто он под видом защиты монархии тонким образом более склоняется к аристократическому правлению». Вильбуа был прав; но государыня и сама понимала олигархический характер проекта. Она его подписала, но держала под сукном, и он никогда не был обнародован. Таким образом, идея Панина о совете из шести постоянных членов осталась одной мечтой; частный совет при Екатерине II всегда состоял из сменяющихся членов.
Зная, как переход Петра III на сторону Пруссии раздражал общественное мнение, императрица приказала русским генералам соблюдать нейтралитет и этим способствовала прекращению войны.
Внутренние дела государства требовали особенного внимания. Более всего поражало отсутствие правосудия. Государыня по этому поводу выражалась энергично: «Лихоимство возросло до такой степени, что едва ли есть самое малое место правительства, в котором бы суд без заражения сей язвы отправлялся; ищет ли кто место – платит; защищается ли кто от клеветы – обороняется деньгами; клевещет ли кто на кого – все хитрые происки свои подкрепляет дарами».
Портрет цесаревича Петра Федоровича и великой княгини Екатерины Алексеевны. Художник Георг Христоф Гроот. 1740-е
Особенно поражена была Екатерина II, узнав, что в пределах Новгородской губернии брали с крестьян деньгами за приведение их к присяге на верность императрице. Такое положение правосудия заставило ее созвать в 1766 году комиссию для издания Уложения. Этой комиссии она вручила свой «Наказ», которым комиссия должна была руководствоваться при составлении Уложения. «Наказ» был составлен на основании идей Монтескье и Беккарии.
Дела польские, возникшая русско-турецкая война 1768–1774 годов и внутренние смуты приостановили законодательную деятельность императрицы до 1775 года. Польские дела вызвали раздел и падение Польши.
Русско-турецкая война кончилась Кючук-Кайнарджийским миром, который был ратифицирован в 1775 году. По этому миру Порта признала независимость крымских и буджакских татар; уступила России Азов, Керчь, Еникале и Кинбурн; открыла русским кораблям свободный ход из Черного моря в Средиземное; даровала прощение христианам, принявшим участие в войне; допустила ходатайство России по делам молдавским.
Во время русско-турецкой войны в 1771 году в Москве свирепствовала чума, вызвавшая Чумной бунт. От этой чумы погибло 130 тысяч человек.