Главная тяжесть, но и наибольший успех в борьбе на морских коммуникациях Англии и Франции выпал на долю германских подводных лодок. Немцы вступили в войну, имея всего лишь 57 подводных лодок. Хотя со стапелей непрерывно спускали все новые лодки, численность подводного флота оставалась значительно меньшей, чем хотелось бы. Все же германским субмаринам удалось до конца 1939 года потопить немало судов противника, общий тоннаж которых составил 420 тысяч брутто-регистровых тонн (брт). Чтобы наглядно представить себе этот тоннаж, скажем, что обычный железнодорожный товарный вагон вмещает 15 тонн. Потребовалось бы 672 железнодорожных состава по 50 вагонов в каждом, чтобы перевезти 504 тысячи тонн груза, равных 420 тысячам брт.
Вскоре после начала военных действий немцы нанесли два мощных удара по боевым кораблям английского королевского флота. 17 сентября капитан-лейтенант Шугарт потопил в Северной Атлантике английский авианосец «Корейджес» водоизмещением 22 500 тонн, несмотря на то что «Корейджес» шел под усиленной охраной. Вместе с авианосцем погибло около 50 самолетов. Второй удар немцев пришелся в самое сердце английского флота — считавшуюся неприступной главную военно-морскую базу англичан Скапа-Флоу. 14 октября, вскоре после полуночи капитан-лейтенанту Прину удалось провести свою подводную лодку через узкий пролив Кёрк, перегороженный к тому же затопленными кораблями, на рейд Скапа-Флоу. Между затопленными кораблями оставалось так мало свободного пространства, что только такой опытный и обладающий хорошим глазомером командир подводной лодки сумел провести свой корабль среди корпусов погибших судов. Прин провел две торпедные атаки по двум стоявшим на якоре английским кораблям. Линкор «Ройал Оук» после сильного взрыва затонул вместе с 786 членами команды. Уничтоженный корабль имел водоизмещение почти 30 тысяч тонн и был вооружен восемью 380-мм и двенадцатью 150-мм орудиями. Достигнув такого выдающегося успеха в самой «пасти льва», Прин ушел в открытое море тем же путем, которым проник в гавань.
Кроме этого, в этот период подводными лодками было потоплено несколько английских эсминцев и 1 судно-ловушка для подводных лодок, получили повреждения 1 линкор и 2 крейсера англичан.
Вызвавшая большой общественный резонанс гибель английского пассажирского парохода «Атения» 5 сентября 1939 года в Северной Атлантике стала следствием ошибки командира германской подводной лодки, который решил, что перед ним вспомогательный английский крейсер. Об опубликованной на этот счет версии министерства пропаганды командование германских военно-морских сил ничего не знало вплоть до ее появления.
До начала войны немцы предусмотрительно выслали два крупных корабля в среднюю и южную часть Атлантики: 21 августа в море вышел броненосец «Адмирал граф Шпее», а тремя днями позже — «Дойчланд». Им предстояло после начала войны вести войну против торгового судоходства, одновременно вынуждая противника распылять силы своего военного флота. «Дойчланд» в середине ноября вернулся на родину, после того как потопил 2 парохода противника и захватил третий в качестве приза.
«Адмирал граф Шпее» в отведенном ему районе успел потопить 9 пароходов общим тоннажом 50 тысяч брт, когда 13 декабря натолкнулся у устья Ла-Платы на группу британских крейсеров. Используя свои шесть 280-мм орудий, германский «карманный линкор» за короткое время нанес столь серьезные повреждения британскому тяжелому крейсеру «Эксетер», что тот был вынужден выйти из боя.
Сопровождавшие его легкие крейсеры «Аякс» и «Ахиллес» поддерживали огневой контакт с «Адмиралом графом Шпее», держась на значительном расстоянии. Во время боя с «Эксетером» германский «карманный линкор» получил повреждения, которые, по мнению его командира, капитана 1-го ранга Лангсдорфа, требовали ремонта в заводских условиях. И он принял решение зайти в Монтевидео (Уругвай). Правительство страны предоставило ему только трехдневный срок для ремонта, что было недостаточно для устранения повреждений. Кроме того, наблюдатели с рейда сообщили о появлении перед устьем Ла-Платы английского линкора и авианосца (впоследствии это сообщение не подтвердилось), что говорило о твердом намерении англичан потопить «карманный линкор» при попытке выйти в море. Поэтому Лангсдорф затопил свой корабль на реке, а команда была интернирована в Аргентине.