Еще раньше, на воле, он сумел, проявив завидную предусмотрительность, обзавестись чужим паспортом — его подарил ему в Ростове некий либерально настроенный банковский служащий. С этим документом Самойлович бежал не куда-нибудь, а прямо в Петербург, где тотчас же включился в революционную работу. Устроившись для отвода глаз бухгалтером в какое-то учреждение, он установил связь с комитетом РСДРП Московского района и занялся пропагандой среди заводских и фабричных рабочих. Скоро он вошел в боевую организацию большевиков, где слушал лекции опытных наставников и делал бомбы (в специальной лаборатории в Куоккале)…
Не азартный юноша-правдоискатель, а бывалый подпольщик — таким был Самойлович в страшные столыпинские времена. Он умело уходил от слежки, ни разу не попался в руки жандармов и был схвачен совершенно случайно: полиция за кем-то охотилась, дом, в котором жил Самойлович, оцепили, провели в квартирах повальный обыск, и тут-то обнаружилось, что данный жилец вовсе не бухгалтер, не ростовский служащий Шушпанов, не минский мещанин Александр Николаевич Сорокин и не какой-то Николай Александрович Староверов (при обыске были найдены все эти документы). Таиться больше не было смысла, пришлось признаться в побеге из архангельской ссылки. Был август 1908 года.
За побег, за проживание в столице по подложному паспорту Рудольф Лазаревич Самойлович был по этапу выслан в Пинегу, поселок в Архангельской губернии, сроком на 3 года. Живя в лесной глухомани, на берегу реки Пинеги, правого притока Северной Двины, он словно впервые вспомнил о том, что является дипломированным геологом, горным инженером, знаний которого ждет не дождется нехоженый северный край! Вместе с другим геологом — ссыльнопоселенцем Нестором Алексеевичем Куликом (их с той поры связала пожизненная дружба) — Самойлович начал проводить детальное обследование рек Пинеги и Кулоя. В одном из номеров «Известий Архангельского общества изучения Русского Севера» за 1909 год появилась первая научная работа молодого горного инженера о гипсовых пещерах Пинежского уезда. Но бок о бок с ним в Пинеге жило около 100 политических ссыльных, и мог ли он остаться в стороне от своей предыдущей «работы»?! В полицейских документах не замедлила появиться запись: «Состоит членом Пинежской группы социал-демократов».
Когда Самойловичу разрешили переехать на поселение в Архангельск, он стал работать в Обществе изучения Русского Севера и одновременно секретарствовать в Обществе политических ссыльных. В те времена в старинном поморском городе в дельте Северной Двины организовался активный кружок «политических», и Самойлович сразу же начал играть в нем заметную роль. Он постоянно кого-то куда-то пристраивал, перед кем-то хлопотал. Едва в Архангельске появлялась девушка или молодая дама с Большой земли, он отправлял ее к губернатору в качестве невесты одного из ссыльных просить о смягчении участи «жениха».
Самойлович подружился и быстро перешел на «ты» с отбывавшим здесь ссылку Александром Степановичем Гриневским, писателем Александром Грином. Они вдвоем часто ходили на лыжах по аллеям сквера, скатывались с горок в замерзшую Двину, проводили друг у друга вечера. Первая жена писателя В. П. Калицкая вспоминает, как однажды Самойлович привел к ним в дом двух норвежских шкиперов и весь вечер переводил Грину их сногсшибательные рассказы о морских приключениях (разговор велся на немецком, которого Грин не знал). А когда гости стали прощаться, оказалось, что это два русских горных инженера, коллеги Самойловича по Фрейбергу! Грин, в течение нескольких часов наслаждавшийся красочными повествованиями «бывалых моряков», некоторое время дулся на приятеля.
К слову сказать, у Рудольфа Лазаревича было прекрасно развито чувство юмора, без которого жить вообще нелегко, а в трудных условиях — невыносимо. Он прекрасно понимал и принимал добрую шутку, дружескую «подначку». Уже будучи маститым исследователем, профессором, директором института, «пугал», например, новичков тем, что, как только научное судно пересечет полярный круг, им будет устроено «крещение»: прямо по ходу корабля их на тросе по очереди окунут в Ледовитый океан… «Не верят, но побаиваются!» — с явным удовольствием заносил в дневник профессор Самойлович.
Вечерами на его квартире собирались «политические», пили чай, спорили, пели. У хозяина был очень красивый и сильный баритон, лучше всего ему удавались старинные романсы, русские и неаполитанские народные песни. Исполнял Самойлович и арии из классических опер, например песню варяжского гостя из «Садко» (он, конечно, не подозревал, что через четверть века «Садко» войдет в его жизнь — ледокольный пароход «Садко», плавучая база его последних арктических экспедиций). Рудольф Лазаревич безотказно выступал в благотворительных платных концертах, даваемых в пользу ссыльных, а много лет спустя столь же безотказно пел на вечерах в своем институте в Ленинграде. Он вполне мог бы стать профессиональным оперным певцом, и сам не раз говорил, что, если бы не Север… Однако именно Север с каждым днем становился ему все ближе и роднее.