Основным показателем родства между языками Западной и Южной Африки в то время считался типологический: наличие системы именных классов и классного согласования, особенно образуемого с помощью префиксальных морфем. Позднее на основании наличия и внешнего сходства именных классных аффиксов родство с языками банту предполагали для самых разных языков Западной Африки. Так, немецкий миссионер и лингвист Г. Кристаллер писал, что родству языков эфик, йоруба, ашанти [акан], темне… может быть найдено много доказательств. Однако это были пока лишь эмпирические заявления, основанные на внешнем сходстве именных согласовательных систем различных языков. На многие десятилетия вперёд наличие или отсутствие систем именной классификации в африканском языке стало считаться основным показателем его генетической принадлежности: остатки этого мировоззрения мы можем иногда наблюдать и в работах сегодняшнего дня. Таким образом, основную роль при сравнении играла структурная типология, что с точки зрения сравнительного метода в корне неверно.
Столь некорректный подход к классификации, впрочем, ни в коем случае нельзя ставить в вину учёным XIX в. При отсутствии сколько-нибудь надёжных сведений об абсолютном большинстве языков Африки лингвистам того времени приходилось работать с крайне скудными, обрывочными и нередко неаккуратными данными, которые не давали возможности провести качественный сравнительный анализ на массиве такого масштаба, который был доступен исследователю индоевропейских или семитских языков.
Другим заблуждением конца XIX в. и начала XX в. в африканском языкознании стала концепция о существовании в Субсахарской Африке большого количества т. н. смешанных языков, возникших в результате конвергентного развития. Об этом, в частности, много писал немецкий учёный Карл Майнхоф, полагавший, что языки Западной и Центральной Африки могли быть результатом влияния более северных языков на гетерогенные языки Великого Судана. Именно тогда в литературе появляется термин «языки полубанту» (Semi-Bantu languages), введённый в научный оборот Адольфом Шлейхером. Так стали называть большое количество языков Западной Африки, обладающих чертами, роднящими их с языками банту.
Концепция «смешанных» языков сыграла скорее деструктивную роль в объяснении генетического происхождения языков Африки южнее Сахары. Во-первых, механизмы, приводящие к образованию «смешанных языков», так и не были удовлетворительно объяснены. Во-вторых, это поверхностное объяснение приводило к тому, что «смешанным» возможно стало объявить любой язык, носящий типологические характеристики, свойственные, к примеру, берберским языкам Северной Африки и языкам банту Южной Африки.
К началу XX в. практически все крупные языки Африки были исследованы европейскими лингвистами, хотя и в различной степени. При этом в африканском языкознании продолжала господствовать немецкая школа. В Великобритании изучение африканских языков практически целиком находилось в руках миссионерских объединений, а французские исследователи работали скорее над тем, чтобы привить африканцам свой язык, так как государственная политика полной ассимиляции колониального населения не приветствовала даже изданий книг на африканских языках. В то же время Германия была сосредоточена на чисто научном изучении языков Африки. Как говорил в 1881 г. английский лингвист Р. Каст, по мнению англичан, языки изучаются, а книги пишутся для практических целей, при этом они не думают ни о романтике, ни о науке. Те, кто прожил четверть века в Индии, не заботятся о том, чтобы изучить организм языка, используемого там в быту. Поэтому Англия в долгу у Германии за всё то, что сделали её учёные.
Германия стала первой страной Европы, где изучение африканских языков перешло от миссионеров в руки учёных, подчас буквально: самые выдающиеся деятели немецкой школы Карл Майнхоф и Дидрих Вестерман начинали как миссионеры. В Германии же африканские языки впервые удостоились университетского уровня изучения. В 1887 г. канцлер Отто Бисмарк дал указание создать в Берлинском университете Семинар восточных языков с африканским отделением в составе. Правда, семинар как раз имел чисто практические цели: на нём проходили подготовку будущие чиновники новообретённых германских колоний в Африке. Там же начал выходить и периодический «Журнал африканских языков», где публиковали свои труды и заметки учёные и путешественники разных стран. В частности, именно здесь были опубликованы материалы российского путешественника В. В. Юнкера, составившего словари нескольких неизученных языков Центральной Африки в ходе своего второго путешествия в 1879–1896 гг.