А тем временем немецкие генералы сравнивали планы вторжения. Альтернатив было несколько. Как и в случае вторжения в Польшу, план «Барбаросса» требовал для немецких армий железнодорожных трамплинов; наступающие войска зависели от железных дорог, по которым должно было осуществляться снабжение. К границе подходило очень немного железнодорожных магистралей, а после ее пересечения возникали новые трудности. В России ширина железнодорожной колеи отличается от немецкой, но пользоваться уже имеющимися было значительно проще, чем строить новые, начиная с нуля. Поэтому основных направлений для удара было три.
На севере был Ленинград, колыбель большевистской революции, дом царей… Ленинград был крупным промышленным и научным центром, имел большое значение как торговый морской порт и военно-морская база русского флота. Эта база была нужна Балтийскому флоту Германии. После революции Ленинград превратился в своеобразную витрину коммунистического режима. Если удалось бы убедить финнов присоединиться к нападению на Россию, образовался бы единый фронт. На северном направлении в распоряжении наступающих войск была бы относительно более хорошая транспортная сеть, а также ресурсы прибалтийских государств Литвы и Латвии. Можно было с высокой долей достоверности предположить, что население этих государств, лишь недавно присоединенных к империи Сталина, будет содействовать немецким захватчикам.
В центре находилась Москва, столица самой централизованной диктатуры в истории. План генерала Маркса учитывал плохое состояние транспортных путей в глубине России. Отмечая, что самые хорошие дороги находились к северу от Полесья, болотистого бассейна реки Припять, он отдавал предпочтение удару в сторону Москвы. Самый прямой путь проходил через Минск и Смоленск. Генералы сухопутных войск Германии были уверены, что русские сосредоточат все войска перед Москвой и это даст возможность сразиться с ними и сокрушить их. Гитлер не оспаривал эту точку зрения, но главным для него были люди, а не города. В первой директиве, предшествующей разработке плана «Барбаросса», он приказывал: «Основная часть русской армии, расположенная в западной части страны, должна быть уничтожена решительными ударами моторизованных соединений. Необходимо помешать соединениям, сохранившим боеспособность, отступить в глубь России». Основная тяжесть удара должна была быть сосредоточена к северу от Полесья, и целью его было уничтожение вооруженных сил противника. «Только после выполнения главной задачи, включающей захват Ленинграда и Кронштадта, будет продолжено наступление с целью захвата Москвы».
Третьей альтернативой было наступление южнее Полесья, через Львов и Винницу. Генерал Маркс указал на то, что здесь, несмотря на плохое состояние дорог, местность прекрасно подходит для действия танков. Украина была богата хлебом и нефтью; в днепровском бассейне были сосредоточены крупные промышленные предприятия. В этом очень нуждалась экономика Германии, перешедшей на военные рельсы. Гитлер впоследствии сосредоточил все силы для достижения именно этой цели, и он часто жаловался на то, что его генералы не понимают всей важности захвата богатого сырьем района для военной промышленности, однако в первоначальной директиве наступление на юге должно было развиваться только после того, как будут одержаны главные победы.
Внимательно изучив все возможные альтернативы, полковник фон Лоссберг пришел к выводу, что решение должно приниматься в первую очередь с учетом существующих дорог. Он не видел другого выбора, кроме как наступать по линии Варшава — Москва, где имелась самая лучшая железнодорожная магистраль, вдоль которой проходило шоссе. Но Лоссберг был осторожен и предсказывал трудности, которые возникнут во время броска вперед.
Все три цели были столь желанны, что высшее военное командование Германии решило воспользоваться всеми тремя планами и нанести одновременно удар тремя группами армий. Каждой группой армий должен был командовать фельдмаршал: во главе группы армий «Север» был поставлен фельдмаршал Вильгельм фон Лееб, группу армий «Центр» должен был вести фельдмаршал Федор фон Бок, группа армий «Юг» досталась фельдмаршалу Рундштедту. Каждой группе армий были приданы по воздушному флоту и танковой группе. Бок, чьи армии были нацелены на Москву, где, как ожидалось, должна была быть сосредоточена основная часть Красной армии, получил две танковые группы.