Торговля тоже немало страдала от постоянных стычек с кочевниками, зато в борьбе с азиатами закалилось войско гераклеопольцев, ставшее едва ли не главным аргументом правителей нома во внутриегипетских конфликтах.
Впрочем, даже под тяжестью столь «весомых» притязаний соседи и удерживающие мемфисский престол представители VIII династии уступать не собирались. В стране начинается долгий период борьбы за власть, сопровождаемый громадными жертвами и разрушениями.
Возможно, что параллельно в Египте вспыхивают восстании, отзвуки которых можно найти в свидетельствах соплеменников тех событий. Временный перевес благодаря личным качествам нождей и безжалостности обученного в стычках с кочевниками войска, получают гераклеопольцы. Ахтой воцаряется на мемфисском престоле, крутыми мерами добившись признания своего первенства правителями других номов.
Однако прочного объединения Египта достичь не удалось. Вскоре из-под опеки царей IX династии уходит практически весь Верхний Египет, восстановить частично контроль над которым удается только X династии. Тогда гераклеопольцы овладели областью Тина, но южнее пройти не смогли, натолкнувшись на сопротивление формировавшегося приблизительно с XXIV века до н. э. Фиванского царства. Этот второй объединительный центр Египта возник из совершенно других предпосылок и строил свою централизаторскую политику на отличных от прежнего периода принципах.
Гераклеопольские цари, сильнейшие среди равных, с трудом удерживали в повиновении номархов своих областей. Повиноваться тех заставляла только угроза быстрого и жестокого наказания. В принципе же правитель едва ли не каждой области подвластного Гераклеополю Нижнего Египта обоснованно считал, что без своего царя он вполне может обойтись. Фивы же обладали огромными массивами плодородных земель, рациональное использование которых заложило основу экономического могущества нома. Области, лежавшие выше по течению реки, вынуждены были не раз обращаться к Фивам за помощью в неурожайные годы, так как обладали только узкими полосками благодатной прибрежной поймы.
В конце концов подобная зависимость превратилась в почти беспрекословное подчинение, основанное, конечно, и на возросшем военном авторитете фиванских номархов. Южное царство по сути безболезненно выросло из Фиванского нома и распространилось почти до порогов Нила, до самой Элефантины. Местные владыки с повторяющимся именем Интеф вскоре начинают претендовать на роль южно-египетских фараонов.
Столкновение с Севером становилось неизбежным, хотя его последствий страшились и Гераклеополь и Фивы. Напутствуя сына и наследника Мерикара, гераклеопольской царь настоятельно советует тому избегать конфликтов с верхнеегипетским государством, жить с соседями в мире и согласии. Точно такие же заветы получали и восходившие на трон фиванские владыки. Но конфликт в конце концов разразился. Первоначально успех был на стороне нижнеегипетских войск, лучше обученных и оснащенных. Иногда им удавалось одерживать впечатляющие победы над силами Юга.
Так, иераконпольский номарх Анхтифи, союзник гераклеопольцев, в своей надписи сообщает о крупных военных успехах, одержанных в борьбе с фиванцами. Потом борьба долго шла с переменным успехом, но исход ее был предрешен. Гераклеопольские цари зависели от своих номархов — по сути вынужденных союзников, при первой же крупной неудаче готовых оспорить первенство своих царей.
Фиванским правителям прочная основа сложившегося государственного объединения позволила без особого риска преодолевать полосы военных неудач и потерь. Едва же наметились первые признаки неуспеха северян, как гераклеопольская держава тут же теряет свою монолитность. Южноегипетская фиванская IX династия постепенно устанавливает контроль над всей территорией Египта. Решающую победу над гераклеопольским царем одержал фиванский царь Метухотеп, который «покорил правителей обеих стран, установил порядок на юге и на севере, в иноземных странах и в Египте».
Последние фараоны IX династии, носившие последовательно имя Мехтухетеп, уже переходят к экспансии внешней, пытаясь захватить территории, контролируемые соседними племенами. Прежде всего их интересует возвращение утерянных в Переходный период медных рудников и каменоломен в Нубии и поиски доступа к запасам дерева и благовонных смол в районах Средиземноморья и южного Красноморья.