Шестидесятые и семидесятые годы XX в. в африканском историческом языкознании были посвящены в основном обсуждению идей Гринберга, которым, тем не менее, так и не было противопоставлено более стройной и объяснимой модели генетической классификации: его классификация доминирует в африканистике по сей день. В отсутствие альтернативы африканисты всего мира сосредоточились на пересмотре состава семей НК языков в схеме Гринберга и их взаимоотношений между собой.
Если состав афразийской языковой семьи выглядел наиболее бесспорным, то и заслуги Гринберга здесь были минимальны: состав афразийской общности был в целом обоснован уже в начале XX в. Относительно трёх прочих макросемей такой уверенности быть не могло. Целый ряд языковых семей, отнесённых к нигеро-конголезской макросемье, не имели к тому надёжных оснований; койсанская макросемья, как предполагалось ещё до Гринберга, объединяет лишь языки со схожими структурными характеристиками, но их общее происхождение Гринбергом не было доказано; что касается нило-сахарской макросемьи, то в неё, казалось, автор гипотезы собрал все разноструктурные языки Восточной и Западной Африки, которые не удалось «разместить» в трёх других макросемьях.
Эти соображения заставили крупнейших лингвистов второй половины XX в. выдвинуть целый ряд уточнений к классификации Гринберга. Его работы подстегнули усилия по сравнительному анализу небольших семей языков Африки: в период с 1960 по 2000 г. вопросами сравнения и классификации языков Африки занимались такие выдающиеся африканисты, как У. Уэлмерс, К. Уильямсон, Дж. Стюарт, Г. Мукаровский, Р. Фоссен и другие. Было предложено около десятка различных вариантов классификации африканских языков, в разной степени схожих со схемой Гринберга. Постепенно его классификация, оставаясь стержнем сравнитетельно-исторической африканистики, подверглась сильной эрозии. К концу XX в. мало кто из учёных всерьёз полагал оправданным родство языков койсанской макросемьи, в составе нило-сахарской макросемьи также стало принято выделять несколько семей с неясными перспективами родства.
Методы лексикостатистики и выделения лексических инноваций постепенно вышли на первый план при сравнительном анализе и ре-классификации языков Африки. При этом долгое время не существовало единой методики сопоставления лексем в рамках статистического подхода – каждый исследователь мог «на свой вкус» объявить две формы когнатами, что нередко довольно чувствительным образом меняло всё родословное древо макросемьи.
Итогом чрезмерного увлечения классификационными моделями и построением дендрограмм на основе нескольких лексических соответствий стала их довольно низкая абсолютная ценность в отсутствие того, что обычно сопутствует родословному древу в сравнительно-историческом языкознании: систем регулярных фонетических соответствий, реконструкции фонологии и морфологии праязыка, праязыкового лексического фонда. В то же время стремление «углубить» родство с помощью лишь 10–15 лексических изоглосс привело к тому, что появились гипотезы праязыков, отстоящих от нас на 18–20 тысяч лет. В их числе – конго-сахарская гипотеза Э. Грегерсена (фактически возвращавшая к «суданской» теории К. Майнхофа) [Gregersen 1972]. Составлялись и списки «панафриканских» лексических корней, призванных свидетельствовать об общем происхождении всех четырёх макросемей языков африканского континента. При этом для сравнения приводились данные, произвольно выбранные из каждой макросемьи, соответствия между ними остаются тёмными и никак не объясняются с точки зрения методологии.
Эти и другие обстоятельства привели к тому, что в начале XXI в. в африканском языкознании наступил новый этап. На смену тенденции поисков дальнего родства, порождённой популярностью работ К. Майнхофа, Д. Вестермана, Дж. Гринберга и других учёных XX в., пришла обратная тенденция. В противовес сторонникам дальнего родства и крупных генетических объединений языков, названным в англоязычном научном сообществе «ламперами» (англ. lumpers, букв. ‘сваливающие в кучу’), среди учёных-африканистов появляется всё больше т. н. сплиттеров (splitters, букв. ‘разделяющие’) – противников идей макрокомпаративистики, направляющих усилия на выделение небольших независимых групп и семей языков, объяснение схожих элементов конвергентными отношениями, а также активный поиск языков-изолятов.
Данная тенденция, зародившись в США, где позиции гипотез дальнего родства всегда были традиционно слабыми, в настоящее время продолжает усиливаться и в университетах и научных центрах Европы, а также отчасти и в России. Она затронула не только африканский континент, но оказала сильнейшее влияние на изучение автохтонных языков обеих Америк, Австралии, ряда регионов Евразии. Теоретическое обоснование идей противников дальнего родства было заложено работами второй половины XX в. – многие их тезисы были сформирулированы и в советской литературе, в т. ч. такими крупными учёными, как А. М. Щербак и Б. А. Серебренников. В последние десятилетия возражения против методов макрокомаративистики выдвигались в работах известных лингвистов Запада – Р. Диксона, Дж. Николс, Л. Кэмпбелла и других.