На востоке России разгорелся еще более опасный бунт, известный под названием Пугачевщины. Пугачевский мятеж подняли яицкие казаки, недовольные переменами в их казацком быту. В 1773 году донской казак Емельян Пугачев принял имя Петра III и поднял знамя бунта. Екатерина II поручила усмирение мятежа Бибикову, который сразу понял сущность дела. Важен не Пугачев, сказал он, важно общее неудовольствие. К яицким казакам и к бунтовавшим крестьянам присоединились башкиры, калмыки, киргизы. Бибиков, распоряжаясь из Казани, двинул со всех сторон отряды в места более опасные. Князь Голицын освободил Оренбург, Михельсон – Уфу, Мансуров – Яицкий городок. В начале 1774 года бунт стал утихать, но Бибиков умер от изнеможения, и мятеж разгорелся вновь. Пугачев овладел Казанью и перебросился на правый берег Волги. Место Бибикова занял граф П. Панин, но не заменил его. Михельсон разбил Пугачева под Арзамасом и загородил ему путь к Москве. Пугачев бросился на юг, взял Пензу, Петровск, Саратов и везде вешал дворян. Из Саратова он двинулся к Царицыну, но был отбит и под Черным Яром снова разбит Михельсоном. Когда к войску прибыл Суворов, самозванец чуть держался и был вскоре выдан своими сообщниками. В январе 1775 года Пугачев был казнен в Москве.
С 1775 года возобновилась законодательная деятельность Екатерины II, вполне, впрочем, и перед тем не прекращавшаяся. Так, в 1768 году упразднены были коммерческий и дворянский банки и учрежден так называемый ассигнационный, или разменный, банк. В 1775 году прекращено было существование Запорожской Сечи, и без того клонившейся к падению. В том же 1775 году начато преобразование провинциального управления. Издано было учреждение для управления губерний, которое вводилось целые двадцать лет: в 1775 году оно началось с Тверской губернии и кончилось в 1796 году учреждением Виленской губернии. Таким образом, реформа провинциального управления, начатая Петром Великим, была выведена Екатериной II из хаотического состояния и закончена.
В 1776 году государыня повелела в прошениях слово «раб» заменить словом «верноподданный».
К концу первой русско-турецкой войны получил особенно важное значение князь Г.А. Потемкин, стремившийся к великим делам. Вместе со своим сотрудником Безбородко он составил проект, известный под названием греческого. Грандиозность этого проекта – разрушив Оттоманскую Порту, восстановить Греческую империю, на престол которой возвести великого князя Константина Павловича, – понравилась государыне. Противник влияния и планов Потемкина граф Н. Панин, воспитатель цесаревича Павла и президент коллегии иностранных дел, чтобы отвлечь Екатерину II от греческого проекта, поднес ей проект вооруженного нейтралитета. Вооруженный нейтралитет в 1780 году имел целью оказать покровительство торговле нейтральных государств во время войны и был направлен против Англии, что было невыгодно для планов Потемкина. Преследуя свой широкий и бесполезный для России план, Потемкин подготовил крайне полезное и необходимое для России дело – присоединение Крыма. В Крыму с признания его независимости волновались две партии – русская и турецкая. Их борьба дала повод занять Крым и Кубанскую область. Манифестом 1783 года было объявлено присоединение Крыма и Кубанской области к России. Последний хан Шагин-Гирей был отправлен в Воронеж, Крым переименован в Таврическую губернию, набеги крымцев прекратились. Предполагают, что вследствие набегов крымцев Великая и Малая Россия и часть Польши с XV века до 1788 года лишилась от трех до четырех миллионов человек. Пленников обращали в рабов, пленницы наполняли гаремы или становились, как рабыни, в ряды женской прислуги. В Константинополе у мамелюков кормилицы, няньки были русские. В XVI, XVII и даже в XVIII веках Венеция и Франция употребляли закованных в кандалы русских рабов, купленных на рынках Леванта, в качестве работников на галерах. Благочестивый Людовик XIV старался только о том, чтобы эти рабы не оставались схизматиками. Присоединение Крыма положило конец позорной торговле русскими рабами.
Вслед за тем Ираклий II, царь Грузии, признал протекторат России. 1785 год ознаменован двумя важными законодательными актами: «Жалованной грамотой дворянству» и «Городовым положением». Устав о народных училищах 15 августа 1786 года осуществлен был только в малых размерах. Проекты об основании университетов в Пскове, Чернигове, Пензе и Екатеринославе отложили. В 1783 году основана была Российская академия для изучения родного языка. Положено было начало образованию женщин. Учреждены воспитательные дома, введено оспопрививание, снаряжена экспедиция Палласа для изучения отдаленных окраин.